DNA sekanslarında genlerin CUDA ve OpenCL kullanılarak hızlı saptanması
Accelerating gene identification in DNA sequences with CUDAand OpenCL
- Tez No: 580190
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM SAVRAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 50
Özet
Metagenom, ortamdan elde edilen genomik veridir. Yüzlerce, hatta milyonlarca farklı tür içerebilir. Mevcut nesil sıralama cihazları bir kerede milyarlarca dizi üretebilir. MGC ve Orphelia gibi uygulamalar, başlangıçta, genetik dizilim aygıtları tarafından üretilen dizilerdeki genlerin tespiti için kullanılmıştır. Milyarlarca diziyi işlemek için donatılmamış bu tür uygulamalar, dizilim dosyası 20K dizisine kadar küçük bölümlere bölündüğünde gen tanımlaması için birkaç gün sürebilir. Bu çalışmada, metagenom gen saptamasının geliştirilmesinde Metagenom Gen Arayan (MGC) uygulamasının kullanımı kullanılmıştır. Temel fonksiyonlar, OpenCL ve CUDA platformları için veri dönüşümlerinin uygun şekilde kullanılmasıyla hazırlanmıştır. Ayrıca, bu çekirdek işlevler GPU'da çalıştırıldı ve sonuçlar buna göre tartışıldı. Veri yapısı basitleştirmesiyle tüm gen saptama yöntemi birkaç günden birkaç dakikaya indirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Metagenome is the genomic data obtained from the environment. It may contain hundreds or even millions of different species. The current generation sequencing devices can produce billions of sequences at once. Applications such as MGC and Orphelia were initially used for the detection of the genes within those sequences that have been produced by the genetic sequencing devices are now insufficient. Such applications that are not equipped to process billions of sequences could take several days for the gene identification once the sequence file is divided into small divisions up to 20K sequence. In this work, the use of Metagenome Gene Caller (MGC) application for the development of metagenome gene detection has been used. The core functions have been prepared for the OpenCL and CUDA platforms through the appropriate utilization of the data transformations. Furthermore, these core functions were run through the GPU and the results are debated accordingly. The entire gene detection method has been reduced from several days to a few minutes through data structure simplification
Benzer Tezler
- Hypoderma bovis hypodermin rekombinant antijenlerinin karakterizasyonu, ekspresyon profilleri ve serolojik teşhisteki etkinliklerinin değerlendirilmesi
Characterization and expression profiles of hypoderma bovis hypodermin recombinant antigens and assesment of their serodiagnostic efficiencies
MÜBECCEL OKUR
Doktora
Türkçe
2020
ParazitolojiErciyes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH İNCİ
- shRNA ile HBV replikasyonunun in vitro olarak baskılanması
İnhibition of hepatitis B virus replication by shRNAs: A new strategy in HBV treatment
HANDAN KAYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
GastroenterolojiAnkara ÜniversitesiHematoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİTHAT BOZDAYI
- Karpuzda (Citrullus lanatus L.) izole edilmiş ERF transkripsiyon faktör genlerinin karakterizasyonu
Characterization of isolated ERF transcription factor genes in watermelon (Citrullus lanatus L.)
ZUHAL KAROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YAŞAR KARAKURT
- Identification of a novel experimental model to reveal mechanisms leading to epigenetic changes and subsequent activation of cancer testis genes in cancer
Kanserde epigenetik değişimlere ve sonrasında kanser testis genlerinin aktivasyonuna sebep olan mekanizmaların ortaya çıkarılması için yeni deneysel modellerin tanımlanması
BARIŞ KÜÇÜKKARADUMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Molecular cloning, sequencing and transcriptional analyses of c5 pathway genes of 5-aminolevulinic acid synthesis in rhodobacter sphaeroides o.u.001
Rhodobacter sphaeroides o.u.001'de c5 5-aminolevulinik asit sentez yolunda bulunan genlerin klonlanması, dizilenmesi ve transkripsiyonel analizleri
FARMESK IBRAHIM RIDHA RIDHA
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiSelçuk ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GIYASETTİN KAŞIK