Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında florokinolon direnç mekanizmalarının araştırılması
Investigation of fluoroquinolone resistance mechanisms in clinical Acinetobacter baumannii isolates
- Tez No: 617049
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BAYRI ERAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, Florokinolon, QRDR, efluks, ERIC-PZR, Acinetobacter baumannii, Fluoroquinolone, QRDR, efflux, ERIC-PCR
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Eczacılık Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
Acinetobacter baumannii fırsatçı bir patojen olup, nozokomiyal enfeksiyonların en önemli etkenlerinden biridir. Bir çok antibiyotiğe dirençli oluşu, neden olduğu enfeksiyonların tedavisini zorlaştırmaktadır. Florokinolonlar hastane ve toplum kaynaklı birçok enfeksiyonun tedavisinde kullanılan antibiyotikler olup, direnç gelişiminde rol oynayan mekanizmaların belirlenmesi önem taşımaktadır. Bu çalışmada hastane kaynaklı A. baumannii izolatlarının siprofloksasin (CIP) ve levofloksasin (LEV) minimum inhibitör konsantrasyonlarının (MİK) belirlenmesi, klonal ilişkilerinin incelenmesi, florokinolonlara direnç gelişiminden sorumlu olan DNA giraz ve topoizomeraz IV enzimlerini kodlayan genlerdeki mutasyonlar ile efluks pompalarının aşırı ekspresyonunun araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda farklı klinik örneklerden izole edilen CIP dirençli 79, aynı antibiyotiğe duyarlı iki izolat olmak üzere toplam 81 A. baumannii kökeni çalışmaya alındı. CIP ve LEV MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Kökenlerin klonal yakınlıkları ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus) -PZR yöntemi ile araştırıldı. Her farklı klon ve alttipi temsilen seçilen 16 kökende gyr-A ve par-C genlerindeki mutasyonlar dizi analizi ile belirlendi. Seçilen kökenlerde efluks pompalarının aşırı ekspresyonu, pompa inhibitörleri varlığında gerçekleştirilen sıvı mikrodilüsyon ve florometrik akümülasyon deneyleri ile araştırıldı. İncelenen A. baumannii kökenlerinde MİK50 ve MİK90 değerlerinin CIP için 256 ve ≥256 aynı değerlerin LEV için 32 ve 128 olduğu belirlendi. Genel olarak CIP MİK değerlerinin LEV MİK değerlerine göre yüksek olduğu saptandı. İzolatların 10 farklı klona ayrıldığı, ancak bunların büyük çoğunluğunun klonal olarak ilişkili oldukları gözlendi. Seçilen temsilci kökenlerin gyr-A geninde en sık rastlanan önemli mutasyonlar Ser83Leu ve Asp87Glu, par-C geninde ise Ser80Leu'di. Temsilci kökenlerden yedisinde sadece mikrodilüsyon yöntemiyle, 11 kökende ise sadece florometrik olarak aşırı pompa ekspresyonu gözlenirken, beş kökende her iki yöntemle de olumlu sonuç elde edildi. Mikrodilüsyon yöntemiyle aşırı ekspresyonu saptamada CIP'in LEV'den daha iyi olduğu görüldü. İncelenen hastane kaynaklı ve klonal olarak ilişkili A. baumannii izolatlarında gözlenen yüksek florokinolon MİK değerlerine, hedef bölge mutasyonlarının yanı sıra, efluks pompalarının aşırı ekspresyonunun yol açtığı sonucuna varıldı.
Özet (Çeviri)
Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen which is one of the most important agents of nosocomial infections. Being resistant to many antibiotics makes difficult to treat the infections it causes. Fluoroquinolones are used in the treatment of nosocomial and community-acquired infections and it is important to determine the mechanisms of resistance to these antibiotics. It is aimed to investigate ciprofloxacin (CIP) and levofloxacin (LEV) minimum inhibitor concentrations (MIC), clonal relationships, mutations that occur in DNA gyrase and topoisomerase IV genes and overexpression of efflux pumps in nosocomial A. baumannii isolates. 79 CIP-resistant and two CIP-susceptible A. baumannii strains isolated from different clinical samples (one per patient) in Ege University Department of Clinical Microbiology were included into the study. CIP and LEV MIC values were determined by broth microdilution method. Clonal relationship among the strains was investigated by ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus) –PCR. Mutations that occur in gyr-A and par-C genes were detected by DNA sequence analysis in 16 strains representing each clone and subtype. Overexpression of efflux pumps was evaluated by the broth microdilution and fluorometric accumulation experiments carried out in the presence of pump inhibitors, in the representative strains. MIC50 and MIC90 values for CIP were 256 and ≥256, same values for LEV were 32 and 128 respectively. Overall, CIP MIC values were found to be higher than that of LEV in the investigated A. baumannii strains. Isolates were grouped into 10 different clusters, but the vast majority of them were observed to be clonally related. The most common and important mutations detected in the gyr-A and par-C genes of the representative isolates were, Ser83Leu, Asp87Glu and Ser80Leu, respectively. While the overexpression of efflux pumps was observed in seven of the representative strains by microdilution method and in 11 strains by fluorometric assay, the results were positive in five strains by both methods. CIP was found to be better than LEV in detecting the overexpression of pumps by microdilution method. It was concluded that, high fluoroquinolone MIC values of the investigated nosocomial and clonally related A. baumannii strains were derived from target mutations and overexpression of efflux pumps.
Benzer Tezler
- Çok ilaca dirençli gram negatif ve gram pozitif bakterilerin direnç inhibisyonuna efluks pompa inhibitörlerinin etkilerinin in vitro araştırılması
In vitro investigation of the effects of the efflux pump inhibitors to the resistance inhibition of multidrug resistant gram negative and gram positive bacteria
EBRU ÇETİNKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET YILMAZ ÇOBAN
- Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of resistance genes by molecular methods in clinical isolates of Acinetobacter baumannii
GÜLŞAH AŞIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İHSAN HAKKI ÇİFTCİ
- Klinik acınetobacter baumannıı izolatlarında karbapenem direncine yol açan sınıf-D beta-laktamazların araştırılması
Investigation of class-D beta-lactamases causing carbapenem resistance in clinical acinetobacter baumannii isolates
ISKANDAR DAVANDEH
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıEge ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BAYRI ERAÇ
- Molecular analysis of beta lactamases in clinical Acinetobacter baumannii isolates from intensive care units
Yoğun bakım ünitelerinden izole edilen klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında beta-laktamazların moleküler analizi
AYLİN ÜSKÜDAR GÜÇLÜ
Doktora
İngilizce
2011
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
DOÇ. DR. AYŞE GÜL GÖZEN
- Klinik kaynaklı acinetobacter baumannii izolatlarında patotip- rezistotip-genotip kümelenmesi varlığının araştırılması
Investigation of pathotype, resistotype and genotype clustering in acinetobacter baumannii isolates of clinical origin
İNCİ DENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Moleküler TıpYeditepe ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM ÇAĞATAY ACUNER