Geri Dön

Biyolojik sistemlerdeki Schiff bazlarının model sistemler üzerinde hesapsal yöntemlerle incelenmesi

Investigation of Schiff bases present in biological systems on model systems by computational methods

  1. Tez No: 641172
  2. Yazar: GÜLİN ÜRGENÇ TÜRKAY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Eczacılık ve Farmakoloji, Biochemistry, Biotechnology, Pharmacy and Pharmacology
  6. Anahtar Kelimeler: Lizin, İsatin, Schiff Bazı, Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi, Moleküler Modelleme, Reaksiyon Mekanizması, Lysine, Isatin, Schiff Base, Density Functional Theory, Molecular Modeling, Reaction Mechanism
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 225

Özet

Bu tezde biyolojik model sistemlerde lizin ve bazı isatin türevlerinin Schiff bazı oluşum mekanizmalarının hesapsal yöntemlerle incelenmesi amaçlanmıştır. Muhtemel yüklü ve kanonik lizin yapıları ile literatürdeki bilgiler ile belirlenen isatin türevlerinin detaylı konformasyonel analizi yapılmıştır. Konformasyonel analizden elde edilen konformerler B3LYP/cc-PVTZ ve ωB97XD/cc-PVTZ seviyelerinde tamamen optimize edilmiş ve frekans analizinin öznesi olmuşlardır. Bu optimize olan lizin ve isatin yapıları, yukarıda belirtilen seviyelerde, Schiff bazı oluşum reaksiyon mekanizması önermek için kullanılmıştır. Lizin-isatin Schiff bazı oluşum reaksiyon mekanizmasının potansiyel enerji yüzeyindeki reaksiyon koordinatları, farklı optimizasyon prosedürleri kullanılarak elektronik enerji, dipol moment, harmonik titreşim frekansları hesaplanmıştır. Sonuç olarak, fizyolojik koşullarda ve nötral reaksiyon koşulları için, biyolojik modellerde lizin ve imin bağının önem arzettiği, basamaklı bir mekanizma önerisi yapılmıştır.

Özet (Çeviri)

The aim of the study to investigate the reaction mechanism of Schiff base formation between lysine and some isatin derivatives in biological model systems by using computational methods. Detailed conformational analysis has been carried out for possible charged and canonical lysine structures along with isatin derivatives, that have been determined from literature. Conformers that have been obtained from conformational analysis, were fully optimized and subjected to a frequency analysis at B3LYP/cc-PVTZ and ωB97XD/cc-PVTZ levels of theory. Fully optimized structures of lysine and isatin derivatives have been used for proposing Schiff base formation reaction mechanism at same levels of theory mentioned as above. Reaction coordinates at potential energy surface of lysine-isatin Schiff base formation mechanism have been computed by different optimization procedures. In conclusion, at physiological conditions and for neutral reaction conditions, a stepwise reaction mechanism isa proposed based on lysine and imine bond formation reaction in biological models.

Benzer Tezler

  1. Kontrollü salım için biyouyumlu çitosan türevlerinin sentezi ve karakterizasyonu

    Synthesis and characterization of biocompatible chitosan derivatives for controlled release

    BURCU YEĞİNER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OYA ATICI

    DOÇ. DR. CÜNEYT HÜSEYİN ÜNLÜ

  2. Taç eter içeren yeni bir schiff bazı, Cu (II) ve Co (II) komplekslerinin sentezi karakterizasyonu

    Synthesis and characterization of a new schiff base containing crown ether, Cu(II) and Co(II) complexes

    SEZGİN AYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    KimyaYıldız Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEBAHAT DEMİRHAN

  3. Serbest amino grubu içeren sitiril temelli bileşiklerin ve Schiff bazlarının sentezi, fotofiziksel, nlo ve termal özelliklerinin incelenmesi

    The synthesis of free amino group containing styryl based organic compounds and their Schiff bases derivatives as well as the investigation of their nlo, photophysiscal and thermal properties

    ANKA UTAMA PUTRA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    KimyaGazi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEL SEFEROĞLU

  4. 1,10-fenantrolin içeren çok dişli ligandların sentezi, metal komplekslerinin incelenmesi

    The synthesis of multidentate ligands included 1,10-phenanthroline, investigation of metal complexes

    GÜLNUR KESER KARAOĞLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    KimyaYıldız Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. ULVİ AVCIATA

  5. Salisilaldehit türevi bazı Schiff bazlarının miselli sıvı kristallere etkisinin incelenmesi

    Investigation of the effect of some Schiff bases derivative of salicylaldehyde on micellar liquid crystals

    DİĞDEM TATLIDİL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    KimyaOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞEN ALAMAN AĞAR