Tuz gölü sedimentlerindeki prokaryotik çeşitliliğin metagenomik, tek hücre genomiği ve kültür bağımlı yaklaşımlarla belirlenmesi
Detection of prokaryotic diversity in tuz lake sediments by metagenomics, single cell genomics and culture dependent
- Tez No: 582620
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 250
Özet
Bu çalışmada, Tuz Gölü'ne ait sediment tabakada bulunan mikrobiyal toplulukların profili, 16S rDNA gen hedefli Illumina MiSeq yüksek-verimli dizileme, gen klonlama ve kültür çalışmaları ile ortaya konmuştur. Ayrıca bu ortamda bulunan mikroorganizmaların metabolik potansiyelleri ve çevresel rolleri, metagenomik, tek hücre genomiği analizleri ve kültür bağımlı EcoPlate çalışmaları ile değerlendirilmiştir. Klonlama ve MiSeq dizileme ile elde edilen verilerde Halobacteriales, Thermoplasmatales,“Methanonatronarchaeia”, Methanobacteriales,“Rhodothermales”, Bacteroidales, Halanaerobiales, Gemm-4 (Gemmatimonadetes), KB1 / OP1 (Acetothermia), Desulfobacterales, Desulfovibrionales ve Oceanospirillales grupları ile ilişkili filotiplerin yüksek oranda temsil edildiği saptanmıştır. Metagenomik analizler ile elde edilen 25 adet taslak genomun genel özellikleri ve metabolik potansiyelleri ortaya konmuştur. Bu genomlar, Halomonas (2), Halodesulfurarchaeum (1), Thiohalorhabdus (1), Rhodobacteraceae (1), Halanaerobiaceae (2), Lentimicrobiaceae (2), Chloroflexi (1), Candidatus Izimaplasma (1), Bacteria domaini (3), Ca. Marinimicrobia (2), Ca. Omnitrophica (1), Ca. Microgenomates (1), Aday bölüm MSBL-1 (3), Aday bölüm SA1 (1), Ca. Bathyarchaeota (1) ve Ca. Nanohaloarchaea (1) grupları ile filogenetik olarak ilişkilidir. Bu taslak genomlardan yaklaşık olarak yarısının, kültüre edilmiş temsilcisi bulunmayan gruplara ait olduğu görülmektedir. Bazı sediment örneklerinde Ca. Acetothermia filotipleri yüksek oranda (~%30) temsil edilmiştir. Tek hücre genomiği çalışmasında, hedef grup olarak belirlenen Ca. Acetothermia'ya ait 6 adet tek hücre genomunun analizi gerçekleştirilmiştir ve bu temsilcilerin genom özellikleri ve olası metabolik profili ortaya çıkarılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, the profile of the microbial community inhabiting sediment layer of Tuz Lake was revealed by the 16S rDNA gene-targeted Illumina MiSeq high-throughput sequencing, gene cloning and culture studies. Metabolic potentials and environmental roles of microorganisms in this environment have been demonstrated by metagenomics, single cell genomics analysis and culture dependent EcoPlate studies. In the data obtained by cloning and MiSeq sequencing, it was detected that the phylotypes related to Halobacteriales, Thermoplasmatales,“Methanonatronarchaeia”, Methanobacteriales,“Rhodothermales”, Bacteroidales, Halanaerobiales, Gemm-4 (Gemmatimonadetes), KB1 / OP1 (Acetothermia), Desulfobacterales, Desulfovibrionales and Oceanospirillales groups were highly represented. General characteristics and metabolic potentials of 25 draft genomes obtained by metagenomic analysis has been revealed. These genomes are phylogenetically related with Halomonas (2), Halodesulfurarchaeum (1), Thiohalorhabdus (1), Rhodobacteraceae (1), Halanaerobiaceae (2), Lentimicrobiaceae (2), Chloroflexi (1), Candidatus Izimaplasma (1), Bacteria domain (3), Ca. Marinimicrobia (2), Ca. Omnitrophica (1), Ca. Microgenomates (1), Candidate divsion MSBL-1 (3), Candidate division SA1 (1), Ca. Bathyarchaeota (1) and Ca. Nanohaloarchaea (1). Approximately half of these draft genomes appear to belong to groups without any cultured representatives. In some sediment samples, Ca. Acetothermia phylotypes were represented at a high rate (~ 30%). In the single cell genomics study, 6 single cell genomes of Ca. Acetothermia, which were determined as the target group, were analyzed and genome characteristics and possible metabolic profile of these representatives were revealed.
Benzer Tezler
- Tuz Gölü
Salt Lake
MURAT FEVZİ GEZER
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Güzel SanatlarMarmara ÜniversitesiSinema Televizyon Ana Bilim Dalı
PROF. SABRİ ÖZAYDIN
- Tuz gölü doğusu manyetik anomalilerinin analitik sinyal tekniği ile yorumlanması
Interpretation of the magnetic anomalies in the east of the lake Tuz by analitical signal technique
İBRAHİM AYDIN
Doktora
Türkçe
1999
Jeofizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM KARA
- Tuz Gölü bölgesi yeraltı yoğunluk dağılımının ters çözümleme tekniği ile belirlenmesi
Determination of underground density distribution of Salt Lake area with inversion analytical method
AYSEL ŞEREN
Doktora
Türkçe
1998
Jeofizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM KARA
- Tuzların içindeki aşırı halofil arkelerin alternatif elektrik akımı ile inaktivasyonu
Inactivation of extremely halophilic archaea in salt samples with alternating electric current
SEMA ANIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL BİRBİR
DOÇ. DR. YAŞAR BİRBİR
- Tuz Gölü mikrofungus çeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of microfungal diversity in Tuz Gölü
YAŞAR ERÇİN KOCABIYIK
Doktora
Türkçe
2014
BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA İLHAN