Geri Dön

Kırım kongo kanamalı ateşi hastalığı (KKKAH) virüsü yapısal olmayan S proteininin (NSs) prokaryotik sistemde açıklatılması ve NSs'in KKKAH virüsünün replikasyonundaki rolü

Expression of nonstructural S protein (NSS) of crimean-congo hemorrhagic fever (CCHF) virus in prokaryotic system and the role of NSS in CCHF virus replication

PDF İndir

  1. Tez No: 614515
  2. Yazar: GÜNSU AYDIN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYKUT ÖZDARENDELİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: KKKAH virüsü, Yapısal olmayan S proteini (NSs), küçük interferans RNA (siRNA), CCHFV, Non structural S protein (NSs), small interfering RNA
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 179

Özet

Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Hastalığı (KKKAH), Çin'nin batısından Güney Asya'ya; Orta Doğu'dan Güneydoğu Avrupa'ya ve Afrika'ya kadar geniş bir alanda yayılım gösteren, çoğunlukla insanlarda görülen kene kaynaklı viral bir enfeksiyondur. KKKAH virüs genomu, sırasıyla nükleokapsit proteinini, Gn ve Gc glikoproteinlerini ve RNA-bağımlı RNA polimerazını kodlayan küçük (S), orta (M) ve büyük (L) üç negatif-polariteli RNA segmenti içerir. Ek olarak, Bunyavirales takımının bazı üyeleri M segmentinde (NSm olarak adlandırılan) veya S segmentinde (NSs olarak adlandırılan) yapısal olmayan proteinleri kodlar. KKKAH virüsü NSs'i, S segmentinin pozitif polariteli kısmından kodlanır. Hemen hemen tüm KKKAH virüsü suşlarında NSs'e ait bir açık okuma çerçevesi bulunur ve bu durum, NSs'lerin korunmuş bir biyolojik fonksiyona sahip olabileceğini göstermektedir. Bu çalışmanın amacı, KKKAH virüsü ile enfekte olmuş hücrelerde viral yapısal olmayan S proteininin varlığını ve proteinin replikasyon üzerine etkilerini araştırmaktır. Bu amaçla, NSs geni çoğaltıldı ve pCOLD TF-NSs olarak adlandırılan pCOLD TF plazmidine klonlandı. Rekombinant protein, E. coli C43 (DE3) hücrelerinde eksprese edilip pürifiye edildi. Enfeksiyon sırasında NSs'in ekspresyon seviyelerini incelemek için hücreler, KKKAH virüsü ile enfekte edildi ve rekombinant NSs proteinine karşı oluşmuş hiperimmun serumlar kullanılarak IFA testi yapıldı. IFA sonuçları, NSs ekspresyonunun enfekte olmuş hücrelerde, erken dönemde, enfeksiyondan 6 saat sonra belirlendiğini gösterdi. NSs'in varlığı, KKKAH pozitif insan serumları ile problanarak immünoblotlama ile doğrulandı. Ayrıca hedef hücrelerin proteazom inhibitörü olan MG132 ile muamele edilmesi NSs proteininin ekspresyonunu arttırdığını gösterdi. Bu şekilde, NSs'in proteazom tarafından degredasyonu, KKKAH virüs enfeksiyonuna karşı erken bir hücre içi savunmayı temsil etmektedir. Küçük interferans RNA (siRNA), RNA interferans (RNAi) yolağında bir rol oynamakta ve spesifik viral genlerin ekspresyonunu azaltmaktadır. Bu çalışmada NSs'e karşı spesifik siRNA'ların KKKAH virüs üretimini güçlü şekilde inhibe ettiğini belirlenmiştir. Bu veriler, siRNA'nın uygulanmasının, KKKAH'nın antiviral tedavisi için ümit verici olabileceğini göstermiştir. Son olarak, indirekt ELISA geliştirmek için rekombinant NSs antijeninin kullanımı araştırıldı; ancak serum numuneleri paneli kullanarak KKKAH enfeksiyonunun tespiti sağlanamadı.

