Role of butyrate in post-transcriptional regulation of ınflammatory genes by regulating rna binding proteins
Rna'ya bağlanan proteinleri düzenleyerek i̇nflamatuvar genlerin post-transkripsiyonel düzenlenmesinde butiratin rolü
- Tez No: 577843
- Danışmanlar: PROF. DR. SREEPARNA BANERJEE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Kısa zincirli yağ asitlerinin (KZYAlar) bağırsakta kommensal bakteriler tarafından üretildiği ve siklooksijenaz-2 (COX-2) dahil olmak üzere sitokinleri ve inflamatuvar aracıları transkripsiyonel olarak inhibe ederek inflamasyonu azalttığı gösterilmiştir. Hipotezimiz, bir KZYA olan bütiratın, RBPlerin ifadelerini global olarak veya sitoplazmik translokasyonlarını etkileyerek transkripsiyon sonrası düzenlenmelerinde rol oynayabileceğidir. Kolorektal kanser hücre hatlarını sodyum bütiratla (NaBt) muamele ettik ve bütiratın, çeşitli RBPlerin genel protein ifadesini azalttığını ve stabilize edici RBP, HuR'nin sitoplazmik translokasyonunu inhibe ettiğini gözledik. Bu, butirat ile muamele edildiğinde birkaç farklı AU-zengin element (ARE) sekansının NanoLuc raportör aktivitesindeki azalma ile desteklendi ve bu azalma HuR fazla ifade edildiğinde bile sürdürüldü. HuR'nin gözlenen azalan aktivitesinin, butirat muamelesinden kaynaklı p38 ve MK2 fosforilasyonundaki azalmanın ve Chk2nin fosforilasyonunda artışın bir sonucu olduğunu gösterdik. Sonuçlarımız, bütiratın, inflamatuvar genlerin ifadesini sadece transkripsiyonel olarak değil, transkripsiyon sonrası mRNA stabilize edici proteinleri inhibe ederek azaltabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Short chain fatty acids (SCFAs) are generated in the gut by commensal bacteria and are known to reduce inflammation by inhibiting the expression of inflammatory mediators. There are indications that SCFAs can also affect gene expression post transcriptionally. We have hypothesized that butyric acid, a SCFA, can mediate the post-transcriptional regulation of inflammatory mediators such as Cyclooxygenase-2 (COX-2) by affecting the global expression or cytoplasmic translocation of RNA binding proteins (RBPs). We treated colorectal cancer cell lines with sodium butyrate (NaBt) and observed that butyrate reduced the general protein expression of various RBPs and inhibited the cytoplasmic translocation of the stabilizing RBP, HuR. This was supported by a reduction in the NanoLuc reporter activity of several different AU- rich element (ARE) sequences when treated with butyrate and this reduction was maintained even when HuR was overexpressed. We showed that the observed reduced activity of HuR was a consequence of a decrease in p38 and MK2 phosphorylation and increased phosphorylation of Chk2 due to butyrate treatment. Our results suggest that butyrate can reduce the expression of inflammatory genes not only transcriptionally but also post-transcriptionally by affecting the subcellular localization or expression of mRNA stabilizing proteins.
Benzer Tezler
- Üç boyutlu kolorektal kanser modelinde bütirat ve melatonin'in kemoterapi etkinliğindeki rolü
The role of butyrate and melatonin in chemotherapy effectiveness in three dimensional colorectal cancer model
TOLGA SEVER
Doktora
Türkçe
2024
OnkolojiDokuz Eylül ÜniversitesiOnkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM ÇALIBAŞI KOÇAL
- İn Vitro Spinal Muscular Atrophy (SMA) modelinde sodyum bütirat etken maddesinin moleküler mekanizmasının araştırılması
Investigation of the molecular mechanism of sodium butyrate in In Vitro Spinal Muscular Atrophy (SMA) model
NAZLICAN YÜREKLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLKAN KILIÇ
- Investigation of the effect of sodium butyrate induced differentiation on inflammatory pathways in colon cancer cells
Kolon kanser hücre hatlarında sodyum bütiratla indüklenmiş farklılaşmanın enflamasyon yolaklarına etkisinin incelenmesi
MÜMİNE KÜÇÜKDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SREEPARNA BANERJEE
- Deneysel alerjik rinit sıçan modelinde bağırsak mikrobiyota profilinin belirlenmesi
Determination of intestinal microbiota profile in a rat model of experimental allergic rhinitis
NURANA MAMMADOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜR ÇELEBİ
DOÇ. DR. MUSTAFA CAN GULER
- Diyabetik hastalarda melatonin ve alfa-hidroksil bütirat düzeylerinin ölçülmesi ve bu değişkenlerin tip 2 diyabetin saptanmasında biyobelirteç olarak değerlendirilmesi
Measuring levels of melatonin and alpha-hydroxyl butyrate in diabetic patients and considering these variables as biomarkers in detecting type 2 diabetes
LINA HAMEED MOHAMMED AL GBURI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaKütahya Dumlupınar ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN BÜLBÜL