Thermodynamic analyses of membrane proteins and Dynein-ATP interaction
Membran proteinlerinin ve Dinein-ATP etkileşiminin termodinamik analizleri
- Tez No: 609784
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Tezin temel amacı, bir dizi hesaplamalı ve teorik yöntemler kullanarak membran proteinlerinin ve dinein-ATP etkileşiminin termodinamik analizlerini yapmaktır. Termodinamik analizler moleküler biyoloji alanında kritiktir, çünkü maddenin denge özelliklerinin, moleküler etkileşimlerin kuvvetlerinin, yapı ve dinamikleri arasındaki ilişkinin, enerji dönüşümünün vs. anlaşılmasını sağlar. Hesaplamalı teknikler, özellikle moleküler dinamik (MD) simülasyonları, deneysel tekniklerle erişilemeyen veya zor erişilen, atomik seviyedeki yapısal, dinamik ve enerjetik bilgiyi etkin şekilde sağlamaktadır. Dolayısıyla, son yıllarda biyolojik sistemlerin termodinamik analizini gerçekleştirmek için moleküler biyolojideki modelleme ve simülasyon tekniklerinin uygulanmasında muazzam bir büyüme gerçekleşmiştir. Bu tez çalışmasında, iki farklı sistem sınıfı üzerinde hesaplamalı ve teorik yöntemlerle termodinamik analiz gerçekleştirilmiştir: taşıyıcı membran proteinleri ve dinein motor proteini. Tezin ilk kısmında biyomoleküler makinalar olarak çalışan birtakım proteinin termodinamik verimlilikleri incelenmiştir. Proteinler, doğanın çeşitli yapısal ve işlevsel karmaşıklığa sahip biyomoleküler makinalarıdır. Bu biyomoleküler makinaların bazıları basit bir şekilde çalışmaktadır, ancak motorlar, pompalar ve taşıyıcılar gibi proteinler günlük yaşamımızda karşılaştığımız çeşitli makro ölçekli makinalara benzerlikler gösteren çalışma mekanizmalarına sahiptir. Bu proteinler, makro ölçekli benzerlerinde olduğu gibi, tedarik edilen enerjinin bir kısmını işe dönüştürür. Makro ölçekli makinaların birçoğunda bu enerji girişi çeşitli yakıtların yakılmasıyla elde edilen ısı enerjisinden gelir ve ısı enerjisini mekanik enerjiye (işe) dönüştüren bu tür cihazlara ısı makinaları denir. Benzer şekilde, proteinler de yükseltgenme-indirgenme reaksiyonları, kovalent bağların kırılması/oluşumu ve iyonların elektrokimyasal gradyanından aşağı doğru taşınması gibi çeşitli enerji kaynaklarını iş üretmek için kullanmaktadırlar. Isı makinaları termodinamik çevrimler ile çalışmaktadırlar ve sistem her çevrim sonunda başlangıç haline dönmektedirler. Bu nedenle, bir çevrim için başlangıç ve son haller aynıdır. Isı makinalarına benzer şekilde, taşıyıcı proteinler de termodinamik/mekanik çevrimler ile çalışır. Her bir çevrim için, bir enerji girişi ve çıkışı vardır. Bu enerji çıkışı sıklıkla iş (W) olarak tanımlanır. Enerji korunumunu ifade eden termodinamiğin birinci yasası, bir çevrim boyunca enerji girişi ve çıkışı arasındaki ilişkileri incelemek için bir temel sağlar. Isı motorlarının (ve ayrıca diğer makro ölçekli makinaların) birinci yasa analizleri geniş ve kapsamlı bir şekilde yapılmış olmasına rağmen, proteinleri içeren mikro ölçekli termodinamik sistemler için çok sınırlı sayıda birinci yasa analizi yapılmıştır. Literatürde mikro ölçekli termodinamik sistemler için termodinamik birinci yasa analizi yapan çalışmalar çok sınırlı sayıdadır. Bu tez çalışmasında, birincil ve ikincil aktif taşıyıcı membran proteinlerinin termodinamik birinci yasa analizi gerçekleştirilmiştir. Burada, termodinamik sistem olarak taşıyıcı membran proteini tanımlanmış ve bu proteine enerji korunumu yasası uygulanmıştır. Sistemden çıkan yararlı işin (Wyararlı) sisteme giren enerjiye (Egiriş) oranı, taşıyıcı membran proteinlerinin birinci yasa verimi (ƞ) olarak tanımlanmıştır. Proteinin yüzeyi kontrol yüzeyi olarak tanımlanmış ve bu çerçevede proteini içine alan bölge kontrol hacmi (açık sistem) olarak seçilmiştir. Sistem açık bir sistemdir; hem kütle hem de enerji kontrol hacminin sınırını geçebilmektedir. Birincil taşıma yapan proteinler için enerji girişi ATP hidrolizinden açığa çıkan enerjidir. İkincil taşıma yapan proteinler için ise sisteme enerji girişi iyonların transmembran konsantrasyon gradyanlarında depolanmış serbest enerjidir. Sistemin dışına enerji çıkışı ise iş (W) veya ısı (Q) formunda olmaktadır. Proteinlerin işlevleri yerine getirmek için hemen hemen her zaman bir iş gerçekleştirme gereksinimi vardır ve bu iş yararlı iş (Wyararlı) olarak tanımlanacaktır. Yararlı işe ek olarak, sistem tarafından gerçekleştirilen başka iş türleri de olabilir. Örneğin, proteinler sistem sınırını dış kuvvetlere karşı hareket ettirmek sınır işi (Wsınır) gerçekleştirir. Sistem sınırını sonlu bir hızda hareket ettirmek için sistem sınırının iki tarafı arasında basınç farkı gereklidir. Başka bir deyişle, eğer kontrol yüzeyi çevreye doğru hareket ederse, yüzeyin sistem tarafındaki basıncının çevresindekinden daha büyük olması gerekir. Biyolojik sistemler işlevlerini sonlu hızlarda termodinamik çevrimler ile gerçekleştirdikleri için daima pozitif bir net sınır iş terimi mevcuttur. Ek olarak, kontrol yüzeyi sonlu bir hız ile bir ortam içerisinde hareket ettikçe sürtünme gerçekleşip bu sebeple geri kazanılamayacak bir sınır iş terimi olacaktır. Söz konusu bu iş terimi süreç boyunca geri kazanılmayacaktır. Bir hücre membranında bulunan taşıyıcı protein işlevi sırasında yapısal geçişler gerçekleştirmektedir. Bu yapısal geçişler hücre membranı içindeki lipitlerin hareket etmesine sebep olur ve hücre membranı üzerinde protein (sistem) tarafından iş yapılmış olur. Bu işe ek olarak, sistemin termal enerjisi sistem sınırlarını ısı (Qçıkış) formunda geçebilir. Termodinamik sistem olarak seçilen bir protein için enerji dengesi şu şekilde yazılabilir: ∆𝐸𝑠𝑖𝑠𝑡𝑒𝑚 = 𝐸𝑔𝑖𝑟𝑖ş − 𝑊 − 𝑄ç𝚤𝑘𝚤ş. Yapılan hesaplamalarda yalnızca yararlı iş ve sınır işi dahil edilmiştir. Dolayısıyla toplam iş, yararlı işin ve sınır işinin toplamına eşit olacaktır: 𝑊 = 𝑊𝑦𝑎𝑟𝑎𝑟𝑙𝚤 + 𝑊𝑠𝚤𝑛𝚤𝑟. Yukarıda anlatıldığı üzere, proteinler işlevlerini yerine getirirken termodinamik/mekanik çevrimler gerçekleştirmektedirler. Sistemin çevrim başında ve sonunda termodinamik hali aynı olaağından dolayı, sistemin enerji değişimi çevrim sonunda sıfır olacaktır, ∆𝐸𝑠𝑦𝑠𝑡𝑒𝑚 = 0. Dolayısıyla sistemin enerji dengesi şu şekilde ifade edilir: 𝑊𝑦𝑎𝑟𝑎𝑟𝑙𝚤 = 𝐸𝑔𝑖𝑟𝑖ş − 𝑄ç𝚤𝑘𝚤ş − 𝑊𝑠𝚤𝑛𝚤𝑟 . Bu eşitlik kullanılarak bir proteinin (biyomoleküler makinanın) birinci yasa verimliliği (ƞ) şu şekilde hesaplanabilir: ƞ =İ𝑠𝑡𝑒𝑛𝑒𝑛 𝑖ş ç𝚤𝑘𝑡𝚤𝑠𝚤/𝐸𝑛𝑒𝑟𝑗𝑖 𝑔𝑖𝑟𝑖ş𝑖= 𝑊𝑦𝑎𝑟𝑎𝑟𝑙𝚤 /𝐸𝑔𝑖𝑟𝑖ş. Söz konusu termodinamik birinci yasa verimliliği, çevrim boyunca sisteme giren enerjinin ne kadarının yararlı işe dönüştürüldüğünü göstermektedir. Bu tez çalışmasında ikincil aktif taşıma yapan dopamin taşıyıcısı, glisin taşıyıcısı, glutamat taşıyıcısı I ve II proteinlerine ve birincil aktif taşıma yapan Na+/K+ ATPaz ve Ca2+ ATPaz proteinlerine termodinamik ilk yasa analizi uygulanarak bu proteinlerin birinci yasa verimlilikleri hesaplanmıştır. Hesaplamalar, bu proteinlerin taşıdıkları iyon ve substratların deneysel olarak elde edilmiş hücre içi ve dışı konsantrasyonlarını kullanmaktadır. İkincil aktif taşıma yapan dopamin taşıyıcısı, glisin taşıyıcısı, glutamat taşıyıcısı I ve II proteinlerinin, hücre içi ve dışı ortamındaki iyon ve substrat konsantrasyonlarına bağlı olarak farklı verimliliklerle çalışabildikleri belirlenmiştir. Bu çalışmada gözlemlenen en düşük termodinamik ilk yasa verimliliği %50 olmuştur. Elde edilen en düşük verimlilik bile, günlük hayatımızda karşılaştığımız makro ölçekli ısı makinalarının verimlilikleri ile karşılaştırıldığında çok yüksek bir değerdir. Tezin devamında bir motor proteini olan dinein ve ona bağlanan ATP arasındaki etkileşim incelenmiştir. Hücre içi taşınım ve organizasyon, ökaryotik hücrelerin düzgün çalışması için çok önemlidir. Bu görevler hücrenin aktin filamentleri ve mikrotübülleri (MT'ler) üzerinde yürüyen motor proteinleri tarafından gerçekleştirilir. MT'ler boyunca hareket, MT'lerin eksi (-) veya artı (+) ucuna doğru olabilir. Eksi uca doğru taşıma, çeşitli yükleri taşıyabilen sitoplazmik dinein proteinleri tarafından gerçekleştirilir. Sitoplazmik dineinler özdeş iki ağır zincir ve onlara bağlanan birtakım polipeptitlerden oluşmaktadır. Her bir dinein ağır zinciri, bir C-ucu motor bölgesi (baş) ve bir N-ucu kuyruk bölgesinden oluşan bir yapıya sahiptir. Motor bölgesi bir hekzamerik halka şeklinde düzenlenmiş altı adet AAA + bölgesi (AAA1-6) içerir. Hekzamerik halkadaki altı tane AAA bölgesi arasından sadece ilk dört AAA bölgesi (AAA1-4) katalitik amino asitlere sahiptir, bu sayede ATP'yi bağlayabilirler. Bununla birlikte, yalnızca AAA1 bölgesinde gerçekleşen ATP bağlanması ve hidrolizi, hareketlilik için kesinlikle gereklidir; diğer bölgelerin ise motor aktivitelerinde düzenleyici rolleri vardır. Dineinin hekzamerik katalitik halkasından üç adet uzantı çıkmaktadır: sap, payanda ve kuvvet kolu. Sap, ucunda bir mikrotübül bağlama bölgesi (MTBB) içeren uzun bir sarmal bobindir. AAA halkası ile MTBB arasındaki iletişim, sap tarafından sağlanır. Payanda, sapla etkileşime giren daha küçük bir sarmal bobindir ve AAA halkası ile MTBB arasındaki iletişime yardımcı olur. Halkanın üçüncü uzantısı kuvvet kolu, mekanik eleman görevi gören sarmal bir demettir. MT bağlama afinitesi ile ilgili olarak, kuvvet kolu konformasyonel değişikliklere uğrar ve pozisyonu halkaya göre kaydırılır. Dinein ADP bağlı veya boş haldeyken kuvvet kolu düz haldedir ve AAA4/5 arasından çıkmaktadır. ATP bağlanması ve hidrolizin başlaması ile beraber kuvvet kolu konformasyonel değişikliklere uğrar ve N-ucu AAA2/3 arasında duracak şekilde bükük bir hale geçmektedir. Dinein ağır zincirinin N ucundan uzanan kuyruk bölgesi ise dimerizasyon ve kargo bağlanmasından sorumludur. Dineinin nükleotid bağlayabilen 4 bölgesinin (AAA1-4) hepsinde Walker A veya P Loop denilen bir motif (GXXGXGKT/S) ve Walker B denilen bir motif (DEXX) bulunur. Bazı dinein izoformlarında ADP'nin varlığı hareket için gereklidir ve bazı dineinlerde ise ADP, MT hareketinin hızını arttırır. Bu durum ADP'nin, ilk 4 AAA bölgesinden en az birine bağlandığını gösterir. AAA3'te bulunan Walker A motifinin mutasyona uğratılması sonucunda dineinin MT bağlanmasıyla etkinleştirilen ATP hidroliz aktivitesinin büyük bölümünü kaybetmesine, dolayısıyla MT'deki yürüme hızının yabanıl tipte görülen hızın yirmide birinden daha az olmasına sebep olduğu literatürde görülmüştür. Dineinin nükleotit bağlayabilen AAA1-4 bölgelerinden, AAA1 başlıca ATP hidroliz bölgesidir; diğer bölgelerde ATP hidrolizi gerçekleşmesinin rolü henüz tam olarak bilinmemektedir. Literatürdeki çalışmalarda, AAA1 dışındaki ATP bağlayabilen bölgelerdeki mutasyonların dinein-MT bağlanmasında ve dineinin ATP hidroliz etme aktivitesinde önemli etkileri oldukları gösterilmiştir. AAA3 ve AAA4 bölgelerinde ATP hidrolizi yapmasına engel olacak mutasyonlar taşıyan dineinleri incelenmiştir. Saccharomyces cerevisiae organizmasından elde edilip hazırlanan sitoplazmik dinein kullanılarak AAA3 için E2488Q ve AAA4 için E2819Q nokta mutasyonları gerçekleştirmişlerdir. Mutantların ikisinde de dinein işlevinde/fonksiyonunda bir bozulma görülmemiştir. Bozulma görülmemekle birlikte, AAA4 bölgesi mutasyona uğratılmış dinein MT'ye bağlanma afinitesi daha fazla olması sebebiyle hareketinde bir artış görülmüştür. Buna ek olarak, AAA3 ve AAA4 bölgeleri mutasyona uğramış her iki dineinin de yabanıl tip dineine göre daha düşük seviyede azami çekme kuvveti ürettiği görülmüştür. Bu sonuçlar, AAA3 ve AAA4'ün nükleotit bağlanma durumunun allosterik olarak mikrotübül bağlanma afinitesini ve dineinin hareketi ve kuvvet üretimini etkilediğini göstermiştir. Ayrıca AAA3'ün, ATP ile sağlanan, AAA1 aracılığıyla gerçekleşen MT'den ayrılmasını düzenlediği ve düzenleyici AAA+ bölgelerinin dineinin hareketini ve kuvvet oluşumunu etkilediği gösterilmiştir. AAA1'e ATP bağlanmasının ve hidrolizinin kuvvet kolunun şeklinin değişmesine nasıl sebep olduğu 2015'te elde edilen dinein-2'nin motor bölgesi kristal yapısı ile aydınlatılmıştır. ATP bağlanırken açık halde bulunan AAA+ halkasının, ATP hidroliziyle tamamen kapanması kuvvet kolunun uç bölgesiyle AAA4 bölgesi arasında sterik çakışmaya neden olarak kuvvet kolunun bükülmesinde rol aldığı düşünülmektedir. Buna ek olarak, AAA1'e ATP bağlanması sap bölgesinde gerçekleşen bir iletişim aracılığıyla MTBB'nin MT'den ayrılmasını sağlamaktadır. ATP bağlanmasıyla saptaki sarmallar, spiral dönüş yapıp kayar ve bu kaymanın MTBB yapısı etkileyip MTBB'nin MT'den ayrılmasına sebep olduğu düşünülmektedir. Dineine ATP bağlanmasının, dinein yapısı ve konformasyonuyla birçok şekilde ilişkilendirilmiş olması sebebiyle, bu çalışmada dineinin AAA1 bölgesine ATP bağlanmasının dinein yapı ve dinamiği üzerindeki etkisi modellenmiştir. MD simülasyonları için başlangıç konformasyonu olarak, literatürde 4RH7 PDB kodlu dinein yapısı üzerinde ADP.Vi'nin ATP'ye dönüştürülmesi ve sonrasında MD simülasyonları gerçekleştirilmesi ile elde edilmiş dinein konformasyonları kullanılmıştır. ATP bağlanmasının yapı ve dinamik üzerinde etkisinin analiz edilmesi için yönlendirilmiş MD simülasyonları (İngilizcesi Steered Molecular Dynamics, kısaca SMD) kullanılarak ATP bağlı dinein yapısından AAA1 bölgesindeki ATP çekilerek apo dinein hali elde edilmiş ve bu hal için MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir. SMD simülasyonları kullanılarak gerçekleştirilen çekme deneylerinden elde edilen veriler Jarzynski eşitliği kullanılarak bağlanma serbest enerjisinin hesaplanması ve çekme yönündeki serbest enerji profillerinin oluşturulması için kullanılmıştır. Simülasyonlar NAMD 2.13 programı ve CHARMM36 kuvvet alanı (İngilizcesi force field) kullanılarak yapılmıştır. AAA1 bölgesine ATP bağlı olan dinein (holo formu) için literatürde elde edilmiş MD simülasyon yörüngeleri ve tez kapsamında elde edilmiş AAA1 bölgesinde ATP bağlı olmayan dinein (apo formu) MD simülasyonlarının yörüngeleri kullanılarak holo ve apo formları için kovaryans matrisleri oluşturulmuştur. İlk aşama olarak MD simülasyonu yörüngesindeki tüm dinein yapıları hizalanarak proteinin ötelenmesinden ve dönmesinden kaynaklanan hareketler analizlerden çıkarılmış ve çalışmanın ilgi konusu olan dahili hareketlere odaklanılmıştır. Proteinin dahili hareketleri arasında en baskın ve önemli olanların belirlenmesi için temel bileşenler analizi uygulanmıştır. Bunun için ilk önce alfa karbon atom koordinatları kullanılarak kovaryans matrisi oluşturulmuştur. Kovaryans matrisinin diyagonal elemanları her amino asit için olan ortalama dalgalanma değerlerini vermektedir. Holo ve apo formlarının kovaryans matrislerinin karşılaştırılması sonucunda, simülasyonlar sırasında her bir amino asidin ortalama dalgalanma değerlerinin AAA1 bölgesinde ATP bağlı olmaması durumunda azaldığı gözlenmiştir. Bu bağlamda, mevcut verilere dayanarak, ATP bağlanmasının dinein yapısı ve dinamiği üzerinde önemli etkileri olabileceği tahmin edilmektedir. Bu tez çalışmasıyla, taşıyıcı proteinlerin ve dinein motor proteinin çeşitli termodinamik özelliklerini analiz etmek için hesaplamalı ve teorik teknikleri uygulanmıştır. Elde edilen sonuçlarla, taşıyıcı proteinlerin yüksek verimlilikle çalıştığı gösterilmiş, dinein motor proteinin AAA1 bölgesinde ATP bağlanma serbest enerjisi hesaplanmış ve AAA1'e ATP bağlanmasının dinein yapısında ve dinamiğinde değişikliklere sebep olduğu görülmüştür. Bu tezde farklı sınıflardaki proteinlerin çeşitli termodinamik özellikleri, hesaplamalı ve teorik yöntemler ile etkin bir şekilde incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
The purpose of the thesis is to perform thermodynamic analyses of membrane proteins and interaction of dynein-ATP using computational and theoretical methods. Thermodynamic analysis is able to provide an in-depth understanding of structural dynamics, interactions, and energy conversion etc., thus it is important in molecular biology field. Computational methods, such as molecular dynamics (MD) simulations, are able to provide insights at atomic levels fast and efficiently, which are otherwise either time consuming or not possible at all with experimental techniques. Recent years have overseen a significant increase in the usage of computational techniques to perform thermodynamic analysis of biological systems. In this thesis, thermodynamic analysis via computational and theoretical methods were performed on two different class of protein systems: membrane transporter proteins and dynein motor protein. In the first part of the thesis, thermodynamic efficiencies of a set of proteins working as biomolecular machines were examined. Transporter proteins have complex operating mechanism and just like the macro-leveled machines we encounter in our daily life, they convert part of the received energy into work. In this thesis, the first law analysis performed on a set of transporter proteins, including secondary active transporters dopamine transporter, glycine transporter I and II, glutamate transporter; and primary active transporters Na+/K + ATPase and Ca2+ ATPase. In order to perform their function, each of these proteins operate on a thermodynamic cycle. They receive energy from a source and convert part of this supplied energy into work, and reject the remaining energy into the environment. For a thermodynamic cycle of each protein, conservation of energy principle was applied and thermodynamic first law efficiency was calculated for each cycle. This thermodynamic efficiency represents how much of the supplied energy is converted into useful work per cycle. Calculations are based on the experimental data and results indicated that proteins are able to operate within a range of efficiency, varying based on the concentrations of ions and substrate both in extracellular and