Comparison of open source tumor growth simulation software and multiscale tumor modelling
Açık kaynaklı tümör büyüme simulasyonlarının kıyaslanması ve çok katmanlı tümör modellemesi
- Tez No: 630449
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALBERT GÜVENİŞ, YRD. DOÇ. DR. DANIELA DR SCHULZ, YRD. DOÇ. DR. MEHMET KOCATÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Mühendislik Bilimleri, Biology, Bioengineering, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Biyo-Medikal Mühendislik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
Kanser, birçok farklı hücresel ve doku seviyesi organizasyonundan oluşan karmaşık bir hastalıktır. Bu değışkenler kanser ve tümör büyümesini tahmin etmeyi zorlaştırır. Tümör büyüme simülasyonu, tümörlerin büyüme şeklini tahmin etmede hayati öneme sahiptir. Tümör modelleme, kanser biyolojisine ışık tutmak için kullanılır ve daha etkili kanser tedavileri geliştirmek için umut verici bir yöntem olarak kabul edilir. Literatürdeki çalışmalardan farklı olarak, belirtilen simülasyon yöntemlerini kullanarak biyolojik ve metabolik girdiler ve bunların ilgili çıktıları sistematik olarak gözden geçirilmiştir. Her bir simülasyon kodu için biyolojik girdileri ayrıntılı olarak gösteren bir karşılaştırma tablosu oluşturulmuştur. Sistematik olarak gözden geçirmeden sonra ek olarak, bütünleşik hücre fonksiyonları ve mikro çevre özellikleri nedeniyle Physicell v1.6.1 programında, adenocarcinoma A549 hücrelerine ait hücre parametreleri kullanılarak tümör büyümesi gözlemlenmiştir. Ayrıca, ortamdaki başlangıç oksijen konsantrasyonunun, tümör büyümesine etkisi incelenmiştir. Tümör hücrelerinin oluşum hızı, başlangıçtaki oksijen konsantrasyonu artmasıyla, artmıştır. Bununla birlikte, nekrotik ve ona ait kalsiyum bazlı yapının oluşumu, hipoksik hücrelerde azalmaya bağlı olarak, artan oksijen miktarıyla azalmıştır. Simülasyon bulgularına istinaden, araştırmacılar tümör yapısındaki hipoksik bölgeleri öngörerek, hastaya özel uyarlanmış kemoterapi planlarını belirleyebilirler
Özet (Çeviri)
Cancer is a complex disease that is comprised of many different cellular and tissue level organizations. Tumor growth simulation is vital in predicting the way tumors grow. Tumor modelling is used to shed light on cancer biology and is considered a promising method for developing more effective cancer therapies. In this study, the biological inputs and their respective outputs using the simulation approaches were systematically reviewed. A comparison table was produced that shows in detail the biological inputs for each simulation code. This is in contrast to the current agentbased model reviews that mostly focus on computer efficiency. Physicell was selected among the reviewed open-source software due to its integrated basic cell functions and microenvironment simulation capabilities. Tumor growth has been simulated in the Physicell v1.6.1 tumor simulation software. The A549 cell specific parameters have been used during the simulation and the effects of the initial oxygen concentration in the microenvironment were examined on outcome images. Growth rate of tumor cells increases with the increasing oxygen concentration in the microenvironment. Formation rate of necrotic core in the tumor structure reduces with the increasing oxygen concentration due to small number of hypoxic cells in the tumor structure. Based on our findings in the simulation, physicians can predict the hypoxic regions in tumor structure to plan a chemotherapy treatment dependent localized peripheral tissue considering the correlation between oxygen concentration and tumor growth rate.
Benzer Tezler
- Kontrastlı mamografi görüntülerinde benign ve malign meme kitlelerinin radyomik özelliklerinin karşılaştırılması
Comparison of radiomic features of benign and malign breast masses on contrast enhanced mammography images
AYKUT TEYMUR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Radyoloji ve Nükleer TıpKaradeniz Teknik ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SİBEL KUL
- Dar pedikül, yüksek seyreden vertebral arter ve kompleks deformitenin eşlik ettiği atlantoaksiyel instabilite olgularında hastaya özel aksis matkap kılavuzlarının doğruluğunun değerlendirilmesi; 3 fiksasyon metodunun karşılaştırılması
Accuracy of axis drill guides in the cases of atlantoaxial instabilities associated with high-riding vertebral arteries, narrow pedicles, and complex deformities: comparison of 3 fixation methods
AZAD MALIKOV
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
NöroşirürjiSağlık Bilimleri ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
UZMAN AHMET EREN SEÇEN
UZMAN ÖZGÜR ÖCAL
- Meme malign tümörlerinde doku analizinin radyolojik bulgulara katkısı
Contribution of tissue analysis to radiological findings in breast malignant tumors
ONUR BECERİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Radyoloji ve Nükleer TıpDokuz Eylül ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PINAR BALCI
- BreastIS: A software tool for flexible breast MRI analysis
BreastIS: Meme MRG analiz yazılımı
BAŞAK BAYRAMBAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESİN ÖZTÜRK IŞIK
- Mide tümörlerinin sınıflandırılmasında bilgisayarlı tomografi tabanlı tekstür analizinin yeri
The role of computerized tomography texture analysis in classification of stomach tumors
TOLGA ZEYDANLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Radyoloji ve Nükleer TıpGazi ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN KORAY KILIÇ