Investigation of the effect of sodium butyrate induced differentiation on inflammatory pathways in colon cancer cells
Kolon kanser hücre hatlarında sodyum bütiratla indüklenmiş farklılaşmanın enflamasyon yolaklarına etkisinin incelenmesi
- Tez No: 313724
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SREEPARNA BANERJEE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Sodyum bütirat (NaBt), kalın bağırsak mikroflorasındaki bakterilerin besinsel lifleri anaerobik metabolizması sonucu doğal olarak üretilen, dört karbonlu bir kısa yağ zinciridir. Sodyum bütiratın proliferasyonu engellediği ve hücre farklılaşmasını tetiklediği daha önce gösterilmiştir. Bu çalışmanın amacı da HT29 kolon kanser hücrelerinde, sodyum bütirat muamelesi ile başlatılmış hücre farklılaşması sırasında enflamasyon yolaklarının araştırılmasıdır. Bu amaçla, ilk olarak HT29 hücreleri 1-5 mM arası değişen konsantrasyonlarda muamele edilmiş ve 3 mM konsantrasyonun farklılaşmanın başlatılması için yeterli olduğu gözlemlenmiştir. Sodyum bütiratın enflamasyon üzerindeki etkisini anlamak için NF-kappaB yolağı (p50 ve p65) incelenmiştir. Immünoflorasan boyama deneyleri sonucu p50 nükleer lokalizasyonunun artarken, p65 lokalizasyonunun sabit kalması, ek olarak gözlemlenen sodyum bütirat ve NF-kappaB baskılayıcı Bay 11-7085 etkileşimi, baskılayıcı p50 homodimer oluşumunu akla getirmiştir. Kromatin immün çöktürme deneylerimizin ilk aşaması ICAM-1 promotor bölgesinde p65 bağlanmasının azalırken, p50 bağlanmasının arttığını göstermiştir. Diğer yandan, COX-2 haricindeki NF-kappaB hedef genlerinden sitokinler IL1-ß ve TNF-?, tutunma molekülleri ICAM-1 ve VCAM-1 mRNA seviyelerinde, 3 mM NaBt muamelesi sonrası artış gözlemlenmiştir. Bu sonuçlar sodyum bütirat ile başlatılmış hücresel farklılaşmanın, HT29 hücrelerinde bir anti-tümör mekanizması olarak, enflamasyon sinyallerinde artışa sebep olabileceğini işaret etmektedir. Bu çalışma, kolon mikroflorasında kısa zincirli yağ asitlerinin etkilerinin anlaşılmasında önemli olacak ve kolorektal kanserde muhtemel terapötik alternatifler sunabilecektir.
Özet (Çeviri)
Sodium butyrate (NaBt) is a four-carbon short chain fatty acid, produced naturally in colon as the end product of the bacterial anaerobic metabolism on dietary fibers. It was previously shown that NaBt can induce differentiation and may inhibit proliferation. The objective of this study was to investigate the effect of NaBt-induced differentation on inflammatory pathways in HT29 colon cancer cells. For this purpose, first, cells were treated with varying concentrations of NaBt from 1-5 mM and amount required to induce differentiation was determined as 3 mM. To understand the effect of NaBt on inflammation, the NF-kappaB pathway (p50 and p65) was investigated. Immunofluorescent staining showed increased nuclear translocation of p50 subunit with no remarkable change in subcellular localization of p65; moreover a synergistic effect was observed when cells were co-treated with NaBt and an NF-kappaB repressor, Bay 11-7085; implying the formation of repressive p50 homodimers in the nucleus. Our preliminary chromatin immunoprecipitation results showed that p65 recruitment to the promoters of ICAM-1 was reduced, whereas p50 recruitment was increased. However, analysis of NF-kappaB target genes showed that cells treated with 3 mM NaBt have higher expression of the cytokines IL1-ß and TNF-?, adhesion molecules ICAM-1 and VCAM-1 but not COX-2. These results suggest that NaBt-induced differentiation could cause the emergence of an inflammatory signal in HT29 cells as an anti-tumor mechanism, independent from the NF-kappaB activity. This work will be important in understanding the role of SCFAs in the colon microenvironment and may provide alternative therapeutic options in colorectal cancer.
Benzer Tezler
- Investigation of the therapeutic effect of sodium butyrate in Caco2 colon cancer cell line by using ATR-FTIR spectroscopy
Sodyum büteratın CAco2 kolon kanseri hücreleri üzerinde terapatik etkisinin ATR-FTIR spektroskopisi kullanılarak incelenmesi
BUKET ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyofizikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPAN BEK
DR. NİHAL ŞİMŞEK ÖZEK
- Timolün glioblastoma hücre hattında Aβ25-35 ile oluşturulan Alzheimer modeli üzerindeki nöroprotektif etkisinin araştırılması
Investigation of the neuroprotective potential of thymol on an Alzheimer's model created with Aβ25-35 in glioblastoma cell line
BESTE BALBAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEFA KIZILDAĞ
- Investigation of the effect of sodium butyrate on the regulation of cyclooxygenase-2 in colon cancer cell lines CACO-2 and HT-29
CACO-2 VE HT-29 kolon kanseri hücre hatlarında sodyum bütirat muamelesinin sıiklooksıijenaz-2 regülasyonu üzerine etkisinin araştırılması
DOĞUKAN HAZAR ÜLGEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SREEPARNA BANERJEE
- Spinal müsküler atrofide RNA işlenme hatasının ve tedavinin araştırılması
The investigation of RNA splicing defects and treatment of spinal muscular atrophy
DİDEM DAYANGAÇ
Doktora
Türkçe
2005
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. HAYAT ERDEM YURTER
- Bal arılarında (Apis mellifera) beslenme farklılıklarının sirtuin enzimleri ve nörodejeneratif ve nörotransmitter salınımını düzenleyen genler üzerinde etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of dietary differences on sirtüin enzymes and genes regulating neurodegenerative and neurotransmitter release in honeybees (Apis mellifera)
SEVDA ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Moleküler TıpBursa Uludağ ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYDIN TÜRKEÇ