3D spatial organization and network-guided comparison of mutation profiles in glioblastoma
Glıoblastoma hastaları mutasyon profillerinin 3 boyutlu uzamsal organizasyonu ve ağ güdümlü karşılaştırılması
- Tez No: 582739
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Glioblastoma multiforme (GBM), en agresif seyirli, heterojen beyin tümörü çeşididir. Bu heterojenlik verimli tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinin önündeki temel engeldir. Bu çalışmada, TCGA' de bulunan GBM hastalarının mutasyon profillerini kullanarak, hastalar arasındaki çeşitliliği azaltmayı, hastaları gruplara ayırıp, gruplara has ilaçların ve grupların ilaca tepkilerinin çıkarımını yapabilmeyi amaçlıyoruz. Bu nedenle, hasta mutasyonlarına onların biyofiziksel karakterlerini ve hastaya özgü ağlardaki organizasyonlarını kullanan sistemsel bir yaklaşım uyguladık. Üç boyutlu mutasyon birikim bölgelerini belirleyerek hasta çeşitliliğini azaltırken, ağ temelli yaklaşımla hastaları beş farklı gruba ayırdık. Bu hasta gruplarından her biri belirli üç boyutlu mutasyon birikim bölgeleri taşıdıklarından, bu mutasyon birikim bölge bilgisini GBM hücre hattı mutasyon ve ilaç hassasiyet verileri ile birleştirerek, hasta gruplarımızı hücre hatlarına ve en son ilaçlara bağladık. Böylece hasta gruplarımızın belirli ilaçlara verebilecekleri tepkileri önerdik. Örneğin, CSF1R' ı hedefleyen Pazopanib Grup 3 için etkili olabilecekken, Grup 2 ATM' yi engelleyici ilaçlara karşı dirençli olabilir. Sonuç olarak, mutasyon, protein etkileşim ağları ve ilaç verileri kullanarak yapmış olduğumuz bu çalışma kişiye özel, hassa tıp çalışmalarına yeni bir bakış açısı olabilir.
Özet (Çeviri)
Glioblastoma multiforme (GBM) is the most aggressive and heterogeneous type of brain tumor. The heterogeneity of GBM is the main obstacle to develop effective treatment strategies. In this study, we aimed to decrease the heterogeneity among GBM patients from The Cancer Genome Atlas (TCGA), classify the patients and propose therapeutic hypothesis for patient groups by using patient mutation profiles. We therefore implemented a systems level approach to mutations using their biophysical characteristics and organization in patient-specific subnetworks. While 3D mutation patches decrease the heterogeneity among patients, network guided analysis classified patients into five groups. Since each patient group carries a set of signature 3D mutation patches, we collected GBM cell line mutation and drug sensitivity data to link GBM patient group to GBM cell lines and eventually drug responses through 3D patch mutations. Therefore, we can propose drug responses of specific patient group for specific drugs. As an example, by targeting CSF1R, Pazopanib can be effective for Group 3 yet Group 2 can be resistant to inhibition of ATM which is a mediator of PTEN phosphorylation. As a conclusion, from mutations to protein interaction networks and eventually to therapeutic data, this study is a new perspective for precision medicine.
Benzer Tezler
- Kentsel dokunun değerlendirilmesi için mekan dizimi ve fraktal analize dayalı bir yöntem: Gaziantep örneği
A method based on space syntax and fractal analysis for analysing urban texture: The case of Gazi̇antep
ESRA GÜRBÜZ YILDIRIM
- Mimari tasarımda yapay zekâ yaklaşımı: Makine öğrenmesi ile mekân işlevlerinin tanınması ve üretken çekişmeli ağlarla mimari plan üretimi
Artificial intelligence approach in architectural design: Recognition of space functions with machine learning and architectural plan generation with generative adversarial networks
BERFİN YILDIZ
Doktora
Türkçe
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLEN ÇAĞDAŞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ İBRAHİM ZİNCİR
- Bütünleşik kent bilgi sistemlerine yönelik ulusal konumsal 3 boyutlu veri standartlarının geliştirilmesi
Development of national spatial 3 dimensional geo-data standards for integrated urban information systems
SERPİL ATEŞ AYDAR
Doktora
Türkçe
2023
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAHSİN YOMRALIOĞLU
- Objelerin topolojik ilişkilerinin 3B CBS ve ağ analizi kapsamında değerlendirilmesi
Evaluating topological relationships of the objects in 3D GIS and network analysis
İSMAİL RAKIP KARAŞ
Doktora
Türkçe
2007
Jeodezi ve FotogrametriYıldız Teknik ÜniversitesiJeodezi ve Fotogrametri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMAGÜL BATUK
- Modeling and simulation of electromagnetic problems via the transmission line matrix method
İletim hattı matrisi yardımı ile elektromanyetik problemlerin modellenmesi ve simülasyonu
MEHMET ORHAN ÖZYALÇIN
Doktora
İngilizce
2002
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN TOPUZ