Özet (Çeviri)

Crimean–Congo hemorrhagic fever (CCHF) is the most widespread tick-borne viral infection of humans, occurring across a vast area from western China through southern Asia and the Middle East to southeastern Europe and throughout most of Africa. The CCHFV genome contains three negative-sense RNA segments, small (S), medium (M), and large (L), encoding the nucleocapsid protein, Gn and Gc glycoproteins, and the RNA-dependent RNA polymerase, respectively. In addition, several Bunyavirales members encode nonstructural proteins, either on the M (termed NSm) or S segment (termed NSs) of the genome. The NSs of CCHFV is encoded by the positive-sense of the S segment genome. The ORF of NSs is conserved in almost all strains of CCHFV, indicating that NSs might have a conserved biological function. The aim of this study is to investigate the presence of NSs in CCHFV-infected cells and to investigate its effects on replication. For this purpose, the gene encoding NSs was amplified and cloned into pCOLD TF plasmid, called pCOLD TF-NSs. The recombinant protein was expressed in E. coli BL21 C43(DE3) and was purified. To examine the expression of NSs during infection, cells were infected with CCHFV and were subjected to immunofluorescence assay (IFA) with the hyperimmune sera against the recombinant NSs protein. IFA results indicated that the expression of NSs was determined as early as 6 hours post infection. The presence of NSs which was probed with CCHF positive human sera was also confirmed by immunoblotting. We also showed that treatment of target cells with the proteasome inhibitor MG132 increased the expression of NSs protein. Thus, degradation of NSs by the proteasome represents an early intracellular defense against CCHF virus infection. Short interfering RNA (siRNA) plays a roles in the RNA interference (RNAi) pathway and decreases the expression of specific viral genes. Here we determined that specific siRNAs against the NSs potently inhibited CCHF virus production. This data showed that the application of siRNA might be promising for antiviral treatment of CCHF. Lastly, we examined the utility of recombinant NSs antigen for developing indirect ELISA but we were not able to achieve the detection of CCHF infection using a panel of serum samples.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    776518

    Generation of plasmid-based eukaryotic model to investigate biology of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein and glycoproteins

    Kırım Kongo kanamalı ateşi virüsü nükleoproteinin ve glikoproteinlerinin biyolojisinin çalışılmasında plazmit temelli ökaryotik model oluşturulması

    NESİBE SELMA ÇETİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyoteknolojiBezm-i Alem Vakıf Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ZİYA DOYMAZ

  2. Tez No

    561158

    Kırım kongo kanamalı ateşi virüsü kelkit suşunun yapısal olmayan proteinleri ve humoral immunitedeki rolleri

    Non-structural proteins of crimean congo hemorrhagic fever virus kelkit strain and their roles in humoral immunity

    ELİF KARAASLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Biyoteknolojiİstanbul Üniversitesi

    Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE SEHER BİRTEKSÖZ TAN

    PROF. DR. MEHMET ZİYA DOYMAZ

  3. Tez No

    725936

    Selection of 2'fy rna aptamers against Crimean Congo haemorrhagic fever virus

    Kırım Kongo kanamalı ateşi virüsüne karşı 2'fy rna aptamerlerin seçilimi

    FUNDA ZEKİYE ARDIÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE GÜL GÖZEN

    DR. MÜSLÜM İLGÜ

  4. Tez No

    334080

    Kırım kongo hemorajik ateşi virüsü enfeksiyonuna karşı serolojik teşhis yöntemleri geliştirilmesi

    Development of serological diagnostic methods for crimean congo hemorrhagic fever virus infection

    NURETTİN ÇANAKOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Veteriner HekimliğiFırat Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYKUT ÖZDARENDELİ

  5. Tez No

    352925

    Kırım-kongo kanamalı ateşi hastalığına karşı koruyucu aşı geliştirilmesi

    Development of protective vaccine against crimean-congo hemorrhagic fever infection

    ENGİN BERBER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Veteriner HekimliğiFırat Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYKUT ÖZDARENDELİ

Geri Dön