Steril vücut sıvılarının akım sitometri yöntemiyle taranması ve direkt örnekten MALDI-TOF MS ile mikroorganizma saptanması
Screening of sterile body fluids by flow cytometry and microorganism identification from direct sample with MALDI-TOF MS
- Tez No: 634762
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEYNEP ARZU İLKİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Akım sitometrisi, Beyin omurilik sıvısı, Kütle spektrometri, Vücut sıvıları, Flow cytometry, Mass spectrometry, Body fluids
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Çalışmamızın amacı Steril vücut sıvısı (SVS) örneklerini akım sitometrik bir yöntemle lökosit ve bakteri miktarı açısından değerlendirmek ve muhtemel patojenleri MALDI TOF MS (VITEK MS, bioMérieux, Fransa) ile örnekten hızla tanımlamaktır. Gereç ve Yöntem: Steril bölge enfeksiyonu şüphesiyle Kasım 2018-Ocak 2020 tarihleri arasında laboratuvarımıza gönderilen SVS örnekleri çalışmaya dahil edildi. Çalışmanın ilk bölümünde akım sitometrik yöntem olan Sysmex UF-5000 (Co., Kobe Japonya) ile örneklerde lökosit miktarı saptanıp, aynı örnekte referans yöntem olan Thoma lamıyla lökosit sayımı yapılarak sonuçlar karşılaştırılmıştır. İkinci kısmında kültür sonuçları ile UF-5000 bakteri sayımları arasındaki ilişki değerlendirilmiş, üçüncü aşamada ise kültür pozitif örnekler 8 saat beyin-kalp infüzyon buyyonda inkübe edildikten sonra MALDI-TOF MS ile tanımlanmıştır. Bulgular: Çalışmamıza 498 beyin omurilik sıvısı (BOS), 109 periton ve 109 plevra sıvısı dahil edilmiştir. Örneklerin lökosit sayısı açısından akım sitometri ile manuel mikroskobi (MM) sonuçlarının kategorik uyumları Spearman korelasyonu ile analiz edilmiştir. Bunun sonucunda BOS için, yüksek düzeyde uyum (0,717), plevra ve periton örnekleri için ise sırasıyla 0,604, 0,659 şeklinde orta düzeyde uyum saptanmıştır (p<0,05). Ayrıca pozitif kültüre sahip numuneler, negatiflere göre; gram boyalı preparatta bakteri görülen örnekler, görülmeyenlere göre yüksek bakteri sayımları gösterdi (p<0,05). Kültürde üreme saptanan örneklerin kısa inkübasyon sonrası %64,2'si MALDI-TOF MS ile doğru tanımlanırken, polimikrobiyal örneklerde patojen bakterilerden herhangi biri %46 oranında doğru tanımlanmıştır. Sonuç: Sonuçlarımız akım sitometrik yöntemin BOS örneklerinde MM'ye alternatif olabileceğini düşündürmektedir. Periton ve plevra örneklerinde ise saptanan %100 duyarlılık, hastaların gereksiz yere antibiyotik almasını ve olası direnç gelişimini engelleyecektir. Örnekten kısa inkübasyon sonrası direkt MALDI-TOF MS prosedürü ise SVS enfeksiyonlarına neden olan bakterilerin tanımlanmasını 8,5 saate düşürerek örneğin laboratuvara ulaştığı gün içinde tanımlanabileceğini göstermekte, bu da ciddi bir zaman kazancı sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Objectives: The aim of our study is to evaluate bacteria and white blood cell (WBC) analysis by flow cytometric method in sterile body fluids (BF) and to provide rapid identification possible pathogens of samples with MALDI TOF MS (VITEK MS, bioMérieux, Fransa). Materials/methods: BF samples submitted to our laboratory with suspected sterile body fluid infection between November 2018 and January 2020 were included in the study. In the first part of the study WBC counts of samples were analyzed with Sysmex UF-5000 (Co., Kobe Japan) based on the principle of flow cytometry and the results were then compared with the reference method (i.e., manual microscopy), by counting in a Thoma chamber. In the second part, the relationship between culture results and UF-5000 bacterial count was evaluated, and in the third stage, culture positive samples were identified by MALDI-TOF MS after incubating in brain-heart infusion broth for 8 hours. Results: In our study 498 cerebrospinal fluid (CSF), 109 peritoneal and 109 pleural fluids were included. The categorical agreement of flow cytometry and manual microscopy (MM) results was assessed by Spearman correlation for WBC. As a result, a high agreement (0.717) was detected for CSF, and a moderate agreement was found for pleural and peritoneual samples with 0.604 and 0.659, respectively (p <0.05). In addition bacterial counting with flow cytometry was higher among culture positive samples and samples with a positive direct gram stain than culture negative samples and negative direct gram stain. Correct identification rate of MALDI-TOF MS after a short-term incubation, was 64.2% in monomicrobial samples and 46% in one of the pathogens of polymicrobial samples. Conclusion: Our results show that the flow cytometric method can be an alternative to MM in CSF samples. Detection of 100% sensitivity in peritoneal and pleural samples will prevent unnecessary antibiotic treatment and possible resistance development. Direct identification procedure with MALDI-TOF MS after short-term incubation reduces the identification of pathogen bacteria of BF infections to 8.5 hours. Thus, identification of the sample on the day it arrives at the laboratory saves a considerable amount of time.
Benzer Tezler
- Streptococcus pneumonia, staphylococcus aureus ve pseudomonas aeruginosa ile invaziv bakteriyel enfeksiyon geçiren çocuklarda IRAK4 ve MYD88 genlerinde mutasyon varlığının aaraştırılması
Investigation of mutations in IRAK4 and MYD88 genes in children undergoing invasive bacterial infection with streptococcus pneumonia, staphylococcus aureus and pseudomonas aeruginosa
ZEYNEP GÖKÇE GAYRETLİ AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DENİZ NAZİRE ÇAĞDAŞ AYVAZ
- Tüberkülozun tanısında polimeraz zincir reaksiyon yönteminin değeri ve N-acetyl-L-cystein'nin bu yöntemin duyarlılığı üzerine etkisi
Başlık çevirisi yok
MEHMET SAİT TEKEREKOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Mikrobiyolojiİnönü ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. RIZA DURMAZ
- Klinik örneklerden izole edilen haemophilus influenzae suşlarının serotiplendirilmesi ve bazı antimikrobiyallere duyarlılık durumunun araştırılması
Serotyping and antimicrobial susceptibilities of haemophilus influenzae strains isolated from clinical specimens
DEMET AYANGİL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BÜLENT SÜMERKAN
- Hastanemizdeki steril vücut bölgeleri enfeksiyonlarında 16S RRNA dizi analizi yönteminin tanıdaki yeri
The role of 16S RRNA sequence analysis in sterile body sites infections in our hospital
ŞERİFE SATILMIŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜNER SÖYLEDİR
- Steril vücut sıvılarından üretilen etkenlerin hızlı antibiyotik duyarlılık test sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of rapid antibiotic susceptibility test results of agents produced from sterile body fluids
HATİCE ŞEYMA BAYKUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATİFET YASEMİN ÖZTOP