Geri Dön

DNA sekanslarında genlerin CUDA ve OpenCL kullanılarak hızlı saptanması

Accelerating gene identification in DNA sequences with CUDAand OpenCL

PDF İndir

  1. Tez No: 580190
  2. Yazar: SHAFIEI ABDI SULEIMAN
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM SAVRAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 50

Özet

Metagenom, ortamdan elde edilen genomik veridir. Yüzlerce, hatta milyonlarca farklı tür içerebilir. Mevcut nesil sıralama cihazları bir kerede milyarlarca dizi üretebilir. MGC ve Orphelia gibi uygulamalar, başlangıçta, genetik dizilim aygıtları tarafından üretilen dizilerdeki genlerin tespiti için kullanılmıştır. Milyarlarca diziyi işlemek için donatılmamış bu tür uygulamalar, dizilim dosyası 20K dizisine kadar küçük bölümlere bölündüğünde gen tanımlaması için birkaç gün sürebilir. Bu çalışmada, metagenom gen saptamasının geliştirilmesinde Metagenom Gen Arayan (MGC) uygulamasının kullanımı kullanılmıştır. Temel fonksiyonlar, OpenCL ve CUDA platformları için veri dönüşümlerinin uygun şekilde kullanılmasıyla hazırlanmıştır. Ayrıca, bu çekirdek işlevler GPU'da çalıştırıldı ve sonuçlar buna göre tartışıldı. Veri yapısı basitleştirmesiyle tüm gen saptama yöntemi birkaç günden birkaç dakikaya indirilmiştir.

Özet (Çeviri)

Metagenome is the genomic data obtained from the environment. It may contain hundreds or even millions of different species. The current generation sequencing devices can produce billions of sequences at once. Applications such as MGC and Orphelia were initially used for the detection of the genes within those sequences that have been produced by the genetic sequencing devices are now insufficient. Such applications that are not equipped to process billions of sequences could take several days for the gene identification once the sequence file is divided into small divisions up to 20K sequence. In this work, the use of Metagenome Gene Caller (MGC) application for the development of metagenome gene detection has been used. The core functions have been prepared for the OpenCL and CUDA platforms through the appropriate utilization of the data transformations. Furthermore, these core functions were run through the GPU and the results are debated accordingly. The entire gene detection method has been reduced from several days to a few minutes through data structure simplification

Benzer Tezler

  1. Tez No

    651190

    Hypoderma bovis hypodermin rekombinant antijenlerinin karakterizasyonu, ekspresyon profilleri ve serolojik teşhisteki etkinliklerinin değerlendirilmesi

    Characterization and expression profiles of hypoderma bovis hypodermin recombinant antigens and assesment of their serodiagnostic efficiencies

    MÜBECCEL OKUR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    ParazitolojiErciyes Üniversitesi

    Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDULLAH İNCİ

  2. Tez No

    163987

    shRNA ile HBV replikasyonunun in vitro olarak baskılanması

    İnhibition of hepatitis B virus replication by shRNAs: A new strategy in HBV treatment

    HANDAN KAYHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    GastroenterolojiAnkara Üniversitesi

    Hematoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİTHAT BOZDAYI

  3. Tez No

    309734

    Karpuzda (Citrullus lanatus L.) izole edilmiş ERF transkripsiyon faktör genlerinin karakterizasyonu

    Characterization of isolated ERF transcription factor genes in watermelon (Citrullus lanatus L.)

    ZUHAL KAROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    ZiraatSüleyman Demirel Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YAŞAR KARAKURT

  4. Tez No

    434207

    Identification of a novel experimental model to reveal mechanisms leading to epigenetic changes and subsequent activation of cancer testis genes in cancer

    Kanserde epigenetik değişimlere ve sonrasında kanser testis genlerinin aktivasyonuna sebep olan mekanizmaların ortaya çıkarılması için yeni deneysel modellerin tanımlanması

    BARIŞ KÜÇÜKKARADUMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE

  5. Tez No

    453528

    Molecular cloning, sequencing and transcriptional analyses of c5 pathway genes of 5-aminolevulinic acid synthesis in rhodobacter sphaeroides o.u.001

    Rhodobacter sphaeroides o.u.001'de c5 5-aminolevulinik asit sentez yolunda bulunan genlerin klonlanması, dizilenmesi ve transkripsiyonel analizleri

    FARMESK IBRAHIM RIDHA RIDHA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GIYASETTİN KAŞIK

Geri Dön