Bhlh transkripsiyon faktörü genlerinin gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) genomunda tanımlanması ve biyoinformatik yöntemlerle analizi
Identification of bhlh transcription factor genes in genome of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and analysis by bioinformatics tools
- Tez No: 620685
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kastamonu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 219
Özet
Temel sarmal döngü sarmal (bHLH) proteinleri, ökaryotik tranksipsiyon faktörleri içerisinde büyük bir aileyi temsil etmektedir. Hücresel ve gelişimsel çoğu süreçte yer almaları nedeniyle, bitkiler, hayvanlar, mantarlar gibi birçok türde araştırma konusu olmuştur. Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss), çevre koşullarına kolay uyum sağlaması, sıcaklık toleransına sahip olması, yemlenmesinin kolay olması ve buna bağlı olarak iyi bir büyüme göstermesi sebeplerinden ötürü, yetiştiriciliği en fazla yapılan türler arasındadır. Genom dizisi yayınlanmış olmasına rağmen, bu balığa ait bHLH protein karakterizasyonu daha önce yapılmamıştır. Bu çalışmada, Gökkuşağı alabalığına ait bHLH gen ailesi, biyoinformatik araçlar kullanılarak belirlenmiştir. Yapılan analizler sonucunda, Gökkuşağı alabalığı genomunda kodlanan 441 adet OmybHLH geni tanımlanmıştır. Bunun yanında, bu genlere ait kromozomal yerleşimler, korunmuş motifler, olası üç boyutlu gen yapısı tahmini, gen ontolojisi, filogenetik ilişkiler ve farklı türler arasındaki evrimsel ilişkiler gibi birçok özellik, çalışma kapsamında incelenmiştir. Çalışma, hücre yenilenmesi, farklılaşması, kök hücre oluşumu, sinir hücreleri oluşumu gibi birçok gelişimsel süreçte yer alan bHLH gen ailesine ait üyelerin, yapılarının, işlevlerinin ve evrimsel ilişkilerinin anlaşılabilmesi açısından önem arzetmektedir. Bunun yanında, farklı türlerdeki bHLH genlerini analiz eden diğer çalışmalar için iyi bir kaynak sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Basic helix-loop-helix (bHLH) proteins represent a large family of eukaryotic transcription factors. It has been the subject of the research in many species such as plants, animals, fungi, as they are involved in many of cellular and developmental processes. Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) is one of the most cultivated species due to its easy adaptation to environmental conditions, tolerance to temperature, easy to feed, and consequently good growth. Although its genome sequence has been published, bHLH protein characterization of this fish has not been performed before. In this study, bHLH gene family of rainbow trout were determined using bioinformatic tools. As a result of the analysis, 441 OmybHLH genes encoded in the rainbow trout genome were identified. Besides, chromosomal localizations, conserved motifs, predication of three-dimensional protein structure, gene ontology, phylogenetic relations and evolutionary relationships with different species have been examined for these proteins in the study. The current study is important in terms of understanding the structure, functions and evolutionary relationships of the members of bHLH gene family, which are involved in many developmental processes such as cell renewal, differentiation, stem cell formation and nerve cells formation. Besides, it presents a good resource for other studies analysing bHLH genes in different species.
Benzer Tezler
- Fındık bitkisinde yaprak açım zamanıyla ilgili transkripsiyon faktörlerinin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Determination of the transcription faktor in the hazelnut plant with leaf time by bioinformatic tools
MARAT IMANZHANOV
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSA KAVAS
- Bitki transkripsiyon faktörlerinin hibrit derin öğrenme ile sınıflandırılması
Classification of plant transcription factors by hybrid deep learning
ALİ BURAK ÖNCÜL
Doktora
Türkçe
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKarabük ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YÜKSEL ÇELİK
- TWIST1 transkripsiyon faktörünün aktivasyon mekanizmasının ve doğal inhibitörlerinin araştırılması
Investigation of activation mechanism and natural inhibitors of TWIST1 transcription factor
SURAY PEHLİVANOĞLU
Doktora
Türkçe
2014
GenetikAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN NİDAİ ÖZEŞ
- Haşhaş (Papaver somniferum L.)'da tebain üretim mekanizmasının yeni nesil dizileme sistemi ile transkriptom düzeyinde incelenmesi
Transcriptome based analysis of the thebaine biosynthesis mechanism in opium poppy (Papaver somniferum L.) via next gereation sequencing
BEHCET İNAL
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEBAHATTİN ÖZCAN
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Investigation of the interaction between mouse cryptochrome-1 and leptin receptor overlapping Transcript Like-1
Fare leptin receptor overlapping transcript Like-1 (Leprotl1) ve Cryptochrome 1 (Cry1) proteinleri arasındaki etkileşimin incelenmesi
DERYA KABACAOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI