Geri Dön

An Improved Formalism for Assigning Proteins Using Nuclear Vector Replacement Framework

NMR Protein Yapı Tabanlı Atamaları için NVR (Nükleer Vektör Yerdeğişimi) çerçevesini kullanan gelişmiş bir yaklaşım

PDF İndir

  1. Tez No: 618270
  2. Yazar: ŞEYMA ÇETİNKAYA
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MEHMET SERKAN APAYDIN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Şehir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Elektronik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 37

Özet

Proteinler, yaşayan sistemlerde bulunan ve temel biyolojik süreçlerde hayati fonksiyonlar gerçekleştiren makromoleküllerdir. Proteinin işlevini anlamak için o proteinin yapsının belirlenmesi gereklidir. Yapsal bilgiyi elde etmek için çeşitli yöntemler vardır ve Nükleer manyetik rezonans (NMR) Spektroskopisi en önemli olanlardandır. Bu teknikte, gerekli olan bir adım omurga rezonans atamasdır ve Yap Tabanlı Atama kalıp protein yardmıyla bu sorunu çözmek için kullanlır. Nükleer Vektör Yerdeğişimi programı, 15N ve HN kimyasal kaymaları ve net NOE'lerin yanı sıra RDC'leri, HD değişimi ve TOCSY verilerini kullanan NMR protein Yapı Tabanlı Atama programdır. NVR'ı çalıştırmak için, NMR verisinden ve kalıp yapıdan gelen data dosyalarını elde etmede bir dizi adım vardır. Bu çalışmada, NVR'ı yeni proteinlerde çalıştrmada önemli bir adım olan data dosyalarını hazırlama süreci basitleştirildi ve otomatikleştirildi. HSQC tepeciklerinden NH2 tepeciklerini ayırt etmek için bir yöntem oluşturuldu. Son olarak, tek bir atama hesaplamak yerine bir takım atama hesaplandı. Bu takım atama sonuçları kullanılarak, tepecik-amino asit atamaları için bir güvenilirlik derecesi elde edildi ve atama doğruluğu yükseltildi. Sonuçlar gösteriyor ki, bu gelişmeler NVR'ı girdi datalarını otomatik olarak halleden ve atama güvenilirliğini analiz edebilen pratik bir araç haline getirmektedir.

Özet (Çeviri)

Proteins are macromolecules in living systems used in crucial functions in all biological processes. In order to understand the function of a protein it is necessary to determine the structure of it. There are various techniques to obtain structural information and Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Spectroscopy is one of the most important ones. In this technique, an essential step is the backbone resonance assignment and Structure Based Assignment (SBA) is a method solving this problem with the help of a template structure. NVR is an NMR protein SBA program, that takes as input 15N and HN chemical shifts and unambiguous NOEs, as well as RDCs, HD-exchange and TOCSY data. To run NVR, there is a sequence of steps in obtaining the datales from NMR data and the template structure. In this study, the process of preparing these datales is simplied and automatized, which is an important practical step in running NVR on novel proteins. A method to distinguish NH2 peaks from HSQC peaks is generated. Finally, rather than computing a single assignment, an ensemble of assignments is computed. Using this ensemble of assignment results, degree of reliability for individual peak-amino acid assignments is obtained and assignment accuracy is improved. The results show that these improvements bring NVR closer to a tool to be useful and practical tool, able to handle the input data automatically and analyze the reliability of assignments.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    758409

    Cross-level typing the logical form for open-domain semantic parsing

    Açık alan anlambilimsel ayrıştırma için mantıksal forma düzeyler arası tür atanması

    İSMET ADNAN ÖZTÜREL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilişsel Bilim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN CEM BOZŞAHİN

  2. Tez No

    371558

    The properties of nanostructured binary metal alloys

    Nanoyapılı ikili metal alaşımların özellikleri

    BERK ONAT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SONDAN DURUKANOĞLU FEYİZ

  3. Tez No

    99911

    Rus biçimciliğinde Viktor Borisovich Şhklovsky

    Russian formalism and Viktor Borisovich Shklovsky

    M. ÖZLEM PARER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Batı Dilleri ve EdebiyatıAnkara Üniversitesi

    Batı Dilleri ve Edebiyatları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALTAN AYKUT

  4. Tez No

    763002

    Cumulants associated with geometric phases and their implementation in modern theory of crystalline polarization

    Geometrik fazlar ile ilişkili kümülantlar ve modern kristal polarizasyon teorisindeki uygulamaları

    SERTAÇ CENGİZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BALAZS HETENYI

  5. Tez No

    450942

    An internal model control based tuning method for single input fuzzy PID controller

    Tek girişli bulanık PID kontrolörler için iç model kontrol tabanlı ayarlama yöntemi

    ARDA VAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Otomasyon Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. TUFAN KUMBASAR

Geri Dön