Molecular recognition of protein-ligand complexes via convolutional neural networks
Protein-ligand komplekslerinin konvolüsyenel sinir ağları ile moleküler tanınması
- Tez No: 714262
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZAFER AYDIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abdullah Gül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 62
Özet
Yapay Zeka'nın bir alt disiplini olarak derin sinir ağları, geniş spektrumdaki problem alanlarını ele alma ve çözmedeki son derece başarılı performansları nedeniyle, son on yılda (özellikle) araştırma ve endüstriyel uygulamalarda büyük bir ilgi görmeye başladı. Özellikle son zamanlardaki, bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki başarıları nedeniyle, yapı tabanlı ilaç tasarımı etiyolojislerindeki yeni derin öğrenme yaklaşımlarına karşı ekstra bir ivme kazanmıştır. Grubumuz, ligand moleküllerinin ve bir reseptör protein molekülünün moleküler olarak tanınması hakkında bir fikir veren yeni bir konvolüsyonel sinir ağı modeli sunmaktadır. Diğer mevcut modellerle ve modelimizle geleneksel bir yaklaşımın örnek çalışmasıyla karşılaştırıldığında, burada derin bir öğrenme modelinin başarı hikayesini sunuyoruz.
Özet (Çeviri)
As a sub-discipline of Artificial Intelligence, deep neural networks have received enormous interest in research and industrial applications over the last decades owing to their highly successful performance in addressing and solving broad areas of problems. Hence, especially hitherto achievements in computer-aided drug design brought an extra impetus with the novel deep learning approaches in structure-based drug design etiology. Our group offers a novel convolutional neural network model, deepMLR, that casts insight into the molecular recognition of ligand molecules and a receptor protein molecule. Having compared our model and a few other existing models with a case study of a traditional approach, herein, we present the success story of a deep learning model straight.
Benzer Tezler
- The regulatory mechanisms of matrix metalloproteinases and tissue inhibitors of metalloproteinases in human eosinophils
Matriks metalloproteinaz enzimlerinin ve doku inhibitörlerinin insan eozinofil hücrelerinde regülasyon mekanizmalarının incelenmesi
ECE OYLUMLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI
- Molecular level understanding of the functionality of PDZ3 variants via advanced all-atom simulations and dynamic residue network analyses
Atomik çözünürlükte benzetimler ve dinamik amino asit çizge analizleri kullanılarak PDZ3 varyantlarının fonksiyonun moleküler seviyede araştırılması
TANDAÇ FÜRKAN GÜÇLÜ
Doktora
İngilizce
2021
BiyofizikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN ATILGAN
PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN
- In silico designing of isoform-selective inhibitors against class IIA histone deacetylases
Sınıf IIA hıston deasetilazlarına karşı ısoform seçici inhibitörlerin in siliko tasarımı
AMMAR DAWOUD AHMED MAHMOUD ELMEZAYEN
Doktora
İngilizce
2021
BiyolojiKadir Has ÜniversitesiBiyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. KEMAL YELEKÇİ
- CHARACTERIZATION OF THE REGULATORY MECHANISMS OF NOD LIKE RECEPTORS IN THE GENERATION OF IMMUNE RESPONSES: REVISITING NLRC4 IN EOSINOPHILIC FUNCTIONS IN VITRO
BİR EDİNSEL BAĞIŞIKLIK OLAN T2 HÜCRE CEVABININ NOD BENZERİ RESEPTÖRLERİ (NLR) İLE REGÜLASYON MEKANİZMALARININ KARAKTERİZASYONU
ILGIN AKKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI
- Investigation of the effect of valproic acid, an hdac inhibitor, on the relationship between oxidative stress and autophagy in human eosinophil
İnsan eosinofillerinde valproik asit ile oluşturulan oksidatif stres ve otofaji sonrası bağışık yanıtların incelenmesi
GÖKSU ÜZEL TURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI