Coiled coil domain containing protein 124'ün post-translasyonel modifikasyonlarının hücresel moleküler etkileşimler üzerine etkileri
The effects of post-translational modifications of coiled coil domain containing protein 124 on cellular molecular interactions
- Tez No: 851078
- Danışmanlar: PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Tüm ökaryotlarda korunmuş, ribozomla ilişkili RNA bağlayıcı protein olan Coiled-coil domain-containing 124 (Ccdc124) proteini, stresin neden olduğu translasyonel kapanmanın ardından ribozom aktivitesinin devam etmesine yardımcı olmaktadır. Translasyondan bağımsız hücresel işlevi hala bilinmemekle birlikte, Ccdc124 proteini, ribozom dışında; hücre döngüsünün interfaz evresinde sentrozom veya sitokinetik bölünme sırasında orta cisimcik gibi hücresel konumlarda da bulunur. Daha önce HEK293 (insan embriyonik böbrek) hücrelerinde yapılan LC-MS/MS tabanlı proteomik analizler sonucu birçok yeni Ccdc124 protein partnerleri keşfedilmiştir. Haritalanan etkileşim partnerlerinin bir kısmının çekirdekçik biyosentezi ve işleyişinde yer aldığı görülmüştür. Yapılan bu tez çalışmasının ilk kısmında, HEK 293T ve U2OS (osteosarkom) hücre tiplerinde kanserle bağlantılı nükleolus belirteci olan Nükleofosmin (Npm1) ve Nükleolin (Ncl) ile Ccdc124 proteini arasındaki etkileşimin aydınlatılmasına yönelik çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Bu etkileşim immün boyama ve birlikte çöktürme deneyleri ile teyit edilmiştir. Çalışmanın ikinci kısmı, Ccdc124'ün fosforilasyonunun partner etkileşimi üzerine etkisinin araştırılmasını kapsamaktadır. Ccdc124 proteininin mutasyona uğratılmış translasyon sonrası modifikasyon (PTM) bölgeleri ve mutant proteinlerin Npm1 etkileşimi üzerindeki rolü analiz edilmiştir. Yapılan immün boyama çalışmalarında mutant proteinlerin, Npm1 ile etkileşiminde yabanıl tipe oranla düşüş olduğu görülmüştür. Npm1, çeşitli DNA onarım yollarına aracılık ederek genomik stabilitenin korunmasında yer alan kritik bir proteindir [Scott ve Oeffinger, 2016]. Nükleolar stres algılama, DNA hasarı tepkisini içeren moleküler mekanizmalarda Ccdc124'ün davranışının aydınlatılması amacıyla, çalışmanın son kısmında, Ccdc124 proteininin bir DNA interkalatörü olan Dox (doksorubisin) uygulamasına verdiği yanıtın araştırılması ve Dox yanıtı olarak DNA hasar durumunda nükleolar lokalizasyonu değiştiği bilinen Npm1 ile etkileşim dinamiği analiz edilmiştir. Yapılan in vitro deneyler sonucunda hem yabanıl tip hem de mutant Ccdc124 proteinlerinin Dox yanıtı olarak Npm1 proteini ile benzer yol izleyerek lokasyonunun çekirdekçikten çekirdek içine yayıldığına yönelik veriler elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Coiled-coil domain containing 124 (Ccdc124), a conserved ribosome-associated RNA-binding protein in all eukaryotes, helps maintain ribosome activity following stress-induced translational shutdown. Although its translation-independent cellular function is still unknown, the Ccdc124 protein is located not only the ribosome but also found in cellular locations such as the centrosome during the interphase of the cell cycle or the midbody during cytokinetic division. Previous LC-MS/MS-based proteome analyses carried out in HEK293 (human embryonic kidney) cells have led to the identification of a large number of novel Ccdc124 protein partners. Some of the mapped interaction partners were found to be involved in nucleolus biosynthesis and functioning. In the first part of this thesis, studies were carried out to elucidate the interaction between Nucleophosmin (Npm1), which is a cancer-associated nucleolar stress marker, and Ccdc124 protein in HEK 293T and U2OS (osteosarcoma) cell types. This interaction has been confirmed by immunostaining and co-precipitation experiments. In the second part of the study, it covers the investigation of the effect of phosphorylation of Ccdc124 on partner interaction. The role of the proteins mutated from the post-translational modification regions of the Ccdc124 on the interaction of Npm1 has been analyzed. In the immunostaining experiments, it was shown that the mutant proteins' interactions with Npm1 decreased compared to the wild-type protein. Npm1 is a critical protein involved in maintaining genomic stability by mediating various DNA repair pathways. In order to elucidate the behavior of Ccdc124 in molecular mechanisms including nucleolar stress sensing and DNA damage response, in the last part of the study, the response of Ccdc124 protein to Dox (doxorubicin) treatment, a DNA intercalator, and its interaction dynamics with Npm1, which is known to change its nucleolar localization as Dox response, were analyzed. Based on the results of the in vitro experiments, it was demonstrated that the wild-type and mutant forms of the Ccdc124 protein translocate from the nucleolus to the nucleus with a similar path as the Npm1 protein in response to Dox
Benzer Tezler
- Coiled-coil domain-containing 124 (CCDC124) proteininin işlevleri ve hücre-altı konumunun translasyon sonrası mekanizmalarla düzenlenmesi
Regulation of subcellular localization and functions of coiled-coil domain-containing 124 (CCDC124) protein by post translational mechanisms
ÖMER GÜLLÜLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyofizikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Coiled-coil domain containing 124 (CCDC-124) proteinine özgü monoklonal anti̇kor saflaştirilmasi, i̇mmün boyama ve bi̇yoki̇myasal metotlar i̇le anali̇zi̇
Coiled-coil domain containing 124 (CCDC-124) proteinine özgü monoklonal antikor saflaştırılması, immün boyama ve biyokimyasal metotlar i̇le analizi
ÇİĞDEM ÜLKÜSEVEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Olası bir RNA bağlayıcı protein olan coiled-coil domain containing protein 124 (CCDC 124)'ün etkileştiği RNA hedeflerinin belirlenmesi ve insan kanser doku örneklerinde ifade seviyelerinin incelenmesi
Identifying the RNA targets of coiled-coil domain contaning protein 124 (CCDC 124) and it's expression level in human cancer tissues
ÖZGE ARSLAN
Doktora
Türkçe
2021
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Characterization of the coiled-coil domain-containing protein 124 (CCDC124) as a novel centrosome and MIDBODY component involved in cytokinesis
Coiled-coiled domain-containing protein 124 (CCDC124)'ün sitokinezde rol oynayan yeni bir sentrozom ve orta-cisimcik (MIDBODY) proteini olarak tanimlanmasi
PELİN TELKOPARAN AKILLILAR
Doktora
İngilizce
2013
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
DOÇ. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Cloning, expression and biochemical characterization of full size and truncated novel CCDC-124 protein in e. coli
E.coli'de tam boyutlu ve kesilmiş yeni CCDC-124 proteinin klonlaması, ekspresyonu ve biyokimyasal özellikleri
ASYAH ABBAS ABBOOD ABBOOD
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜNİR TUNÇER