Geri Dön

MKH, MUSE ve iPS (epizomal geri programlanmış) hücrelerinin genotoksik stres direncinin shotgun proteomik metotlarla incelenmesi

Investigation of MKH, MUSE and iPS (episomal reprogrammed) cells' genotoxic stress resistance by shotgun proteomic methods

PDF İndir

  1. Tez No: 642828
  2. Yazar: MUSTAFA BURAK ACAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SERVET ÖZCAN, PROF. DR. YUSUF ÖZKUL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: MKH, MUSE Hücre, iPSC, Proteom, Genotoksik Stres, Senesens, Apoptoz, MSC, MUSE, iPSC, Proteom, Genotoxic Stress, Senescence, Apoptosis
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 209

Özet

MKH, MUSE ve iPS (EPİZOMAL GERİ PROGRAMLANMIŞ) HÜCRELERİNİN GENOTOKSİK STRES DİRENCİNİN SHOTGUN PROTEOMİK METOTLARLA İNCELENMESİ Mustafa Burak ACAR Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Doktora Tezi, Ağustos 2020 Danışman: Prof. Dr. Servet ÖZCAN, İkinci Danışman: Prof. Dr. Yusuf ÖZKUL ÖZET Mezenkimal Kök Hücre popülasyonu içinde MUSE olarak isimlendirilen, strese dirençli ve pluripotent karakterli bir hücre grubu mevcuttur. MUSE hücrelerin direnç ve farklılaşma kapasiteleri bu hücrelerin rejeneratif tıp uygulamaları için iyi bir aday olmalarını sağlamaktadır. Pluripotent karakterli bir diğer hücre grubu da iPSC'lerdir. Geniş bir farklılaşma potansiyelleri olmalarına rağmen, teratom oluşturma özellikleri yüzünden hücresel tedavilerde tercih edilen hücreler değillerdir. Bu tez çalışmasında, MKH, non-MUSE, MUSE ve iPSC'lerin genotoksik stres karşısında davranışları incelenmiştir. Bu amaçla hücrelerin senesens, apoptoz, canlılık ve mitokondri potansiyeli parametreleri test edilmiş ve proteom analizleri LC-MS/MS ile yapılmıştır. Tanımlanan proteinler biyoinformatik araçlar ve veritabanları ile incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, fenotipik testler ile birlikte değerlendirilmiştir. Tez çalışmasından elde edilen bulgulara göre, MKH'ler stres karşısında senesense girerken, tamir mekanizmalarının çalıştığı ancak yeterli olmadığı gözlemlenmiştir. non-MUSE hücreler stres karşısında oldukça dirençsizlerdir. Bu hücreler stresten hemen sonra apoptoza girmiş ve katabolik sürece başlamışlardır. MUSE hücreler ise stres karşısında etkili tamir mekanizmaları ile direnç göstermiş ve bulundukları popülasyonun rejenerasyonunu sağlayabilecek molekülleri ifade etmişlerdir. Çalışmada kullanılan iPSC'ler ise stres karşısında hasar tamir mekanizmalarını çalıştırırken, bu hücreleri geri-programlarken kullanılan moleküllerin oluşturduğu, kontrol noktası yetersizliği, hücrelerin hasar tamirinde başarılı olmasını engellediği gözlemlenmiştir. Sonuç olarak hücresel tedavide kullanılan MKH'lerin MUSE hücrelere zenginleştirilmesinin ya da MUSE hücrelerin bu uygulamalarda kullanılmasının tedavilerin başarısı açısından olumlu olacağı fikri oluşmuştur.

