Docking study of resveratrol like molecules on histone deacetylase 8
Docking Study of Resveratrol like Molecules on Histone Deacetylase 8
- Tez No: 620757
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ, YRD. DOÇ. DR. ŞEBNEM EŞSİZ GÖKHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
histon asetilasyonu modülasyonu genin düzenlenmesinde çok önemli bir rol oynar amino bulunan lizin kalıntılarının durumunu düzenleyen tarafından ifadesi - terminal kuyrukları histon proteinleri. histon asetilasyonu / deasetilasyonu bir dinamik denge tarafından yapılmaktadır histon asetil transferaz (HAT) ve histon deasetilazlar (HDAC). Nedeniyle onların gen ekspresyonunda asıl olarak, HDAC ailesi temel hücresel ilişkilendirilmiştir Olaylar ve hücre büyümesi, farklılaşması ve kanser bilgileri gibi hastalık durumları. İçinde Özellikle, farklı sınıf I ve II, bazı kanser hastalığında aşırı edilir. HDAC inhibitörleri, yapısal hidroksamatlar, halkalı peptidler, alifatik asitler, benzamin en gruba ayrılabilir. HDAC inhibitörleri (HDACi) ve histon asetil transferaz aktivatörleri histon geliştirmek asetilasyonu. HDAC8 bir değişik hastalık için bir tedavi hedefi olarak karıştığı bir sınıf I HDAC olduğunu bozukluğu, hücre büyümesini içeren. Bu enzimin yapısının gibi benzersiz özellikler reaveled onun yapısal esneklik. katalitik sitenin mimarisi ve kanal jant arasında HDAC8, ebatları, şekilleri ve kimyasal göre çeşitli ligandları karşılamak için adapte özellikleri. Bu çalışmada, demirledi yeniden HDAC8 (kod 1T64) yerli TSA ligandı, gözlemlemek Bu tür döner tahvil ve X, Y, Z, farklı parametre ile inhibisyon sabiti (Ki) koordine eder. Bu yaklaşımdan, resveratrol bileşik nova tasarım de başlayan, yani Bu tümör inhibisyonu gibi hastalıkların korunma yolları ile bir rol oynadığı düşünülmektedir inisiyasyon. resveratrol iskele yerine göre 100 yüz analogları oluşturmak için kullanılan kimyasal gruplar bağlanma enerjisi ve sürekli inhibe ederek değişiklikleri gözlemlemek için Autodock4.2 kullanılarak moleküler yerleştirme. Bunlar 100 analoglarının açısından değerlendirildi inhibisyon sabiti (Ki) ile bağlı en düşük inhibisyon sabiti seçilen 20'si (Ki), ve bağlanma enerjisi. HDAC8 kanser tedavisi için umut verici bir hedef, şu olduğu gerçeği ek laboratuar deneyleri yürütülmektedir eğer moleküllerin potansiyel antikanser ajanlar olabilir engelleyici etkilerini tespit etmek.
Özet (Çeviri)
The modulation of histone acetylation plays a pivotal role in the regulation of gene expression by governing the state of lysine residues located on the amino – terminal tails of histone proteins. A dynamic balance of histone acetylation /deacetylation is maintained by histone acetyl transferases(HAT) and histone deacetylases(HDACs) . Due to their fundamental role in gene expression, HDAC family have been associated with basic cellular events and disease states such as cell growth, differentiation and cancer information. In particular, distinct class I and II are overexpressed in some cancer disease. HDAC inhibitors structurally can be grouped into hydroxamates, cyclic peptides, aliphatic acids, benzamine's. HDAC inhibitors (HDACi) and histone acetyl transferase activators increase histone acetylation. HDAC8 is a class I HDAC implicated as a therapeutic target for a various disease including disorder cell growth. The structure of this enzyme reaveled unique features as its conformational flexibility. The architecture of the catalytic site and the channel rim of HDAC8 adapt to accommodate various ligands according to their size, shape and chemical properties. İn this study, the native TSA ligand of HDAC8 (code 1T64) re docked, to observe the inhibition constant (Ki) with different parameter such as rotatable bonds and X, Y, Z coordinates. From this approach, starting de nova design from resveratrol compound, that is suggested to play a role in the preventation of some disease such as inhibition of tumour initiation. The resveratrol scaffold was used to create 100 hundred analogues by substituting chemical groups to observe the changes in the binding energy and inhibition constant by molecular docking using Autodock4.2. These 100 analogues were evaluated in terms of the inhibition constant (Ki) and 20 of them selected due to their lowest inhibition constant (Ki) and binding energy. The fact that HDAC8 is a promising target for cancer therapy, these molecules can be potential anticancer agents if additional laboratory assays are carried out to ascertain their inhibitory effects.
Benzer Tezler
- Gundelia cappadocica bitkisinin kimyasal kompozisyonu, COVİD-19 spıke ACE2 bağlanma inhibisyon potansiyeli ile ın sılıco molecular dockıng ve adme özelliklerinin belirlenmesi
Chemical composition, COVİD-19 spike ACE2 binding inhibitionpotential and in silico molecular docking and admeproperties of gundelia cappadocica
AYDIN BAŞTİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
KimyaBitlis Eren ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH ÇAĞLAR ÇELİKEZEN
DR. MEHMET FIRAT
- Swiss albino farelerde aflatoksin M1 tarafından indüklenen toksisiteye karşı resveratrolün koruyucu rolü
The protective role of resveratrol against toxicity induced by aflatoxin M1 in swiss albino mice
İLKNUR GÜÇ
- Doğal fenolik ve flavonoid bileşiklerin insan kolorektal karsinom hücreleri üzerindeki İn Vitro ve İn Siliko etkilerinin moleküler düzeyde araştırılması
Effect of phenolic compounds on colon health and cancer cells; In Silico and In Vitro study
SADIK ŞEKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoistatistikSelçuk ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR KARAKURT
- Raphanus sativus ekstraktının in-vitro ve in-siliko yöntemlerle anti-diyabetik aktivitesinin araştırılması
Investigation of the anti-diabetic activity of Raphanus sativus extract by in-vitro and in-silico methods
RUKİYE HASRET ŞAHİN
- Yeni retinoid bileşiklerinin tasarlanması, sentezi, yapı aydınlatılması, biyolojik etki tayini ve yapı -Aktivite çalışmaları
Design, synthesis, structural elucidation, determination of biological activity and structure -Activity studies of novel retinoid compounds
A. SELEN GÜRKAN
Doktora
Türkçe
2009
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDEM BÜYÜKBİNGÖL