Tuz gölü sedimentlerindeki prokaryotik çeşitliliğin metagenomik, tek hücre genomiği ve kültür bağımlı yaklaşımlarla belirlenmesi
Detection of prokaryotic diversity in tuz lake sediments by metagenomics, single cell genomics and culture dependent
- Tez No: 582620
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 250
Özet
Bu çalışmada, Tuz Gölü'ne ait sediment tabakada bulunan mikrobiyal toplulukların profili, 16S rDNA gen hedefli Illumina MiSeq yüksek-verimli dizileme, gen klonlama ve kültür çalışmaları ile ortaya konmuştur. Ayrıca bu ortamda bulunan mikroorganizmaların metabolik potansiyelleri ve çevresel rolleri, metagenomik, tek hücre genomiği analizleri ve kültür bağımlı EcoPlate çalışmaları ile değerlendirilmiştir. Klonlama ve MiSeq dizileme ile elde edilen verilerde Halobacteriales, Thermoplasmatales,“Methanonatronarchaeia”, Methanobacteriales,“Rhodothermales”, Bacteroidales, Halanaerobiales, Gemm-4 (Gemmatimonadetes), KB1 / OP1 (Acetothermia), Desulfobacterales, Desulfovibrionales ve Oceanospirillales grupları ile ilişkili filotiplerin yüksek oranda temsil edildiği saptanmıştır. Metagenomik analizler ile elde edilen 25 adet taslak genomun genel özellikleri ve metabolik potansiyelleri ortaya konmuştur. Bu genomlar, Halomonas (2), Halodesulfurarchaeum (1), Thiohalorhabdus (1), Rhodobacteraceae (1), Halanaerobiaceae (2), Lentimicrobiaceae (2), Chloroflexi (1), Candidatus Izimaplasma (1), Bacteria domaini (3), Ca. Marinimicrobia (2), Ca. Omnitrophica (1), Ca. Microgenomates (1), Aday bölüm MSBL-1 (3), Aday bölüm SA1 (1), Ca. Bathyarchaeota (1) ve Ca. Nanohaloarchaea (1) grupları ile filogenetik olarak ilişkilidir. Bu taslak genomlardan yaklaşık olarak yarısının, kültüre edilmiş temsilcisi bulunmayan gruplara ait olduğu görülmektedir. Bazı sediment örneklerinde Ca. Acetothermia filotipleri yüksek oranda (~%30) temsil edilmiştir. Tek hücre genomiği çalışmasında, hedef grup olarak belirlenen Ca. Acetothermia'ya ait 6 adet tek hücre genomunun analizi gerçekleştirilmiştir ve bu temsilcilerin genom özellikleri ve olası metabolik profili ortaya çıkarılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, the profile of the microbial community inhabiting sediment layer of Tuz Lake was revealed by the 16S rDNA gene-targeted Illumina MiSeq high-throughput sequencing, gene cloning and culture studies. Metabolic potentials and environmental roles of microorganisms in this environment have been demonstrated by metagenomics, single cell genomics analysis and culture dependent EcoPlate studies. In the data obtained by cloning and MiSeq sequencing, it was detected that the phylotypes related to Halobacteriales, Thermoplasmatales,“Methanonatronarchaeia”, Methanobacteriales,“Rhodothermales”, Bacteroidales, Halanaerobiales, Gemm-4 (Gemmatimonadetes), KB1 / OP1 (Acetothermia), Desulfobacterales, Desulfovibrionales and Oceanospirillales groups were highly represented. General characteristics and metabolic potentials of 25 draft genomes obtained by metagenomic analysis has been revealed. These genomes are phylogenetically related with Halomonas (2), Halodesulfurarchaeum (1), Thiohalorhabdus (1), Rhodobacteraceae (1), Halanaerobiaceae (2), Lentimicrobiaceae (2), Chloroflexi (1), Candidatus Izimaplasma (1), Bacteria domain (3), Ca. Marinimicrobia (2), Ca. Omnitrophica (1), Ca. Microgenomates (1), Candidate divsion MSBL-1 (3), Candidate division SA1 (1), Ca. Bathyarchaeota (1) and Ca. Nanohaloarchaea (1). Approximately half of these draft genomes appear to belong to groups without any cultured representatives. In some sediment samples, Ca. Acetothermia phylotypes were represented at a high rate (~ 30%). In the single cell genomics study, 6 single cell genomes of Ca. Acetothermia, which were determined as the target group, were analyzed and genome characteristics and possible metabolic profile of these representatives were revealed.
Benzer Tezler
- Tuz Gölü
Salt Lake
MURAT FEVZİ GEZER
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Güzel SanatlarMarmara ÜniversitesiSinema Televizyon Ana Bilim Dalı
PROF. SABRİ ÖZAYDIN
- Cihanbeyli-Yeniceoba (Konya kuzeyi) civarındaki miyo-pliyosen birimlerinin sedimantolojisi
The sedimentology of mio-pliocene units at surroundings of Cihanbeyli-Yeniceoba (North of Konya)
BİLGE GÖKSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Jeoloji MühendisliğiAnkara ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDOĞAN TEKİN
- Tuz Gölü ve yakın çevresindeki çökellerin mineralojik ve jeokimyasal özellikleri
Mineralogical and geochemical characteristics of the sediments in Salt Lake and the close vicinity
MEHMET YAVUZ HÜSEYİNCA
Doktora
Türkçe
2015
Jeoloji MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞUAYIP KÜPELİ
PROF. DR. HÜKMÜ ORHAN
- Post-paleogene deformation in northernmost tip of Tuz Gölü fault zone (Paşadağ, South of Ankara), Turkey
Tuz Gölü fayının kuzey ucundaki paleosen sonrası deformasyonu (Paşadağ, Güney Ankara), Türkiye
G. DİLARA ÇELİKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BORA ROJAY
- Tuz Gölü çevresinde yetiştirilen yöresel kavun populasyonunun (Koçhisar kavunu) tuza tolerans özellikleri bakımından incelenmesi
Investigation on salt tolerance of the local melon populations (Koçhisar kavunu) grown in Salt Lake region
SERKAN DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
ZiraatAnkara ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEBNEM ELLİALTIOĞLU