Özet (Çeviri)

INVESTIGATION of MKH, MUSE and iPS (EPISOMAL REPROGRAMMED) CELLS' GENOTOXIC STRESS RESISTANCE BY SHOTGUN PROTEOMIC METHODS Mustafa Burak ACAR Erciyes University, Graduate School of Natural and Applied Sciences Doctoral Thesis, August 2020 Advisor: Dr. Servet ÖZCAN, Second Advisor: Dr. Yusuf ÖZKUL ABSTRACT The heterogenous population of Mesenchymal Stem Cells (MSCs) holds a group of pluripotent and stress resistant cells which is called MUSE. The stress resistance and differentiation capacity make MUSE cells a suitable candidate for regenerative medicine applications. iPSCs, pluripotent cells with a wide range of differentiation potential, are not preferred in cellular therapies because of their teratoma-forming propensity. In this thesis, the response of MSCs, MUSE, non-MUSE and iPSCs to genotoxic stress were investigated. The stress response phenotype of those cells was evaluated using senescence, apoptosis, viability and mitochondrial membrane potential assays. In addition, we profiled the genotoxic stress-induced changes in the proteome of those cells using shotgun proteomics approach. The identified proteins were examined using variety of bioinformatics tools and databases and obtained proteomics data were evaluated together with the results of phenotypic assays. MSCs entered senescence upon genotoxic stress, which suggest that those cells may not be able repair DNA effectively despite the activation of DNA repair mechanisms. Non-MUSE subpopulation of MSC entered apoptosis immediately after stress and activated the catabolic processes. MUSE cells resisted to stress with effective DNA repair mechanisms and expressed proteins that are essential for regeneration of the population in which they are located. While the iPSCs were activated damage repair mechanisms against stress, and enriched in ontologies and pathways that are related to cell division. This could be due to the over-expression of transcripton factors used in reprogramming of cells which might cause deficiency in check points. As a summary, enrichment of MUSE cells in MSC population or use of MUSE cells in clinical application would be beneficial for the success of the treatments.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    617595

    Ursodeoksikolik asidin sirolimusa maruz kalmış yağ doku kaynaklı mezenkimal kök hücre hattı üzerine etkilerinin incelenmesi

    Investigation of ursodeoxycholic acid effects on sirolimus treated and adipose derived mesencyhmal stem cell line

    ESRA ARISU NAGHAVİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YİĞİT UYANIKGİL

  2. Tez No

    646301

    TGF-B1 gen terapisi yapılmış insan adipoz kaynaklı mezenkimal kök hücrelerden elde edilen koşullu besiyerinin meme kanser hücrelerinde cd44 inhibitör ve tümör baskılayıcı etkisinin araştırılması: In vitro çalışma

    Investigation of CD44 inhibitory and tumor suppressive effect in breast cancer cells of conditioned medium obtained from TGF-B1 transfected human adipose-derived mesenchymal stem cells: In vitro study

    HASAN SALKIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Histoloji ve EmbriyolojiErciyes Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BİRKAN YAKAN

    PROF. DR. SAİM ÖZDAMAR

  3. Tez No

    792773

    Biyomalzeme ve kök hücrelerden 3 boyutlu doku iskelelerinin oluşturulmasında mikroakışkan ve biyotekstil teknikleri kullanılarak mikromimari ve hücresel aktivite kontrolünün sağlanması

    Control of microarchitecture and cellular activity by using microfluidics and biotextile techniques for development of 3D tissue scaffolds from biomaterials and stem cells

    CEREN ÖZEL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Disiplinlerarası Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HÜSEYİN AVCI

  4. Tez No

    141560

    Tüberkülozun tanısında polimeraz zincir reaksiyon yönteminin değeri ve N-acetyl-L-cystein'nin bu yöntemin duyarlılığı üzerine etkisi

    Başlık çevirisi yok

    MEHMET SAİT TEKEREKOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Mikrobiyolojiİnönü Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. RIZA DURMAZ

  5. Tez No

    144075

    Ankara Mamak örneğinde yoksulluk araştırması

    A Research survey on Ankara Mamak district

    BARÇIN KURUCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    SosyolojiHacettepe Üniversitesi

    Sosyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SERDAR SAĞLAM

Geri Dön