Geri Dön

Mersin bitkisinde (Myrtus communis L.) yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak transkriptom analizi ve SSR markırlarının geliştirilmesi

Transcryptom analysis and development of ssr marks by using new generation listening technology in Mersin plant (Myrtus communis L.)

PDF İndir

  1. Tez No: 601182
  2. Yazar: ÖZLEM ŞİMŞEK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. YILDIZ AKA KAÇAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çukurova Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 125

Özet

Mersin (Myrtus communis L.) Myrtaceae familyasına ait olan tıbbi aromatik açıdan önemli olan bir türdür. Mersin yaygın olarak parfüm, baharat ve tıbbi endüstride kullanılmakta, meyvesi taze olarak tüketilmektedir. RNA-Seq tekniği son zamanlarda geliştirilen ileri düzey transkriptom analiz tekniğidir. SSR markırlarının tespiti ve geliştirilmesi için son yıllarda sıklıkla yeni nesil dizileme teknolojilerinden faydalanılmaktadır. Bu çalışmada, mersin bitkisinde Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri kullanılarak SSR markırlarının geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla bir siyah meyveli ve bir beyaz meyveli olmak üzere iki mersin genotipinde Illumina HiSeq 2000 Sequencing cihazı kullanılarak RNA sekanslama çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Örneklerde 111.000'in üzerinde transkript elde edilmiştir. Transkriptlerin toplam uzunluğu 79.141.165-93.880.054 arasında değişmiştir. Örneklerde tespit edilen unigenlerin sayısı ise 68.476-79.802 olarak belirlenmiştir. RNA-Seq analizleri sonucunda, iki farklı mersin genotipinde gerçekleştirilen de novo analizleri ile genom üzerinde tekrar eden bölgeler tespit edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda, en yüksek tekrar motifinin 12.885 dinükleotid olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca 12-11776 arasında değişen sayıda farklı tekrar motifleri ortaya çıkarılmıştır. Belirlenen bu tekrar motiflerini çoğaltacak uygun SSR primerleri tasarlanmıştır. Tez çalışması sonucunda 10.000 üzerinde SSR primeri geliştirilmiştir.

Özet (Çeviri)

Myrtle (Myrtus communis L.) is one of the important aromatic and medicinal species from the Myrtaceae family. Myrtle is a widely used spice that has many applications in the perfumery, food and pharmaceutical industries. The RNA-Seq technique is a recently developed advanced transcriptome analysis technique. Next generation sequencing technologies are often used to detect and develop SSR markers in recent years. In this thesis, it is aimed to develop SSR markers using next generation sequencing technologies. For this purpose, RNA sequencing studies were carried out using Illumina HiSeq 2000 Sequencing device on two myrtle genotypes, one with black fruits and one with white fruits. Over 111.000 transcripts were obtained in the samples. The total length of the transcripts ranged from 79.141.165 to 93.880.054. The number of unigenes detected in the samples was determined as 68.476-79.802. As a result of RNA-Seq analysis, repeating regions on the genome were determined by de novo analyzes performed on two different myrtle genotypes. As a result of the findings, the highest repeat motif was found to be 12.885 di-nucleotides. In addition, the number of different repeating motifs ranging from 12-11776 were revealed. Suitable SSR primers were designed to amplify these identified repeat motifs. As a result of this study, over 10.000 SSR primers were developed.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    472998

    Mersin bitkisinin (Myrtus communis L.) klasik ve yeni nesil doku kültürü teknikleri ile çoğaltılması ve köklendirilmesi

    Micropropagation and rooting of myrtle plant (Myrtus communis L.) by classical and next generation plant tissue culture tecniques

    BELGİN BİÇEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YILDIZ AKA KAÇAR

  2. Tez No

    461104

    Mersin bitkisinin (Myrtus communis subsp. communis) termal deri yanığı üzerine etkisi

    The effect of Myrtus communis subsp. communis on the skin in thermal burn injury

    OZAN ÖZCAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyokimyaMarmara Üniversitesi

    Eczacılık Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUĞBA TUNALI AKBAY

  3. Tez No

    242063

    Diyabete bağlı olarak geliştirilmiş nefropatili rat modelinde Myricetin'in ve Mersin bitkisinin ekstraktının böbrek dokusu üzerine etkisi

    The effect of myricetin and myrtle extract on kidney tissue in rat models of diabetes induced nephropathy

    FİLİZ ÖZCAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyokimyaAkdeniz Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YAKUP ALICIGÜZEL

  4. Tez No

    304685

    Adana ve mersin ekolojik koşullarında yetişen mersin bitkisi (Myrtus communis L.)'nde bazı bitkisel ve pomolojik özellikler ile yaprak uçucu yağ bileşenlerinin belirlenmesi

    Determination of essential oil components of leaves and some pomological and plant properties of myrtle plants (Myrtus communis L.) that grown on the ecological conditions of adana and mersin

    HÜLYA YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVGİ PAYDAŞ KARGI

  5. Tez No

    760645

    Korunga yem bitkisinde tohum kökenli Alternaria alternata'nın uçucu yağlar ile mücadele olanaklarının araştırılması

    Investıgatıon of control possıbılıtıes of seed borne Alternaria alternata wıth essentıal oıls ın saınfoın feed plant

    RAHŞAN TANER KIRCA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    ZiraatTekirdağ Namık Kemal Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU COŞKUNTUNA

Geri Dön