Investigating the role of coiled-coil domain containing 124 (CCDC124) in innate antiviral immune response
Sarılı-sarmal bölge bulunduran 124 (CCDC124) proteı̇nı̇nı̇n doğal bağışıklık sı̇stemı̇nı̇n antı̇vı̇ral yanıtındakı̇ rolü
- Tez No: 563511
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TOLGA SÜTLÜ, DR. ÖĞR. ÜYESİ MERAL YÜCE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Allerji ve İmmünoloji, Biyomühendislik, Molecular Medicine, Allergy and Immunology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Doğal bağışıklık sistemi, organizmaların enfeksiyonlara ve tümörlere karşı öncül bağışıklamaya ihtiyaç duymadan oluşturduğu ilk adım savunma sistemidir. Doğal Öldürücü (NK) hücreleri, doğal bağışıklık sisteminin bir elemanı olup özellikle virüsle enfekte olmuş hücreleri ve tümörleri hedef alır. NK hücrelerinin özgül yetenekleri kanser immünoterapsinde kullanılmak üzere gelecek vaad etmektedir. Pek çok immünoterapi yaklaşımı arasından, bağışıklık sistemi hücrelerinde genetik modifikasyon ile bu hücrelerin aktivitelerini artırma üzerine çalışmalar yapılmış ve başarılı sonuçlar alınmıştır ancak NK hücreleri üzerinde yapılan in vitro genetik modifikasyon denemelerinin başarı oranları düşüktür. Bu sebeple NK hücrelerinde stabil gen transferi çalışmaları HIV-1 bazlı lentiviral vektörler üzerinde yoğunlaşmıştır. NK hücrelerinin virüslere karşı olan dirençleri, instabilite ve verimliliğin düşmesine sebep olmaktadır. BX795 gibi küçük molekül kinaz inhibitörleri ile yapılan çalışmalarda daha verimli viral transdüksüyon sonuçları elde edilebilmiştir. Bu çalışmada hücre içi stres granülleri ile ilişkisi olduğu düşünülen CCDC124 geni hedeflenmiş ve viral transdüksiyon sırasındaki antiviral rolü araştırılmıştır. Çalışmanın deneysel kısmında CRISPR/Cas9 sistemi kullanılarak HCT116, NK-92 ve YTS hücrelerinde CCDC124 geni ve diğer aday genleri susturulmuştur. Geliştirilen hücrelerin lentiviral transdüksiyon sırasındaki davranışları incelenmiştir ve lentiviral gen transferi yüzdelerinde önemli değişimler gözlenmiştir. Ek olarak CCDC124 geni susturulmuş olan NK-92 hücrelerinde stres granül oluşumuna bakılmıştır. Bu çalışmadaki bulgular NK hücrelerinde genetik modifikasyon yaklaşımlarının geliştirilmesine ve NK hücrelerinin virüslere karşı direnç mekanizmasının anlaşılmasına katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
The innate immune system acts as the first line of defense in a non-specific manner against infectious diseases as well as malignant transformation. Natural Killer (NK) cells are members of innate immune system which are particularly responsible for killing virus-infected cells and tumor cells. Distinct properties of NK cells are remarkable in terms of cancer immunotherapy. Among several approaches, genetic modification of NK cells to enhance their immune function is widely studied with promising results but in vitro gene delivery into NK cells is highly challenging. HIV-1 based lentiviral vector systems for stable gene transfer have been used in most of the studies that aim genetic modification of NK cells. However, viral resistance of NK cells causes low efficiency and reduced stability, but enhancement of gene delivery efficiency is possible to achieve with small-molecule kinase inhibitors, such as BX795. Stress granule assembly is known to be associated with antiviral responses. This study aims to study the effect of CCDC124 gene which may be associated with stress granule formation and antiviral response during lentiviral gene transfer to NK cells. To investigate the mechanism, CRISPR/Cas9 system was used to knock out CCDC124 and other genes that may be involved in the intracellular response against lentiviral vectors in HCT116, NK-92 and YTS cell lines. We compared the responses of different cell lines to lentiviral transduction and observed significant change in transduction efficiencies. Additionally, stress granule formation in CCDC124 knockout NK-92 cells is examined. Our findings present novel insights into the resistance of NK cells to lentiviral gene delivery and provide useful tools to improve genetic modification of NK cells.
Benzer Tezler
- Coiled coil domain containing protein 124'ün post-translasyonel modifikasyonlarının hücresel moleküler etkileşimler üzerine etkileri
The effects of post-translational modifications of coiled coil domain containing protein 124 on cellular molecular interactions
GAMZE ÇAKIRCA
Doktora
Türkçe
2024
GenetikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Investigation of novel genes and functional roles in MEFV negative FMF patients through next-generation sequencing
MEFV negatif ailesel Akdeniz ateşi hastalarında yeni nesil dizileme yöntemiyle özgün genlerin ve işlevlerinin araştırılması
MERVE ÖZKILINÇ ÖNEN
Doktora
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak lösin taşıyıcı proteinlerin ve dinein motor proteinlerin termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of leucine transporters and dynein motor proteins using molecular dynamics simulations
SEMA ZEYNEP YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- Nörodejeneratif hastalıkların patogenezinde yer tutan tau proteinlerinin biyoinformatik açıdan incelenmesi
Bioinformatics investigation of tau proteins involved in the pathogenesis of neurodegenerative diseases
HÜDANUR DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikSelçuk ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN
- Atık polietilentereftalattan özel blok kopolimerler ve çevre dostu alkid reçine üretimi
Production of special block copolymers and environmental friendly alkyd resins from PET wastes
OĞUZ MECİT