Functional analysis of Invertebrate iridescent virus 6 (IIV-6) 118l open reading frame (ORF)
Invertebrate iridescent virus 6 (IIV-6) 118l açik okuma zi̇nci̇ri̇ (ORF)'ni̇n fonksi̇yonel anali̇zi̇
- Tez No: 642259
- Danışmanlar: PROF. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Invertebrate iridescent virus 6 (IIV-6), Iridoviridae familyasına ait bir böcek virüsüdür. IIV-6, tarımda önemli zararlara neden olan çeşitli otçul böceklerde enfeksiyon oluşturduğu için ekonomik ve ekolojik öneme sahiptir. IIV-6'ya ait yapısal proteinlerden biri 118L ORF'si tarafından kodlanmaktadır. Biyoinformatik analizler 118L proteininin yapısında transmembran ve miristilasyon bölgelerinin bulunduğunu göstermektedir. 118L bütün iridovirüs ve askovirüslerde homoloğu bulunan bir gendir. Homologları ile yapılan çalışmalar bu proteinin konak hücre membran proteinine çok güçlü şekilde bağlandığını, virüsün hücreye girişinde önemli rol oynadığını, in vitro virüs replikasyonu ve virüs inşası için gerekli olduğunu göstermiştir. Bu bilgiler ışığında IIV-6 118L proteininin virüsün hücreye giriş-füzyon kompleksinin bir üyesi olabileceği ve hücre membran proteinine tutunarak virüs replikasyonunun başlamasında önemli rolünün olabileceği düşünülmüştür. Dolayısıyla bu çalışmada 118L ORF'sinin fonksiyonunun aydınlatılması amaçlanmıştır. Bunun için 118L ORF'sinin viral genomdan silinmesi ve susturulması çalışmaları yapıldı. 118L'nin viral genomdan silinmesi homolog rekombinasyon ile, susturulması ise RNA interferans (RNAi) yöntemi ile gerçekleştirildi. Homolog rekombinasyon yöntemiyle 118L geni IIV-6 genomundan silinerek yerine yeşil floresan protein (green florescent protein/gfp) geni yerleştirildi. Ancak rekombinant IIV-6 (rIIV6Δ118-GFP) yaban tip virüsten arındırılamadı. Bu sonuç bize 118L eksikliğinde virüsün çoğalamadığını gösterdi. Çalışmada ikinci olarak, 118L ORF'sinin RNA interferans tekniği ile susturulması işlemi gerçekleştirildi. dsRNA transfeksiyonu sonucunda 118L geninin susturulmasına bağlı olarak yeni virüs üretiminin azaldığı belirlendi. dsRNA transfer edilmiş hücrelerde çoğalan virüs konsantrasyonunun, dsRNA uygulanmamış hücrelerdekine göre çok daha az olduğu EPDA deneyi ile belirlendi. Sonuç olarak bu çalışmada IIV-6 118L proteininin, virüs çoğalması için önemli bir role sahip olduğu gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Invertebrate iridescent virus 6 (IIV-6) is an insect virus belonging to the Iridoviridae family. IIV-6 has economic and ecological importance as it causes infection in various herbivorous insects that cause significant harm in agriculture. One of the structural proteins of IIV-6 is encoded by 118L ORF. Bioinformatic analysis shows that the structure of 118L protein contains transmembrane and myristoylation sites. 118L is a gene with homologous in all iridovirus and ascoviruses. Studies with its homologues have shown that this protein binds very strongly to the host cell membrane protein and virus takes a significant role in the cell entry, is necessary for in vitro virus replication and virus assembly. In the light of these information, it is thought that the IIV-6 118L protein may be a member of the cell entry-fusion complex and may have an important role in initiating virus replication by attaching to the cell membrane protein. Therefore, in this study, it is aimed to identify the function of 118L ORF. For this aim, studies were made to delete and silence the 118L ORF from the viral genome. Deletion of 118L from the viral genome was performed by homologous recombination, and silencing was performed by the RNA interference (RNAi) method. The 118L gene was deleted from the IIV-6 genome and replaced with the green fluorescent protein (gfp) gene, with the homologous recombination method. However, recombinant IIV-6 (rIIV6Δ118-GFP) could not be purified from wild-type virus. This result showed us that the virus could not reproduce in the absence of 118L. Secondly, silencing of 118L ORF was performed with RNA interference technique. As a result of dsRNA transfection, it was determined that progeny virus production decreased due to silencing of 118L gene. It was determined by the EPDA experiment that the concentration of virus proliferated in dsRNA transferred cells was much lower than in non-dsRNA treated cells. As a result, in this study, IIV-6 118L protein has been shown to play an important role for virus proliferation.
Benzer Tezler
- Functional analysis of an iridovirus kinase gene orf 389l
Iridovirus kinaz geni olan orf 389L'nin fonksiyonel analizi
ÖMER FARUK TAŞTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoteknolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İKBAL AGAH İNCE
DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU ÖZGEN
- Modeling rhythm generation in swim central pattern generator ofMelibe Leonina
Başlık çevirisi yok
DENİZ ALAÇAM
Doktora
İngilizce
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolGeorgia State UniversityDr. ANDREY SHILNIKOV
- Kerevitte (astacus leptodactylus) varsayılan voltaj kapılı sodyum kanalı α alt birimi geninin klonlanması ve kanal proteininin moleküler özelliklerinin belirlenmesi
Cloning putative voltage gated sodium channel alpha subunit gene in the crayfish (astacus leptodactylus) and molecular characterization of the channel protein
ÇAĞIL COŞKUN
- İnsan ADAMTS-1 geninin transkripsiyonel regülasyonu
The functional analysis of human ADAMTS-1 gene
SÜMEYYE AYDOĞAN TÜRKOĞLU
- Identification of novel proteins that interact with BRI3, a putative transcriptional target of the Wnt/ß-catenin signaling pathway
Wnt/ß-katenın sinyal yolağının varsayılan transkripsiyonel hedef genlerinden biri olan BRI3 ile iletişim kuran yeni proteinlerin tanımlanması
İZZET AKİVA
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. NECLA BRİGÜL İYİSON
