Biyolojik önemi olan küçük nükleotidlerin yapısal ve elektronik özelliklerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Investigation of structural and electronic properties of biologically important small nucleotides by molecular modeling
- Tez No: 558834
- Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 125
Özet
Ökaryotik canlılarda genetik bilginin aktarımı ve genin ifade edilmesi deoksiribonükleik asitin (DNA) ribonükleik asite (RNA) transkripe edilmesini takiben proteine çevrilmesi şeklinde gerçekleşmektedir. Bununla birlikte, genin transkripsiyonunda görev alan enzimler, RNA polimerleşmesini başlatabilmeleri için DNA dizisi içerisinde bulunan promotör bölge olarak bilinen kısa DNA dizilerine bağlanma gereksinimi duymaktadır. Bu çalışmada, biyolojik olarak belirli işlevleri belirlenmiş olan nükleotid (öncelikli olarak mono-tetramer) yapıları belirlenerek, bu yapıların üç boyutlu modellerinin oluşturulması ile yapısal ve elektronik özelliklerinin moleküler modelleme ile araştırılması amaçlanmıştır. Bunun için, TATA-kutusu dizine ait mono, di, tri ve tetramer yapılarına ait konfomerlerin yapı analizi Spartan'14 programı ile bulundu. Bulunan konfomer yapılarının optimizasyon ve frekans hesaplamaları sulu ortamda, MOPAC2016 programı PM6-D3H4 yöntemi ve Gaussian09 programı ωB97XD/6-311++G(d,p) yöntemi ile hesaplandı. Hesaplama sonrasında rölatif enerji değerleri hesaplanarak, moleküler yapıların gösterimi Discovery Studio Visualizer 2019 programı ile yapıldı. Sonuç olarak, nükleotid yapılarının riboz halkasına bağlı –OH grubu ile -PO43- grupları arasında –H bağının oluştuğu bulundu. Buna ek olarak, tetranükleotid yapılarının nükleobazlarının eşleniklerinin (A=T) ve non-kovalent etkileşim olarak CH−π bağının oluştuğu gözlendi.
Özet (Çeviri)
In eukaryotic organisms, the flow of genetic information is regulated by the transfer of information from DNA to mRNA ending with a functional protein. In addition, some proteins implicated in the transcription of a gene by binding to short DNA sequences in promoter region in order to initiate RNA synthesis. In this study, we aimed to generate 3D molecular modelling of the nucleotide (primarily mono-tetramer) structures whose specific biological functions are known and to reveal electronic properties of these structures. The Spartan'14 program was used to analysis of the conformer structures of the mono, di, tri and tetramer structures of the TATA-box sequence. The MOPAC2016 program with PM6-D3H4 method and Gaussian09 program at ωB97XD/6-311++G(d,p) level were used for optimizations and frequency calculations for each investigated conformer. Using the calculated results, the most stable structures were determined using the relative energies. Molecular structures were drawn by Discovery Studio Visualizer 2019. As a result, we found that the –H bond was formed between the –OH group of the ribose ring and -PO43 group of the nucleotide structure. In addition, we observed nucleobase conjugates (A=T) of tetranucleotide structures and CH−π bond, as non-covalent interaction.
Benzer Tezler
- Assessment of the effects of melatonin on the funtional deficits induced by cellular stress in obese donor derived mesenchymal STEM cells
Melatonin'in obez donor mezenkimal kök hücrelerinde hücresel strese bağlı olarak oluşan fonksiyon bozuklukları üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi
ECE GİZEM POLAT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİMA SUSANNA FAUSTINA AERTS KAYA
- A drug repurposing study to target bacterial ribosome decoding center with molecular docking and molecular dynamics simulations
Moleküler kenetleme ve moleküler dinamik simülasyonu ile bakteriyel ribozom şifre çözme merkezini hedefleyen ilaç yeniden konumlandırması
BERİL ATEŞ ULUTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- Comparative evaluation of prokaryotic community of salda lake using oxford nanopore-minion and next generation sequencing-illumina
Salda gölü'nün prokaryotik topluluğunun oxford nanopore-minıon ve yeni nesil dizileme-illumina ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
KÜBRA DOYMUŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Facile modification of propiolated castor oil via thiol-yne click reaction
Propiyolatlanmış hint yağının tiyol-in klik reaksiyonu ile kolay modifikasyonu
DAMLA KALAYCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN DURMAZ
- Development and validation of chromatographic and voltammetric methods for analysis of pharmaceutically important compounds
Farmasötik önemi olan bileşiklerin analizine yönelik voltammetrik ve kromatografik yöntem geliştirilmesi validasyonu
KEMAL VOLKAN ÖZDOKUR