Prcell: sentetik biyoloji için sinyal yolağı programlamaya yönelik bir yazılım
Prcell: A software for pathway programming for synthetic biology
- Tez No: 579499
- Danışmanlar: PROF. DR. ERDEM KARABULUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoistatistik, Tıbbi Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biostatistics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Sentetik Biyoloji, Genetik Devreler, Hücre Programlama, Synthetic biology, Genetic circuits, Cell programming
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Sentetik biyoloji, mühendisliğin temel ilkelerinin biyolojiye, özellikle de hücreye uygulanmasına yönelik yeni ve disiplinlerarası bir araştırma alanıdır. Yapay biyolojik sistemler tasarlamayı ve üretmeyi amaçlar. Sentetik biyoloji, hücresel işlevleri değiştirmek veya düzeltmek, hücrenin çevresel koşullara yanıt vermesini sağlamak veya hücresel gelişimi yönetmek için tasarlanıp uygulanabilen yeni sinyal yollarını tasarlamak veya ayarlamak için çok önemlidir. Araştırmacıları biyolojik devre tasarımının elektronikteki entegre devrelerin tasarımına benzeyeceği ve genetik mühendisliğinin yeteneklerini artıracağı bir gelecek bekliyor. Bir hücre programlama dili olarak geliştirilen uygulamaların amacı, canlı hücreler için genetik devreler tasarlamak ve hücrede tasarlanmış genetik devreyi gerçekleştirmektir. Bunlardan biri, elektronik devre tasarım programına dayanan, verilog olan ve elektronik devreleri tasarlamak için mantık kapılarını kullanan Cello'dur. Elektronik devre tasarım mantığının biyolojik devrelere uygulanmasının yeterli olamayacağını düşündüğümüzden, bu tezde prCell adını verdiğimiz biyolojik devrelerin tasarımı için yeni bir programlama dili geliştirdik. prCell'in ana özelliği, herhangi bir elektronik devre tasarımında biyolojik devreyi tasarlamak için kullanılan mantık geçitleri yerine, kullanıcının giriş-çıkış ve kontrol nesnelerini belirleyeceği dinamik yapılara dayanan bir mantığa sahip olmasıdır. Bu, çok büyük ve karmaşık bir biyolojik devre tasarlama esnekliği ve imkanı sağlar. İnternet üzerinden yayınlanacak olan prcell'de bir üyelik sistemi olacağından, kullanıcının bir veritabanı ve kullanıcının bir biyolojik devre tasarım ortamı olacaktır. En önemli hedefimiz sentetik biyoloji ile ilgilenen herkesin sinyal yolunu kolay ve etkili bir şekilde tasarlayıp canlı hücrede uygulayabilmesidir. Hücre içi olayları daha iyi modellemek için, prcell'in kullanıcı taleplerine göre geliştirileceğine ve canlıları yeniden programlamak için farklı bir bakış açısı sağlayacağına inanıyoruz.
Özet (Çeviri)
Synthetic biology is a new and interdisciplinary field of research aimed at applying the fundamental principles of engineering to biology, especially to the cell. It aims to design and produce artificial biological systems. Synthetic biology is very important to for design or adjust new signaling pathways that can be designed and implemented to alter or correct cellular functions, enable the cell to respond to environmental conditions, or manage cellular development. Researchers expect a future in which the design of biological circuits will resemble the design of integrated circuits in electronics and increase the capabilities of genetic engineering. The purpose of the applications developed as a cell programming language is to design genetic circuits for living cells and to realize the designed genetic circuit in the cell. One of these is Cello, which is based on the electronic circuit design program, verilog, and uses logic gates to design electronic circuits. Since we think that the application of electronic circuit design logic to biological circuits cannot be enough, in this thesis we have developed a new programming language for designing biological circuits which we call prCell. The main feature of prCell is that instead of the logic gates used for any electronic circuit design to design the biological circuit, it has a logic based on the dynamic structures in which the user will determine the input-output and control objects. This provides flexibility and possibility to design a very large and complex biological circuit. Since there will be a membership system in prcell to be published over the internet, there will be a database of the user and a biological circuit design environment of the user. Our most important goal is that anyone interested in synthetic biology can easily and effectively design the signal pathway and apply it in the living cell. We believe that in order to better model intracellular events, prcell will be developed according to user demands and will provide a different perspective for reprogramming living things.
Benzer Tezler
- Production of acidic and alkaline solutions from concentrated seawater brines from saltworks by electrodialysis in combination with bipolar membranes
Bipolar membran elektrodiyaliz yöntemi ile tuz işletmelerinden elde edilen konsantre deniz suyu tuzlu sularından asidik ve alkali çözeltilerin üretimi
BUKET DEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATOŞ YÜKSEL GÜVENİLİR
- Purcell effect in polymer films
Polimer filmlerde purcell etkisi
İBRAHİM SARPKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Fizik ve Fizik MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiFizik Bölümü
PROF. DR. M. NACİ İNCİ
- Geniş bant haberleşme uygulamaları için fotonik entegre devrelerde kullanılabilecek nano ışık kaynaklarının manyetik purcell etkisi ile tasarımı
Design of nano light sources with magnetic purcell effect that can be used in photonic integrated circuits for wideband communication applications
ŞUANUR KABA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİskenderun Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAKUP HAMEŞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERDEM ASLAN
- Kemik avasküler nekrozlarında difüzyon ağırlıklı görüntüleme
Diffusion weighted imaging in bone avascular necrosis
LEVENT AĞGÜNLÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
Radyoloji ve Nükleer TıpGazi ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. A. YUSUF ÖNER