Serebral palsi, adrenolökodistrofi ve parkinson hastalıklarının ortak genetik mekanizmalarının biyoinformatik yaklaşımı ile incelenmesi
Analysis of mutual genetic mechanisms of cerebral palsy, adrenoleu-kodystrophy and parkinson's disease using a bioinformatic approach
- Tez No: 639833
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA SEVİMOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
Mikrodiziler, genom çapında bir seviyede ekspresyon profillerini ve yapısal çeşitliliği analiz etmemizi sağlayan teknolojilerdir. Bu konudaki teknolojinin gelişmesi hastalıklar için yapılan çalışmaların artmasını sağlamış ve kompleks hastalıkların mekanizmasını ortaya çıkarabilmemiz için bir yol açmışlardır. Seçilen hastalıklar ile ilgili bu teknoloji ile yapılan çalışmalar gün geçtikçe çoğalmaktadır. Mevcut çalışmada üç nörodejeneratif hastalık olan Serebral Palsi (SP), Adrenolökodistrofi(ALD) ve Parkinson'a yer verilmiştir. SP, beyine giden damarların tıkanması ya da kanaması neticesinde beyin hücrelerinin hasar görmesi sonucu oluşan bir hastalıktır. ALD, nadir görülen bir genetik hastalıktır. Parkinson, beyin sapı bölgesinde bulunan, substansiya nigra (siyah çekirdek) isimli bir hücre grubunda yavaş olarak ilerleyen hücre ölümü ve dejenerasyon olmasıyla karakterizedir. SP, ALD ve Parkinson ile ilgili transkriptom verileri elde edilerek veri analizleri yapılmıştır. Devamında incelenen hastalıklarla ilgili protein-protein etkileşimlerine bakılarak ve merkezi protein tayinleri yapılmıştır. Üç hastalığın istatistiksel olarak anlamlı Gen-Raportör Metobolit ilişkisi belirlenerek, elde edilen Raportör metabolitler ile insan bağırsak mikrobiyotası arasındaki ilişki ortaya çıkarılmıştır. Çalışmalar sonucu belirlenen üç hastalık arasındaki transkripton, metabolom ve mikrobiyom düzeyinde ortak mekanizmaların belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre hastalıklar arasında ortak genlerin (LOC101928269, RAD51, VDR) ve sinyal yolakların (hsa05202:Kanserde transkripsiyonel yanlış düzenleme) olduğu bulunmuştur. İncelenen hastalıklar arasında ortak metabolit bulumamasına rağmen ortak olan 52 metabolik yolak bulunmuştur. Bu çalışmada her bir hastalık dataseti için ortaya çıkarılan raportör metabolitlerin mikrop türleri (Pelobacter carbinolicus, Bifidobacterium longum Bacteroides thetaiotaomicron, Lactobacillus buchneri, Clostridium butyricum, Pelobacter propionicus, Bacillus subtilis, Enterobacter cloacae, Klebsiella variicola, Klebsiella variicola, Pelotomaculum thermopropionicum) ile de ilişkisi ortaya konulmuştur.
Özet (Çeviri)
Microarrays are technologies that allow us to analyze expression profiles and structural diversity on a genome-wide level. The development of technology in this area has increased the number of studies for diseases and has opened a way for us to reveal the mechanism of complex diseases. Studies on selected diseases with this technology are increasing day by day. In the present study, three neurodegenerative diseases, Cerebral Palsy (CP), Adrenoleukodystrophy (ALD), and Parkinson's Disease were included. CP is a disease that occurs when brain cells are damaged as a result of blockage or bleeding of the vessels leading to the brain. ALD is a rare genetic disease. Parkinson's is characterized by slow progressive cell death and degeneration in a group of cells called substantia nigra (black nucleus) located in the brainstem region. Data analysis was performed by obtaining transcriptome data about SP, ALD and Parkinson. Central protein determinations were made by looking at the protein-protein interactions related to the diseases examined. By determining the statistically significant Gene-Reporter Metabolite relationship of three diseases, the relationship between the obtained Reporter metabolites and human intestinal microbiota was revealed. Among the three diseases determined as a result of the studies, the common mechanisms at the level of transcripton, metabolome and microbiome were determined. According to the results, it was found that common genes (LOC101928269, RAD51, VDR) and signaling pathways (hsa05202: transcriptional misregulation in cancer) are among the diseases. Although no common metabolites were found among the diseases examined, 52 common metabolic pathways were found. In this study, the relationship between the reporter metabolites revealed for each disease dataset and the microbe species (Pelobacter carbinolicus, Bifidobacterium longum Bacteroides thetaiotaomicron, Lactobacillus buchneri, Clostridium butyricum, Pelobacter propionicus, Bacillus subtilis, Enterobacter cloacae, Klebsiella variicola, Klebsiella variicola, Pelotomaculum thermopropionicum) was put forward.
Benzer Tezler
- Serebral palsi tedavisinde yüksek doz botulismus Toxin Tip-A tedavisi ve etkinliğinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
ALPER İBRAHİM DAİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
NörolojiMarmara ÜniversitesiÇocuk Nörolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DANIŞMAN YOK
- Serebral palsi'li çocuklarda su içi egzersizlerin spastisite ve motor fonksiyonlar üzerine etkisi
EFFECTİVENESS OF AQUATİC EXERCİSES ON SPASTİCİTY AND MOTOR FUNCTİONS OF CHİLDREN WİTH CEREBRAL PALSY
SEVDA ADAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonAfyon Kocatepe ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMİT DÜNDAR
- Serebral palsili çocukların fonksiyonel durumlarının ve annelerinin psikolojik durumlarının değerlendirilmesi
Assesment of functi̇onal status of the chi̇ldren wi̇th cerebral palsy and thei̇r mothers' psychologi̇cal status
ESMA DEMİRHAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyonİstanbul Medeniyet ÜniversitesiFizik Tedavi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AFİTAP İÇAĞASIOĞLU
- Serebral palsili çocuklarda tüm vücut titreşim terapisi ve D vitamini takviyesinin kas-iskelet sistemi üzerine etkisi
Effect of whole body vibration therapy and vitamin D supplementation on musculoskeletal system in children with cerebral palsy
ABUZER KAYAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyonİstanbul ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE RESA AYDIN
- Spastik serebral palsili çocuklarda plantar fleksör kas grubuna uygulanan manuel statik germe egzersizlerinin ve derin friksiyon masajının etkinliğinin karşılaştırılması
Comparison of the effectiveness of manual static streching exercises and deep friction masssage applied to plantar flexor muscle group in children with spastic cerebral palsy
CEMRE BEKTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Fizyoterapi ve RehabilitasyonMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiFizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BANU BAYAR