Biyolojik sistemlerdeki Schiff bazlarının model sistemler üzerinde hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Investigation of Schiff bases present in biological systems on model systems by computational methods
- Tez No: 641172
- Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Eczacılık ve Farmakoloji, Biochemistry, Biotechnology, Pharmacy and Pharmacology
- Anahtar Kelimeler: Lizin, İsatin, Schiff Bazı, Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi, Moleküler Modelleme, Reaksiyon Mekanizması, Lysine, Isatin, Schiff Base, Density Functional Theory, Molecular Modeling, Reaction Mechanism
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 225
Özet
Bu tezde biyolojik model sistemlerde lizin ve bazı isatin türevlerinin Schiff bazı oluşum mekanizmalarının hesapsal yöntemlerle incelenmesi amaçlanmıştır. Muhtemel yüklü ve kanonik lizin yapıları ile literatürdeki bilgiler ile belirlenen isatin türevlerinin detaylı konformasyonel analizi yapılmıştır. Konformasyonel analizden elde edilen konformerler B3LYP/cc-PVTZ ve ωB97XD/cc-PVTZ seviyelerinde tamamen optimize edilmiş ve frekans analizinin öznesi olmuşlardır. Bu optimize olan lizin ve isatin yapıları, yukarıda belirtilen seviyelerde, Schiff bazı oluşum reaksiyon mekanizması önermek için kullanılmıştır. Lizin-isatin Schiff bazı oluşum reaksiyon mekanizmasının potansiyel enerji yüzeyindeki reaksiyon koordinatları, farklı optimizasyon prosedürleri kullanılarak elektronik enerji, dipol moment, harmonik titreşim frekansları hesaplanmıştır. Sonuç olarak, fizyolojik koşullarda ve nötral reaksiyon koşulları için, biyolojik modellerde lizin ve imin bağının önem arzettiği, basamaklı bir mekanizma önerisi yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
The aim of the study to investigate the reaction mechanism of Schiff base formation between lysine and some isatin derivatives in biological model systems by using computational methods. Detailed conformational analysis has been carried out for possible charged and canonical lysine structures along with isatin derivatives, that have been determined from literature. Conformers that have been obtained from conformational analysis, were fully optimized and subjected to a frequency analysis at B3LYP/cc-PVTZ and ωB97XD/cc-PVTZ levels of theory. Fully optimized structures of lysine and isatin derivatives have been used for proposing Schiff base formation reaction mechanism at same levels of theory mentioned as above. Reaction coordinates at potential energy surface of lysine-isatin Schiff base formation mechanism have been computed by different optimization procedures. In conclusion, at physiological conditions and for neutral reaction conditions, a stepwise reaction mechanism isa proposed based on lysine and imine bond formation reaction in biological models.
Benzer Tezler
- Kontrollü salım için biyouyumlu çitosan türevlerinin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of biocompatible chitosan derivatives for controlled release
BURCU YEĞİNER
Doktora
Türkçe
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OYA ATICI
DOÇ. DR. CÜNEYT HÜSEYİN ÜNLÜ
- Taç eter içeren yeni bir schiff bazı, Cu (II) ve Co (II) komplekslerinin sentezi karakterizasyonu
Synthesis and characterization of a new schiff base containing crown ether, Cu(II) and Co(II) complexes
SEZGİN AYDIN
- Serbest amino grubu içeren sitiril temelli bileşiklerin ve Schiff bazlarının sentezi, fotofiziksel, nlo ve termal özelliklerinin incelenmesi
The synthesis of free amino group containing styryl based organic compounds and their Schiff bases derivatives as well as the investigation of their nlo, photophysiscal and thermal properties
ANKA UTAMA PUTRA
- 1,10-fenantrolin içeren çok dişli ligandların sentezi, metal komplekslerinin incelenmesi
The synthesis of multidentate ligands included 1,10-phenanthroline, investigation of metal complexes
GÜLNUR KESER KARAOĞLAN
- Salisilaldehit türevi bazı Schiff bazlarının miselli sıvı kristallere etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of some Schiff bases derivative of salicylaldehyde on micellar liquid crystals
DİĞDEM TATLIDİL