Karpuzda (Citrullus lanatus L.) izole edilmiş ERF transkripsiyon faktör genlerinin karakterizasyonu
Characterization of isolated ERF transcription factor genes in watermelon (Citrullus lanatus L.)
- Tez No: 309734
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YAŞAR KARAKURT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Citrullus lanatus, etilen, gen, karpuz, ERF transkripsiyon faktör genleri, Citrullus lanatus, ethylene, gene, watermelon, ERF transcription factors
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Süleyman Demirel Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Karpuz meyvesi etilene oldukça duyarlı olup etilen etkisiyle hızlıca bozulmakta ve iç sulanması (watersoaking) denilen bir fizyolojik bozukluk göstermektedir. Bu çalışmada karpuz meyvesinde etilen sinyalinin iletiminde rol alan ERF transkripsiyon faktör genlerinin elde edilmesi ve karakterizasyonunun yapılması hedeflenmiştir. Diğer türlerden daha önce izole edilen ERF transkripsiyon faktörü genlerinin korunmuş bölgelerinden hazırlanan dejenere primerlerle yapılan PCR sonucunda altı adet kısmi cDNA fragmanı elde edilmiştir. Bu cDNA fragmanları klonlanıp sekanslandıktan sonra BLAST programları yardımıyla ERF transkripsiyon faktörlerine ait sekanslar oldukları kanıtlanmıştır. ERF transkripsiyon faktörü olduğu kanıtlanan herbir cDNA dan spesifik primerler dizayn edilerek bu cDNA'ların tam nükleotid sekanslarının elde edilmesi amacıyla 3' ve 5' RACE analizlerinde kullanılmıştır. Çalışmalar sonucunda iki adet ERF transkripsiyon faktörünün tam nükleotid sekansları elde edilmiş ve bu transkripsiyon faktörleri daha once izole edilen transkripsiyon faktörlerinin sekanslarıda göz önüne alınarak Cl-ERF1 ve Cl-ERF2 şeklinde isimlendirilmişlerdir. Yapılan sekanslama sonucunda Cl-ERF1 ve Cl-ERF2 genlerinin sırasıyla 1007 ve 1160 bazdan oluştukları tespit edilmiştir. Bu genlerden Cl-ERF1 geninin 299 amino asitten oluşan bir proteini kodlayan bir ORF'ye sahip olduğu gözlenmiştir. CL-ERF2 olarak adlandırılan gen ise, 303 amino asidin oluşturduğu bir proteini kodlayan tahmini ORF'den meydana geldiği gözlenmiştir.Çalışmada izole edilen karpuz ERF'lerinin tahmini amino asit sekansları incelendiğinde Cl-ERF1'in Q14 ve D19 içerdiği ve Cl-ERF2'in ise R14 ve V19'a sahip olduğu görülmüştür. Yapılan yapı ve sekans analizleri sonucunda Cl-ERF1 ve CL-ERF2 genlerin Malus x domestica (elma), Arabidopsis and Vitis vinifera (asma) gibi türleri başta olmak üzere diğer türlerden izole edilen Cl-ERF1 ve CL-ERF2 transkripsiyon faktör genlerinin sahip oldukları korunmuş bölgelerin tamamına sahip oldukları ve bu genlere çok yüksek düzeyde hem amino asit hemde nükleotid sekans benzerlikleri gösterdikleri belirlenmiştir.Tam uzunluktaki amino asit sekansları göz önüne alındığında, Cl-ERF1 ve CL-ERF2 transkripsiyon faktör genlerinin AP2/ERF süperailesinde yer alabileceği ortaya konulmuştur. Sekans analizleri izole edilen Cl-ERF1 ve CL-ERF2 transkripsiyon faktör genlerinin DNA bağlanma olayına katılan ERF/AP2 domeyni (59 amino asit) ile tanımlanan AP2/ERF süperailesine ait olduğunu göstermiştir.ERF transkripsiyon faktörlerinin tam nükleotid dizilerinin çıkarılması ile ileride antisens RNA teknolojisi gibi teknikler kullanılarak yapılması düşünülen genetik transformasyon çalışmalarında kullanılabilecek olan genler elde edilmiştir. İzole edilen genler bitki ıslah transformasyon programlarında olgunlaşma şekilleri değiştirilmiş ve etilene bağlı olarak ortaya çıkan fizyolojik bozukluklara karşı dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesinde kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Watermelon fruit is very sensitive to ethylene demonstarting rapid tissue deterioration and watersoaking, a physiological disorder, with ethylene exposure. This study was undertaken to isolate and characterize ERF transcription factors involved in