Functional analysis of an iridovirus kinase gene orf 389l
Iridovirus kinaz geni olan orf 389L'nin fonksiyonel analizi
- Tez No: 595521
- Danışmanlar: PROF. DR. İKBAL AGAH İNCE, DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU ÖZGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Programlanmış hücre ölümü (apoptoz), virus enfeksiyonuna karşı hücrelerin savunma mekanizmasıdır. Invertebrate Iridescent Virus 6 (IIV-6), Iridoviridae familyasının bir üyesi olan Iridovirüs cinsinin türüdür ve virionları tek bir lineer dsDNA molekülü içerir. Chitnis ve arkdaşları tarafından 2011 yılında serin-treonin protein kinaz geni olan 389L'yi kodlayan proteinin böcek hücrelerinde apoptozu indüklediği rapor edilmiştir. Fakat 389L geninin apoptotik rolü genomik seviyede belirlenmemiştir. Bu tez çalışmasında 389L geninin apoptotik etkileşiminin genomik düzeyde değişimini belirlemek üzere iki tip rekombinant IIV-6 geliştirilmistir. Çalışmamızda 389L (iridoptin) ORF'si hem genomdan silindi ve hem de güçlü bir IIV-6 promotörü (IIV- 6'in major kapsid protein gen promotörü) kullanarak 389L genini aşırı ifade eden IIV- 6, homolog rekombinasyon yöntemi ile üretildi. İnfeksiyoz ünitenin belirlenmesi ile Zeiss AX10 mikroskobu (Carl Zeiss, ABD) altında eGFP sinyalleri gözlemlenerek rekombinant virus, yabani tip (w/t) virüsten saflaştırıldı. Yedi plak testi saflaştırma deneyinden sonra, PZR yöntemi ile doğrulanan iki tip saf rekombinant virüs üretildi. Ayrıca, virüs büyüme eğrisinin oluşturulma çalışması, 389L nakavt IIV-6, yabani tip IIV6 ile karşılaştırıldığında, IIV6'i aşırı ifade eden ORF 389L'nin 48 saat sonra açıkça daha yüksek viral titreye sahip olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, bir model dsDNA (çift zincirli) virusü ile çalışmak, büyük DNA çiçek virusü gibi ciddi virusler için anti- viral bir ilaç olarak kullanılabilecek bu temel mekanizmaların anlaşılması için çok önemlidir.
Özet (Çeviri)
Programmed cell death (apoptosis) is a key host response to virus infection. Invertebrate Iridescent Virus 6 (IIV-6) is the type species of the genus Iridovirus, a member of the Iridoviridae family, and the virions contain a single linear dsDNA molecule. It was previously reported that IIV-6 gene ORF 389L encoding protein, which is serine-threonine protein kinase, can induce apoptosis in insect cells. They showed that protein of 389L gene induced apoptosis in the different insect cell line. However, the apoptotic role of 389L gene was not assigned in the genomic level. We have generated two types of recombinant IIV-6 to evaluate whether the apoptotic interaction of 389L gene has changed at the genomic level. In our study, ORF 389L (iridoptin) knocked-out and ORF 389L over-expressing IIV-6 using a strong IIV-6 promotor (major capsid protein gene promotor of IIV-6) were generated via the homologous recombination method. The plaque assay method was used to purify the recombinant virus from the wild-type (w/t) virus via visualizing eGFP signal under a Zeiss AX10 microscope (Carl Zeiss, USA). After the seven plaque assay purification experiments, two types of recombinant viruses were generated, which was confirmed through the PCR method with observing recombinant DNA regions with suitable primers. Furthermore, one-growth assay studies showed that, in comparison to ORF 389L knocked-out and wild type IIV-6, ORF 389L over-expressed IIV-6, has a noticeably higher viral titer after 48 hours. Therefore, it can be suggested that 389L gene both affects the replication of IIV-6 as well as triggers the release of higher viral progeny cell to cell. Consequently, working with a model dsDNA virus is crucial to the understanding of these fundamental mechanisms which can be used as an anti-viral drug for serious viruses such as the large DNA smallpox virus
Benzer Tezler
- Chilo iridescent virüs 458R açık okuma zincirinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of chilo iridescent virus 458R open reading frame
ÇAĞLA AKSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
- Functional analysis of Invertebrate iridescent virus 6 (IIV-6) 118l open reading frame (ORF)
Invertebrate iridescent virus 6 (IIV-6) 118l açik okuma zi̇nci̇ri̇ (ORF)'ni̇n fonksi̇yonel anali̇zi̇
BETÜL ALTUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
MikrobiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Rekombinant böcek iridovirüsünün oluşturulması ve karakterizasyonu
Construction and characterization of a recombinant insect iridovirus
ARZU ÖZGEN
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Functional analysis of a splice site mutation in GABRG2 gene and its effect on gabaa receptor
GABRG2 geninde bulunan bir kırpılma bölge mutasyonunun fonksiyonel analizi ve gabaa reseptörüne etkisi
ÖYKÜM KAPLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Chilo iridescent virüs muhtemel apoptosis inhibitör genlerinin araştırılması ve fonksiyonel analizi
Functional analysis of a putative inhibitor genes of apoptosis (IAP) encoded by Chilo iridescent virus
İKBAL AGAH İNCE
Doktora
Türkçe
2007
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