intracellular space. The lowest first law efficiency observed was 50%. Even the lowest efficiency obtained is actually a very high value when compared to the efficiencies of macro-scaled heat engines that we encounter in our daily lives. In the second part of the thesis, interaction between dynein, a motor protein, and ATP bound to it is examined. Intracellular transport and organization are crucial for the proper functioning of eukaryotic cells. These tasks are carried out by motor proteins walking on the cell's actin filaments and microtubules (MTs). Movement along MTs can be towards minus (–) or plus (+) end of MTs. Minus end directed transport is carried out by cytoplasmic dyneins, which can carry various cargos. Cytoplasmic dynein consists of two identical heavy chains, each with a motor domain. This motor domain contains a hexameric ring composed of six AAA+ sites (AAA1-6). Also, there are three appendages protruding from the hexameric ring of dynein. Motility of dynein is provided by ATP binding and hydrolysis in its AAA motor domain. The mechanochemical cycle of dynein which facilitates the movement of dynein along MTs is affected by binding of ATP which results in conformational changes in the structure of dynein. Thus, understanding the dynein-ATP interaction is essential to elucidate the mechanism of dynein's motility and force production on MTs, which will be beneficial in both therapeutic and nanotechnological applications. In this framework, the effect of ATP binding on the structure and dynamics of dynein is modeled and investigated in the present thesis. Using an advanced molecular dynamics method called Steered Molecular Dynamics (SMD), ATP in the dynein structure is pulled away and simulations are performed. Free energy of ATP unbinding from dynein is calculated and covariance matrices of ATP bound and apo structures are investigated.
Benzer Tezler
- Exploring the conformational transition between closed and open states of the sars-CoV-2 spike glycoprotein using molecular dynamics simulations
Sars-CoV-2 spike glikoproteininin kapalı ve açık halleri arasındaki konformasyonel geçişin moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması
CEREN KILINÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- Understanding Rho GTPase interactions with scaffolding proteins and Ras protein shuttling mechanisms
Rho GTPazlarin iskele proteinlerle etkileşimlerinin ve Ras proteinlerinin nakil mekanizmasinin anlaşilmasi
EMİNE SILA ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2018
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Quantitative analysis of relationships between fluxome and metabolome in Escherichia coli
Başlık çevirisi yok
HİLAL TAYMAZ NİKEREL
Doktora
İngilizce
2010
BiyoteknolojiTechnische Universiteit Delft (Delft University of Technology)PROF. DR. J. J. HEIJNEN
DR. W. M. VAN GULIK
- Yeni afinite destek materyalinin hazırlanması: Destek materyalinin yüzey özelliklerinin , adsorpsiyon mekanizmasının aydınlatılması
Preparation of affinity support for seperation of lysozym: Characterization of surface properties and adsorption mechanism
HÜLYA SARIBEK ÇİMEN
- Dengede olmayan biyolojik sistemler için crooks teoremi yardımıyla serbest enerji hesaplamasının uygulanması
Applications of free energy calculations with the help of crooks theorem for non-equilibrium biological systems
ÖZLEM MERCAN TEZ
Doktora
Türkçe
2014
BiyofizikSüleyman Demirel ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARİF BABANLI
PROF. DR. TURGUT BAŞTUĞ