Fibronektin fragmentinde farklı nokta mutasyonlarının yapı-fonksiyon ilişkilerine etkisinin teorik konformasyon analiz metoduyla incelenmesi
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 60692
- Danışmanlar: PROF. DR. ASIM CENANİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Fibronektinler, Peptid fragmanları, Fibronectins, Peptide fragments
- Yıl: 1997
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
7.0ZET Fibronektin, hücredışı matrikste ve vücut sıvılarında bulunan büyük bir glikoproteindir. Özellikle ekstrasellüler materyal İle hücrelerin birbirleriyle etkileşmesini içeren özellikleri vardır. Bu özellikler hücre adhezyonu, morfoloji, sitoiskeletorganizasyonu, migrasyon, farklılaşma ve onkojenik transformasyondur. Bu Tez' de, fibronektin glikoproteininin hücre adhezyonundan sorumlu bölgesinin moleküler yapısı incelenmiştir. Bulunan sonuçlara dayanarak yapı-fonksiyon ilişkilerine açıklık getirmek amaçlanmıştır. Araştırmada RGD tripeptidi ve nokta mutasyonu sonucu elde edilen yapay RAD, KGD, RGE benzerleri ve RGD S tetrapeptidi incelenmiştir. İnceleme metodu olarak Teorik Konformasyon Analiz (Moleküler Mekanik) Metodu kullanılmıştır. Metodun esası, peptid molekülünün toplam enerjisinin belirlenmesi ve iki yüzlü dihedral açılarının değiştirilmesiyle enerjinin minimizasyonunun yapılmasına dayanmaktadır. İncelemeler Godjayev ve ark. FORTRAN bilgisayar diliyle yazılmış programın kullanılmasıyla yapılmıştır. Yapılan analizler sonucunda elde edilen veriler, toplam enerji, non-valans, elektrostatik ve dönme enerjileri şeklinde bulgular bölümünde verilmiştir. Fibronektin molekülünün hücre adhezyon özelliğine sahip olabilmesi için Arg-Gly-Asp tripeptidinin ikinci durumdaki amino asit artığının ana zincirinin P şekline sahip olması gerektiği sonucuna varılmıştır. Sadece, Arg-Gly-Asp tripeptidinde bu şart yerine getirildiğinden dolayı, söz konusu tripeptid biyolojik aktiviteye sahip, diğer üç tripeptid ise sahip değildir. Arg-Gly-Asp tripeptidine serin ilave edilmesinin de molekülün biyolojik fonksiyonunu değiştirmediği sonucuna varılmıştır. Bu neticeler, deney verileriyle uyumludur. 95
Özet (Çeviri)
8. SUMMARY Fibronectins are large glycoproteins that have been implicated in a wide variety of cellular proteins, particularly those involving the interactions of cells with extracellular materials. These properties include cell adhesion, morphology, cytoskelatal organization, migration, differentiation, oncogenic transformation, phagocytosis and hemostasis. In this dissertation, the molecular structure of the cell adhesive site of the fibronectin glycoprotein was investigated by using theoretical conformational analysis and structure- function relations were discussed based on the results obtained. Analyses were performed on the RGD tripeptide, RGDS tetrapeptide and the synthetic analogous of RAD, KGD, RGE that obtained by point mutation. The investigations were carried out using the Theoretical Conformational Analysis (Molecular Mechanics). The theoretical conformational analysis is based on the calculations of the total energy of the peptide molecule, and the minimization of the this energy by altering the dihedral angles. The analyses were performed by a computer program written by Godjayev et al. in FORTRAN. The results obtained were given as the non-valance, electrostatic, torsion and total energies with respect to the dihedral angles of the backbone and side chain. It is found that, in order for tripeptide to have cell adhesive activity, amino acid residue at the second position should have the P form that implies the dihedral angles of backbone, <p and *F are in the range of 0-180° and 0-(-180)° respectively. Since this condition is satisfied in Arg-Gly-Asp tripeptide, it has the biological activity. This result is in agreement with the experimental results. 96
Benzer Tezler
- Fibronektin saflaştırılması için kriyojel monolitik kolonların hazırlanması
Preparation of cryogel monolithic columns for fibronectin purification
IŞIK PERÇİN DEMİRÇELİK
Doktora
Türkçe
2012
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADİL DENİZLİ
PROF. DR. EROL AKSÖZ
- Pankreatik adenokarsinom hastalarına özgü kolajen/hiyalüronik asit/fibronektin temelli filmlerin sentez ve karakterizasyonu
Fabrication and characterization of collagen/hyaluronic acid/fibronectin-based films specific to pancreatic adenocarcinoma patients
ELİF AYŞE KAÇAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikSağlık Bilimleri ÜniversitesiDoku Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEVDE ALTUNTAŞ
- Servikovajinal fibronektin ve servikal uzunluk ölçümünün erken doğum eylemi prognozuna etkileri
Başlık çevirisi yok
ZEKİ SALAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Kadın Hastalıkları ve DoğumAkdeniz ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MÜNİRE ERMAN AKAR
- Serum fibronektin, fibroblast aktivatör protein (FAP) ve asprosin düzeylerinin adölesan idiopatik skolyoz kliniği ile ilişkisi
The association of serum fibronectin, fibroblast activation protein (FAP) and asprosin levels with the clinical features of adolescent idiopathic scoliosis
BERKE ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
BiyokimyaAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İKBAL ÖZEN KÜÇÜKÇETİN