ethylene signal transduction in watermelon fruit. As a result of PCR amplification with degenerate primers designed from conserved regions of previously isolated ERF transcription factors from other species, six partial cDNA fragments were obtained. These cDNA fragments were cloned, sequenced and compared with other ERF transcription factor sequences using BLAST program to confirm that they are transcription factor sequences. Spesific primers to each confirmed cDNA fragment were designed and used in 3? and 5? RACE analyses in order to isolate their full length sequences. As a result two full length ERF transcription factors were obtained and designated as Cl-ERF1 and Cl-ERF2 . Upon sequencing Cl-ERF1 and Cl-ERF2 genes were 1007 and 1160 nucleotide in length respectively. The Cl-ERF1 gene had an ORF encoding a protein of 299 amino acids. The gene so called Cl-ERF2 contained an ORF encoding a protein consisting of 303 amino acids. The predictory amino acid sequences of watermelon ERF genes showed that Cl-ERF1 contained Q14 and D19 while Cl-ERF2 had R14 and V19 amino acids. Structural and sequence analyses demonstrated that Cl-ERF1 and Cl-ERF2 had all conserved regions that the previously isolated ERF transcription factors from other species including Malus x domestica, Arabidospsis and Vitis vinifera possesed and showed highly significant amimo acid and nucleotid similarities to the sequences of those isolated genes. Sequence analyses demonstrated that the isolated Cl-ERF1 and Cl-ERF2 transcription factors belonged to AP2/ ERF super family known to posses ERF/AP2 domain (59 amino acids) involved in DNA binding.By isolating the full length nucleotid sequences of genes encoding ERF transcription factors, the genes that may be used in genetic transformation studies were obtained. The isolated genes could be utilized in plant transformation studies with antisense RNA technlogy to develop cultivars with altered ripening behavior and resistant to ethylene-dependent physiological disorders.
Benzer Tezler
- Karpuzda (Citrullus lanatus L.) ovaryum kültürü ile saf hatların geliştirilmesi
Development of pure lines by ovary culture in watermelon (Citrullus lanatus L.)
ECEM KARA
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiSivas Bilim ve Teknoloji ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKHAN BAKTEMUR
PROF. DR. HATIRA TAŞKIN
- Karpuzda (Citrullus lanatus (Jhunb) Matsun and Nakai) Önçimlendirme (priming) uygulamalarının düşük sıcaklıklardaki çimlenme ve çıkış oranı ile süresi üzerine etkileri
Başlık çevirisi yok
BEDRİYE TORUN HERGÜNER
Yüksek Lisans
Türkçe
1993
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM ABAK
- Domates, biber, patlıcan ve karpuzda tohum çimlenme hızının fide kalitesine etkisi
The effect of germination rate on seedling quality in tomato, pepper, aubergine and watermelon seeds
NURTEN LÖKOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
ZiraatAnkara ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM DEMİR
- Citrullus lanatus var. Lanatus ve C. Lanatus var. Citroides türlerinde anter kültürü yöntemiyle haploid bitki elde edilmesi
Obtention of haploid plant in Citrullus lanatus var. Lanatus and C. Lanatus var. Citroides species by anter culture method
FURKAN CİHAD AKBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLKNUR SOLMAZ
- LEA (Late embryogenesıs abundant) genlerinin kavun (Cucumis melo L.) ve karpuz (Citrullus lanatus) türlerinde tanımlanması, biyoinformatik analizleri ve kuraklık stresi altında gen ifade analizlerinin incelenmesi
Identification, bioinformatics analysis of LEA (Late embryogenesis abundant) genes in melon (Cucumis melo L.) and watermelon (Citrullus lanatus) and gene expression analysis under drought stress condition
SİBEL KARA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
GenetikKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU