Association analysis of cholesterol 7- alpha hydroxylase (CYP7A1) and cholesterol 24-hydroxlase (CYP46A1) genetic polymorphisms and multiple sclerosis risk in turkish population
Türk popülasyonunda kolesterol 7-alfa hidroksilaz (CYP7A1) ve kolesterol 24-hidroksilaz (CYP46A1) gen polimorfizimleri ile multipler skleroz riski ilişkisinin incelenmesi
- Tez No: 561894
- Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN ADALI, DOÇ. DR. BİRSEN CAN DEMİRDÖĞEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Genetik, Biochemistry, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 185
Özet
Multipler skleroz (MS), merkezi sinir sisteminde en yaygın görülen demiyelinizasyon hastalığıdır. Belirli çevresel faktörlerin etkisi altında, genetik olarak yatkın kişilerde görülmektedir. MS hastaları düşük seviyede vitamin D'ye sahiptir. Kolesterol sentez ara ürünlerinden biri olan 7-dehidrokolesterolden, UVB-ışınlarının fotokimyasal dönüşümü sonucu deri de vitamin D üretimi gerçekleşir. Karaciğerde kolesterol 7α-hidroksilaz (CYP7A1) ve beyinde kolesterol 24S-hidroksilaz (CYP46A1) vücuttan kolesterolün uzaklaştırılmasından sorumludur. A→C dönüşümünü gösteren, CYP7A1 geninde transkripsiyonun başlama noktasından -204 konumunda bulunan, rs3808607 tek nükleotid polimorfizmi (SNP) gen ifadesinde ve enzim aktivitesinde önemli rol oynar. rs754203 isimli CYP46A1 geninin 5' noktasındaki ekzon 3'e 151 bazlık mesafede ki intronda bulunan T →C SNP'si de aminoasit sekansını ya da gen tarafından üretilen protein yapısını etkilememesine rağmen insan sağlığı ve hastalıkları yönünden çalışılmıştır. Bu mevcut çalışmada, rs3808607 ve rs754203 polimorfizimleri MS riski üzerindeki etkileri yönünden araştırılmıştır. 138 MS hastası ve 100 sağlıklı kontrolle PCR-RFLP metodu kullanılmış olup; istatistiksel analizler SNP'lerin üç farklı genetik model- Dominant, Resesif, Eklemeli model- oluşturularak yapılmıştır. CYP7A1 rs3808607 ve CYP46A1 rs754203 için bütün genotipleme ve allel frekans analizleri bütün bireylerle, yalnızca erkekler ve yalnızca kadın bireylerin olduğu gruplarla yapılmıştır fakat, onların hiçbirinde istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunamamıştır. rs3808607 ve rs754203'lü MS hastalarının ve kontrollerinde, kan lipid ve vitamin D değerleri arasında ilişki olup olmadığını anlamak için, SNP'ler bahsedilen genetik modellere göre ayrılmıştır. rs3808607 için, sadece resesif modelinde, yabanıl tip allel taşıyan hastaların TC ve vitamin D içerikleri, aynı genotipli kontrollerden istatistiksel olarak anlamlı şekilde daha düşük bulunmuştur. Diğer karşılaştırmalarda ise herhangi bir farklılık bulunamamıştır. CYP46A1 rs7554203 için ise, karşılaştırmaların tamamına bakıldığında, bulunan tek istatistiki farklılık, heterozigot mutant genotipe sahip hastaların vitamin D değerleri, aynı genotipli kontrollerden daha düşük olmasıydı. Sonuç olarak, bu çalışmada, CYP7A1 rs3808607 and CYP46A1 rs754203 SNP'lerin genotip ve allel frekansları ile MS riski arasında bir ilişki görülmedi. Lipit ve vitamin D parametreleri açısından değerlendirildiğinde ise, bu genler ve hasta ya da kontrollerin lipit içerikleri arasında bir ilişki bulunamazken, onların bazı alt guruplarında vitamin D değerlerinin hastalarda kontrollerden daha düşük olduğu görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Multiple Sclerosis (MS) is the most common demyelinating disorder of the central nervous system. Under the effects of certain environmental factors, MS develops in genetically susceptible individuals. People with MS have significantly lower vitamin D levels. UV-B radiation catalyzes the photo-conversion of 7-dehydrocholesterol, produced in cholesterol production pathway, to vitamin D in the skin. Cholesterol 7α-hydroxylase (CYP7A1) in the liver and Cholesterol 24S-hydroxylase (CYP46A1) in the brain are responsible for cholesterol removal in human body. A Single Nucleotide Polymorphism (SNP) conferring A→C transition, named rs3808607 in CYP7A1 and present at -204 location of form the transcriptional start site, might play a critical role in gene expression and its enzyme activity. T → C SNP named rs754203 in CYP46A1, which is located in intronic region of CYP46 gene, 151 bases 5′ to exon 3, is investigated in terms of human health or disease although it does not affect the amino acids sequences or the structure of the protein expressed by gene. In this study, rs3808607 and rs754203 polymorphisms were investigated for their effect on the risk of MS. 138 MS patients and 100 healthy controls were tested by PCR-RFLP method to determine their genotypes. Analyses of them were conducted by forming three genetic models of SNPs: Dominant, Recessive and Additive Model. For CYP7A1 rs3808607 and CYP46A1 rs754203, all genotypes and allele frequency analyses were performed with all subjects, male and female subgroups only. However, any significant difference was not found in them. To understand whether there were any relations of blood lipids and vitamin D levels in MS patients and controls with rs3808607 and rs754203, SNPs were split according to mentioned genetic models. For rs3808607, only its recessive model, TC and vitamin D contents of patients, carrying the wild type allele were significantly lower than controls with same genotypes. The other comparisons didn't show any meaningful difference. As regard to CYP46A1 rs754203 SNP, of all the comparisons, only statistical significance was that vitamin D levels of patients with heterozygote mutant genotype was lower than controls with same genotype. As a conclusion, in this study, there were no any significant associations between genotypes and allele frequencies of CYP7A1 rs3808607 and CYP46A1 rs754203 SNPs and MS risk. In terms of lipid parameters and vitamin D levels, these genes and lipid parameters were not found to be related in patients and controls, however, vitamin D levels were found to be lower in patients compared to controls in some subgroups.
Benzer Tezler
- Mercimek diyet liflerinin izolasyonu, karakterizasyonu ve fonksiyonel özelliklerinin incelenmesi
Isolation of dietary fibers from lentils, characterization and evaluation of their functional properties
SİNEM KAMİLE GEDİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DİLARA ERDİL
- Aterosklerozda rol alabilecek yeni bir aday genin fonksiyonel analizi ve bu genin kardiovasküler hastalıklar ile ilişkisi
Functional analysis of a new candidate gene which may play role in atherosclerosis, and it's relationship with cardiovascular diseases
NESLİHAN ÇOBAN
- Türkiye'de yaşayan renal replasman tedavisindeki diabetik nefropatili hastalarda angiotensin dönüştürücü enzim insersiyon/delesyon gen polimorfizmi ile Diabetes Mellitüs'e bağlı hedef organ .....
Association analysis of apolymorphism of the ACE gene with and stage renal disease diabetic patients on various modes of renal replacement therapy in Turkish patients
SEHER RAHİME KEBAPÇIOĞLU TÜRKOĞULLAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
NefrolojiMarmara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMEL AKOĞLU
- Balık gözü hastalığı ile ilişkilendirilen LCAT genindeki zararlı snp'lerin in slico yöntemler ile belirlenmesi
Determination of harmful SNPs in the LCAT gene association with fish eye disease by in slico methods
SİNAN İLHAN CEYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR CENGİZ ERİŞMİŞ
- Sigara içme ve periodontal hastalık arasındaki ilişkinin serum kotinin seviyesine göre incelenmesi
The analysis of the relationship between smoking and periodontal disease according to serum cotinine levels
DUYGU YAMAN
Doktora
Türkçe
2004
Diş Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. KORKUD DEMİREL