Yeni 10 str lokusunun (D7S1517,D3S1744,d12s391,d2s1360,d6s474,D4S2366,D8S1132,D5S2500,D21S2055,d10S2325) türkiye'deki gen sıklığının belirlenmesi
Alel frequencies of the non-codis 10 str loci (d7s1517, d3s1744, D12S391, D2S1360, D6S474, D4S2366, D8S1132, D5S2500, D21S2055, d10s2325)in Turkish population
- Tez No: 597894
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Adli Tıp, Biyoloji, Genetik, Forensic Medicine, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Adli bilimler, DNA analizi, kısa tekrar dizileri, yeni STR lokusları, Investigator® Hdplex Kit (Qiagen), Forensic science, DNA analysis, short tandem repeats, new STR loci, Investigator® Hdplex Kit (Qiagen)
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
- Enstitü: Adli Tıp Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Otozomal STR lokusları kitlesel felaketlerde, adli vakalarda, kayıp kişilerin identifikasyonunda, DNA (Deoksiribonükleik Asit) veri tabanı oluşturulmasında ve birçok alanda başarılı bir şekilde kullanılmaktadır. Yeni STR lokuslarının araştırılması ve dizayn edilmesi geleneksel STR (Short Tandem Repeats, Kısa Ardışık Tekrar Dizileri) analizlerini tamamlayıcı olduğu gibi kardeşlik ve akrabalık ilişkilerinin söz konusu olduğu vakalarda avantaj sağlayacağı gibi kişi identifikasyonunda zorlukların yaşanabildiği bazı durumlarda sonuçların alternatif yollarla teyit edilmesini de mümkün kılacaktır. Araştırılan lokus sayısının arttırılması veritabanı uygulaması olan ülkelerde yanlış eşleşme riskini de azaltmaktadır. Bu çalışmada CODIS'te (Combined DNA Index System, Birleşik DNA İndeks Sistemi) yer almayan, yaygın olarak kullanılan STR lokuslarından farklı, ayrım gücü ve güvenilirliği yüksek, 10 yeni STR (D7S1517, D3S1744, D12S391, D2S1360, D6S474, D4S2366, D8S1132, D5S2500, D21S2055, D10S2325) lokusu ve iki bilinen lokus (D18S51, SE33)'un Türkiye'deki gen sıklığı incelendi. DNA analizi için Türkiye'nin tüm bölgelerini yansıtacak şekilde, aralarında akrabalık ilişkisi olmayan 100 gönüllüden kan örneği alındı. DNA izolasyonu QIAmp DNA Mini Kit (Qiagen) kit protokolüne göre gerçekleştirildi. 12 STR lokusu Investigator® Hdplex Kit (Qiagen) prosedürüne uygun olarak çoğaltıldı. PCR (Polymerase Chain Reaction, Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ürünleri, ABI 3130 Genetik Analizörde yürütüldü ve GeneMapper IDX ile analiz edildi. Araştırılan lokusların popülasyon ve adli istatistik parametreleri Powerstats kullanılarak hesaplandı. Alel frekansları, Hardy-Weinberg dengesi ve popülasyonlar arası (Türkiye ile Avrupa, Afrika, Doğu Asya ve Amerika popülasyonları arasında) lokus bazındaki farklılıklar Arlequin v.3.5.1.2 programı kullanılarak hesaplandı. Türkiye ile Afrika popülasyonu arasında 3 lokusta, Doğu Asya popülasyonu arasında 4 lokusta ve Amerika popülasyonu arasında 3 lokusta istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulundu. Avrupa popülasyonu ile istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlenmedi. Bu çalışma bulgularına göre söz konusu kitin adli laboratuarlarda mevcut STR lokuslarını desteklemek amacıyla güvenilirlikle kullanılabileceği ve Türkiye toplumunun Avrupa toplumuna genetik olarak daha yakın olduğu gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Autosomal STR loci are applied succesfully in many areas such as; identication, missing people, forensic cases, mass disasters, DNA database applications and a wide variety of routine labaratory studies. Evaluations and design of new STR markers are useful tools to obtain additional information and to complete conventional STR analysis. Some advantages for the cases with brotherhood and kinship relations are also determined. Besides of these it will be an alternative way to confirm the results at the problematic cases. To increase the number of data loci will result in reducing the risk of adventitious matches in the countries that have national DNA database. In this study, gene frequency in Turkey for 10 new, non-CODIS STR loci (D7S1517, D3S1744, D12S391, D2S1360, D6S474, D4S2366, D8S1132, D5S2500, D21S2055, D10S2325) and 2 previously known loci (D18S51, SE33) were investigated. To reflect all regions of Turkey's DNA analysis, 100 blood samples from non-relative volunteers were taken. DNA was extracted using QIAmp DNA Mini Kit following manufacturer's recommendations. 12 STR loci and amelogenin were amplified according to Investigator® HD kit manual. The PCR products were separated with ABI 3130 Genetic Analyzer and analyzed with GeneMapper IDX software. Forensic and population parameters of the 12 loci were estimated with Promega PowerStats excelsheet. Allel frequencies, p-values for Hardy–Weinberg equilibrium, population differentiation based on the loci (Turkey between Europe, Africa, East Asia and USA populations) and Fst were calculated with Arlequin ver. 3.5. After Bonferonni correction the genotype distributions showed no significant deviation from Hardy–Weinberg rule expectations. Results indicated that statistically significant differences were found between Turkish population and African population at 3 loci, E.Asian population at 4 loci and American population at 3 loci. There is no statistically significant observed between Turkish and European populations. According to the findings of this study, Turkish society is genetically closer to the European community and the investigated kit can be reliably used to support the existing STR loci in forensic laboratory.
Benzer Tezler
- Yeni InDel panelinin Türkiye'deki polimorfizmi ve önemi
Polymorphisms of the novel panel of InDel in Turkey and its importance
SEBAHAT TAŞ
Doktora
Türkçe
2022
Adli Tıpİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
- Yeni nesil dizileme teknolojisinin (next generatıon sequencing-NGS) karışık örneklerin (mixtures) analizine uygulanması
Başlık çevirisi yok
UMUT KARA
Doktora
Türkçe
2020
Adli Tıpİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEL HÜLYA YÜKSELOĞLU
- Investigation of sorption capabilities of chelating agents loaded and unloaded polymeric sorbents towards trace metal ions
Şelatlayıcı reaktif yüklenmiş ve yüklenmemiş polimerik sorbentlerin eser düzeydeki metal iyonlarına karşı tutunma kapasitelerinin incelenmesi
AYŞEN ÖZTÜRK
- Fabricating a new electrochemical sensorbased on nanomodified screen-printedelectrodes for analysis of antidepressantdrugs
Antıdepresan ilaçların analizi için nanomodifiye ekranbaskılı elektrotlara dayalı yeni bir elektrokimyasalsensör üretimi
MOHAMMED SALEH TAWFEEQ AL-BAYATI
Doktora
İngilizce
2024
KimyaOndokuz Mayıs ÜniversitesiNanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İBRAHİM İNANÇ
- Kısa ardışık tekrar bölgelerinin ('short tandem repeats' - STR) analizi doku karışıklığına çözüm olabilir mi ve aynı hastada non-neoplastik ve neoplastik bölgeler arası str profilinin karşılaştırılması - Ön çalışma
Could short tandem repeats (STR) analysis resolve specimen source contamination and ıdentity problems, and comparing STR analysis of non-neoplastic and neoplastic tissues of the same patient? - A preliminary study
AKBAR HAJ İYEV
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
PatolojiHacettepe ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YEŞİM GAYE GÜLER TEZEL