An Improved Formalism for Assigning Proteins Using Nuclear Vector Replacement Framework
NMR Protein Yapı Tabanlı Atamaları için NVR (Nükleer Vektör Yerdeğişimi) çerçevesini kullanan gelişmiş bir yaklaşım
- Tez No: 618270
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MEHMET SERKAN APAYDIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Manyetik rezonans spektroskopi, Nükleer spektroskopi, Bioinformatics, Magnetic resonance spectroscopy, Nuclear spectroscopy
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Şehir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektronik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Proteinler, yaşayan sistemlerde bulunan ve temel biyolojik süreçlerde hayati fonksiyonlar gerçekleştiren makromoleküllerdir. Proteinin işlevini anlamak için o proteinin yap sı nı n belirlenmesi gereklidir. Yap sal bilgiyi elde etmek için çeşitli yöntemler vard ır ve Nükleer manyetik rezonans (NMR) Spektroskopisi en önemli olanlardand ır. Bu teknikte, gerekli olan bir ad ım omurga rezonans atamas d ır ve Yap Tabanlı Atama kalı p protein yard m ıyla bu sorunu çözmek için kullan l ır. Nükleer Vektör Yerdeğişimi programı , 15N ve HN kimyasal kaymaları ve net NOE'lerin yanı sı ra RDC'leri, HD değişimi ve TOCSY verilerini kullanan NMR protein Yapı Tabanlı Atama program d ır. NVR'ı çal ışt ırmak için, NMR verisinden ve kal ıp yapı dan gelen data dosyaları nı elde etmede bir dizi adı m vardı r. Bu çal ışmada, NVR' ı yeni proteinlerde çal ışt rmada önemli bir adı m olan data dosyalar ını haz ırlama süreci basitleştirildi ve otomatikleştirildi. HSQC tepeciklerinden NH2 tepeciklerini ay ırt etmek için bir yöntem oluşturuldu. Son olarak, tek bir atama hesaplamak yerine bir takı m atama hesapland ı. Bu tak ım atama sonuçlar ı kullanılarak, tepecik-amino asit atamalar ı için bir güvenilirlik derecesi elde edildi ve atama doğruluğu yükseltildi. Sonuçlar gösteriyor ki, bu gelişmeler NVR'ı girdi datalar ını otomatik olarak halleden ve atama güvenilirliğini analiz edebilen pratik bir araç haline getirmektedir.
Özet (Çeviri)
Proteins are macromolecules in living systems used in crucial functions in all biological processes. In order to understand the function of a protein it is necessary to determine the structure of it. There are various techniques to obtain structural information and Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Spectroscopy is one of the most important ones. In this technique, an essential step is the backbone resonance assignment and Structure Based Assignment (SBA) is a method solving this problem with the help of a template structure. NVR is an NMR protein SBA program, that takes as input 15N and HN chemical shifts and unambiguous NOEs, as well as RDCs, HD-exchange and TOCSY data. To run NVR, there is a sequence of steps in obtaining the data les from NMR data and the template structure. In this study, the process of preparing these data les is simpli ed and automatized, which is an important practical step in running NVR on novel proteins. A method to distinguish NH2 peaks from HSQC peaks is generated. Finally, rather than computing a single assignment, an ensemble of assignments is computed. Using this ensemble of assignment results, degree of reliability for individual peak-amino acid assignments is obtained and assignment accuracy is improved. The results show that these improvements bring NVR closer to a tool to be useful and practical tool, able to handle the input data automatically and analyze the reliability of assignments.
Benzer Tezler
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
- Kuyruk modelleri ve analizi üzerine bir uygulama
Başlık çevirisi yok
DİDEM ÖZPULAT
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Ege ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Süt formüllerinin tüketim uygulamaları ve süt formüllerinin C vitamini içeriği ile pH değerleri
Başlık çevirisi yok
GÖNÜL VAROL