Geri Dön

Alternaria türlerindeki genetik varyasyonların tespit edilmesinde RAPD-PCR tekniğinin kullanımı

Use of RAPD-PCR technique in detection of genetic variation among Alternaria species

PDF İndir

  1. Tez No: 595608
  2. Yazar: SERKAN KIZILIRMAK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FATMA SARA DOLAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Alternaria, Fındık, Havuç, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, RAPD, Alternaria, Hazelnut, Carrot, Polymerase chain reaction, RAPD
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Alternaria cinsi, dünyada çok sayıda bitki türünde hastalığa neden olan önemli bir bitki patojenidir. Morfolojik özellikleri esas alınarak yapılan tür ayırımı oldukça karmaşık olup klasik teşhis yöntemleri her zaman başarılı sonuçlar vermemektedir. Son yıllarda diğer bitki patojenlerinde olduğu gibi bu cinsin türlerinin ayrımında da moleküler yöntemlerin kullanımı giderek artmıştır. Ülkemiz, önemli bir fındık ve havuç üreticisi konumunda olup bu her iki konukçuda Alternaria türlerinin neden olduğu hastalıklar önemli düzeyde zarara yol açmaktadır. Bu nedenle özellikle bu konukçulardan izole edilen Alternaria türlerinin teşhisinde RAPD-PCR (Random Amplified Polymophic DNA-Polymerase Chain Reaction) tekniğinin kullanılabilirliğinin araştırılması bu çalışma kapsamında amaçlanmıştır. Fındık ve Havuç başta olmak üzere farklı konukçulardan elde edilmiş doksan iki Alternaria izolatının kültür ve konidi morfolojisi detaylı olarak incelenmiştir. Bu izolatlardan Alternaria alternata, A. tenuissima, A. radicina, A. carotiincultae, A. brassicicola'nın teşhisleri yapılmıştır. Bununla birlikte bu izolatlar arasından seçilmiş olan otuz altı izolat ile otuz iki farklı primer RAPD-PCR analizi ile değerlendirilmiş ve OPI-9, OPR-2, OPA-4, OPA-9, OPF-10 ve OPR-16 primerlerinin en iyi polimorfizmi sağladığı tespit edilmiştir. UPGMA algoritması kullanılarak oluşturulan dendogramda alternata tür grubu, tenuissima tür grubu, radicina tür grubu, brassicicola tür grubunun oluştuğu gözlemlenmiştir.

Özet (Çeviri)

The genus Alternaria is an important plant pathogen that causes disease in many plant species around the world. Species classification based on morphological characteristics is very complex and classical diagnostic methods do not always give precise results. In recent years, as in other plant pathogens, the use of molecular methods to differentiate species of this genus has gradually increased. Our country is an important hazelnut and carrot producer and the diseases caused by Alternaria species cause significant damage in both hosts. Therefore, The aim of this study was to investigate the usefulness of RAPD-PCR (Random Amplified Polymophic DNA - Polymerase Chain Reaction) technique in the identification of Alternaria species isolated from these hosts. The culture and conidia morphology of ninety-two Alternaria isolates obtained from different hosts, especially hazelnut and carrot, were examined in detail. Alternaria alternata, A. tenuissima, A. radicina, A. carotiincultae and A. brassicicola were identified from these isolates. However, thirty-six isolates selected from these isolates were evaluated by thirty two different primers primary with RAPD-PCR analyze and then OPI-9, OPR-2, OPA-4, OPA-9, OPF-10 and OPR-16 primers were found to provide the best polymorphism. It was observed that alternata species group, tenuissima species group, radicina species group, brassicicola species group were seperately clustered in the dendogram created using UPGMA algorithm.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    994193

    Meme kanserinde MRPS16 geninin ifadesinin, genetik/epigenetik regülasyonunun, alternatif poliadenilasyon sürecinin ve prognostik öneminin analizi

    Analysis of MRPS16 gene expression, genetic/epigenetic regulation, alternative polyadenylation process and prognostic significance in breast cancer

    SHAMS SARIMAMMADLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    GenetikZonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TOLGA ACUN

  2. Tez No

    853372

    Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein

    Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein

    NİLÜFER DÜZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER

  3. Tez No

    1005529

    Türkiye kum sineği (dıptera:psychodıdae) faunası üzerine taksonomik ve ekolojik araştırmalar: wolbachıa endosimbiyozu, proteomik profilleme ve geometrik morfometri

    Taxonomic and ecological studies on the Turkish sand fly fauna (diptera: psychodidae): wolbachia endosymbiosis, proteomic profiling, and geometric morphometrics

    AYDA YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZGE ERİŞÖZ KASAP

  4. Tez No

    807744

    Artificial intelligence assisted drop pattern analysis and RNAseq profiling for early diagnosis and follow-up of bladder cancer

    Mesane kanserinin erken tanı ve takibinde yapay zeka destekli damla motif analizi ve RNAseq profilleme

    RAMİZ DEMİR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Moleküler TıpKoç Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK

  5. Tez No

    457039

    Antepfıstığı türlerinde Alternaria yanıklık etmeni Alternaria spp.'nin popülasyon genetik analizleri

    Population genetic analysis of Alternaria spp. causing Alternaria blight in Pistacia species

    ÜNAL SEVİNÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Biyomühendislik ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HİLAL ÖZKILINÇ

Geri Dön