Derin öğrenme ile ilaç moleküllerinin aktivitelerinin sınıflandırılması
Activity classification of drug molecules using deep learning
- Tez No: 614306
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SELÇUK KORKMAZ, PROF. DR. NECDET SÜT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Trakya Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 62
Özet
İlaç geliştirme çalışmalarının erken evresinde binlerce molekül arasından aktivite gösteren moleküller tespit edilerek ilaç geliştirme çalışmalarına harcanan süre ve maliyet azaltılmaya çalışılmaktadır. Bu amaçla yüksek verimli tarama deneyleri yapılarak moleküller aktif ve inaktif olarak sınıflandırılmaktadır. Bu deneylerden elde edilen veriler PubChem veri tabanına yüklenmektedir. Bu veri tabanındaki veriler kullanılarak makine öğrenimi algoritmaları yardımıyla sınıflandırma modelleri geliştirilebilir, böylece aktivite gösteren moleküller daha hızlı ve daha ucuz bir şekilde tespit edilebilir. Bu çalışmada PubChem veri tabanından elde edilen farklı derecelerde dengesizlik yapısına sahip 5 adet veri seti derin sinir ağları (DSA) algoritmasıyla eğitilmiştir. Eğitilen DSA algoritmasının performansı literatürde sıklıkla kullanılan destek vektör makineleri (DVM) ve random forest (RF) algoritmalarıyla karşılaştırılmıştır. Algoritmaların performans karşılaştırmasında dengeli doğruluk oranı, duyarlılık, pozitif kestirim değeri, F1 skor, MCC ölçütleri göz önüne alınmıştır. Bu ölçütler değerlendirildiğinde, pozitif kestirim değeri dışındaki diğer ölçütler açısından, özellikle dengesiz veri setlerinde performans değerlendirmesinde en önemli ölçütlerden olan F1 skor ve MCC açısından, DSA algoritmasının DVM ve RF algoritmalarına göre daha yüksek performans gösterdiği görülmüştür. Sonuç olarak, DSA algoritması dengesiz veri yapılarında diğer makine öğrenimi algoritmalarına göre daha iyi bir performans gösterdiği için ilaç geliştirme çalışmalarına harcanan süreyi ve maliyeti azaltmada tercih edilebilecek iyi bir makine öğrenimi algoritmasıdır.
Özet (Çeviri)
In the early stages of drug development studies, molecules that are active among thousands of molecules are identified and the time and cost spent on drug development studies are tried to be reduced. For this purpose, molecules are classified as active and inactive by performing high-throughput screening experiments. The data obtained from these experiments are uploaded to PubChem database. By using the data in this database, classification models can be developed with the help of machine learning algorithms, so that the molecules showing activity can be detected faster and cheaper. In this study, 5 data sets with different degree of imbalance structure obtained from PubChem database were trained with deep neural network (DSA) algorithm. The performance of the trained DSA algorithm was compared with the support vector machines (DVM) and random forest (RF) algorithms that are frequently used in the literature. Balanced accuracy, sensitivity, positive predictive value, F1 score and MCC criteria were taken into consideration in the performance comparison of the algorithms. When these criteria were evaluated, it was observed that DSA algorithm performed better than DVM and RF algorithms in terms of F1 score and MCC which is one of the most important criteria in performance evaluation especially in unbalanced data sets in terms of other criteria except positive predictive value. As a result, DSA algorithm is a good machine learning algorithm that can be preferred in reducing time and cost spent on drug development studies because it performs better in unbalanced data structures than other machine learning algorithms.
Benzer Tezler
- İlaç araştırma ve geliştirme çalışmalarında makine öğrenimi
Machine learning in drug research and development
MEHMET ALİ YÜCEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Farmasötik ToksikolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZTEKİN ALGÜL
- 2019-nCoV virüsüne karşı etkili olabilecek moleküllerin ilaç yeniden yapılandırma ve makine öğrenim yaklaşım yöntemleri ile saptanması
Detection of molecules that may be effective against 2019-nCoV virus with drug reconstruction and machine learning approach methods
ERSİN GÜNER
Doktora
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiBiruni ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜREYYA ÖLGEN
- Çizge sinir ağları ve derin takviyeli öğrenme kullanarak otomatik molekül üretimi
Automated molecule generation using graph neural networks and deep reinforcement learning
RIZA IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET TAN
- Molecular recognition of protein-ligand complexes via convolutional neural networks
Protein-ligand komplekslerinin konvolüsyenel sinir ağları ile moleküler tanınması
HÜSEYİN GÜNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül ÜniversitesiElektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZAFER AYDIN
- Moleküler haberleşme sistemlerinde alıcı kestirim yöntemleri
Receiver detection methods on molecular communications systems
ERGİN ASLAN
Doktora
Türkçe
2023
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ERTUĞRUL ÇELEBİ