Genome mapping of phosphate solubilizing bacteria using bioinformatic analysis
Fosfat çözücü bakterinin biyoenformatik analizlerle genom haritasının çıkarılması
- Tez No: 640739
- Danışmanlar: PROF. DR. NUSRET ZENCİRCİ, DR. ÖĞR. ÜYESİ ERCAN SELÇUK ÜNLÜ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 59
Özet
Pseudomonas türü bitki büyümesini teşvik edici bakteriler olarak bilinmesinin yansıra iyi bir fosfat çözücü olarak da tanımlanmaktadır. Pseudomonas türü sadece biyoteknolojik ve tarımsal alanda değil aynı zamanda tıp alanında da yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Seben bölgesinde yetişen IZA buğdayı (Triticum monococcum spp. monococcum) bitkisinin kökünden izole edilmiş ve fosfat çözünürlük aktivitesi doğrulanmış Pseudomonas türünün tüm genom dizilemesi yeni nesil dizileme (Illumina NextSeq 550) kullanılarak yapılmış ve 76x derinliğinde çift-uç okumalı toplamda 2,188,517 okuma ile 655,555,100 baz elde edilmiştir. Sekans okumaları, de novo birleştirme yaklaşımıyla bir araya getirilerek GC içeriği 61.03% ve uzunluğu 6,520,191 olan 252 contig ile Pseudomonas spp. ESU1531 taslak genomu oluşturulmuştur. Tüm genlerin tanımlanması PROKKA ile yapılmıştır. PROKKA sonuçlarına göre, 5652 kodlayan gen tahmin edilmiş ve bunların 4547'si fonksiyonel olarak atanmıştır. Genomda, 1 adet 16s rRNA ve 66 adet tRNA bulunmuştur. Ek olarak, 16s rRNA filogenetik ve çoklu lokus analizi yapılarak izole edilen bakteri taksonomik olarak sınıflandırılmıştır. Pseudomonas spp. ESU1531'in tüm genom analizi, birçok farklı çalışmaya yarar sağlayabileceği düşünülmektedir. Özellikle, biyoteknolojik ve tarımsal alanda biyogübre veya biyokontrol ajanı olarak kullanılmasına yönelik yapılan çalışmalara, diğer yandan Pseudomonas türünün fosfat çözme mekanizmasının anlaşılmasına katkı sağlayacaktır. Bununla birlikte, Pseudomonas spp. ESU1531, ileride yapılacak Seben bölgesindeki genomik veya metagenomik çalışmalarda da oldukça önemli bir referans olacaktır.
Özet (Çeviri)
Pseudomonas species is known as a plant growth-promoting bacteria as well as a good phosphate solubilizer. Pseudomonas species is commonly used in the studies, not only in the biotechnological and agricultural fields, but also in the field of medicine. In this study, the whole genome sequencing of the Pseudomonas species isolated from the root of the IZA wheat (Triticum monococcum spp. monococcum) in Seben/Bolu was performed using the next generation sequencing (Illumina NextSeq 550) with a total of 2,188,517 paired-end reads, were totally 655,555,100 bases, in 76x depth. Paired-end reads were assembled using de novo assembly approach and was created the draft genome of Pseudomonas spp. ESU1531 with a 252 contig with a GC content of 61.03% and a length of 6,520,191. Annotation of all the genes in the genome was done by PROKKA. According to the PROKKA result, the coding genes in the genome was predicted as 5652 and 4547 of them were functionally assigned. 1 rRNA and 66 tRNA were found in the genome. In addition, phylogenetic of 16s rRNA and multi-locus analyses were done and Pseudomonas spp. ESU1531 taxonomically classified. The whole genome sequencing and analysis of Pseudomonas spp. ESU1531 will benefit many different studies. In particular, it will benefit studies for the use of bio fertilizers and/or biocontrol agents in the biotechnological and agricultural fields; on the other hand, it will contribute to future studies in understanding the phosphate solubilizing mechanism of the Pseudomonas species. Moreover, Pseudomonas spp. ESU1531 will also be a very important reference in genomic and/or metagenomic studies in the Seben region in the future.
Benzer Tezler
- Genome-wide mapping of nucleotide excision repair in arabidopsis root and shoot & the fate of LYM1/2 proteins during nodulation in Medicago truncatula
Arabidopsis kökünde ve sürgünde nükleotid eksizyon onarımının genom çapında haritalanması ve Medicago truncatula'da nodülasyon sırasında LYM1/2proteinlerinin kaderi
DUĞÇAR EBRAR ERDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ÖZTAŞ
- Molecular characterisation and association mapping with morphological data of Colchicum L. species in the flora of turkey
Türkiye florasında bulunan Colchicum L. türlerinin moleküler karakterizasyonu ve morfolojik veriler ile genom düzeyinde ilişkilendirme haritalaması
ABDURRAHMAN UMUT TÜYEL
Doktora
İngilizce
2015
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
- Asma (Vitis vinifera L.)'da genom haritalaması: Önemli morfolojik karakterlere ve fungal kökenli hastalıklara yönelik AFLP ve SSR linkage gruplarının oluşturulması
Genome mapping in grape (Vitis vinifera L.): Establishment of AFLP vand SSR linkage groups towards to significant morphological characters and fungal diseases
BURÇAK İŞÇİ
Doktora
Türkçe
2007
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AHMET ALTINDİŞLİ
- Mercimek genomunun FLP, RAPD, ISSR ve bazı morfolojik markörler kullanarak haritalanması
Mapping of lentil genome by using FLP, RAPD, ISSR and some morphological markers
ŞEHNAZ ÖZATAY
Doktora
Türkçe
2007
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAHATTİN TANYOLAÇ
- Hıyarda (Cucumis sativus L.) tohum iriliği ile düşük sıcaklıkta çimlenme yeteneğinin karşılıklı melezleme ve genomik bağlantı analizleriyle qtl haritalanması
Qtl mapping of seed size and cold germination ability in cucumber (Cucumis sativus L.) through biparental linkage analysis and genome-wide association analysis
METİN YAĞCIOĞLU
Doktora
Türkçe
2018
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEKÜRE ŞEBNEM ELLİALTIOĞLU