Investigation of rare disease-causing variants using a prioritization strategy
Önceliklendirme stratejisi kullanarak nadir hastalığa neden olan varyantların araştırılması
- Tez No: 646541
- Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Moleküler Tıp, Biostatistics, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Sağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Nadir hastalıklar, bir popülasyonda bireysel olarak nadir olmalarına rağmen, dünya genelinde yaklaşık 400 milyon insanı etkileyen bir hastalık grubudur. Düşük prevalans, fenotip ile genotip ilişkisi arasındaki heterojenite ve bunlar hakkındaki eksik bilgi, kesin tanıyı zorlaştırmaktadır. Post-genomik dönemde, NGS temelli yaklaşımlar teşhis için kesin bir yol haline gelmiştir. WES, insan genlerinin protein kodlayan bölgelerinin zenginleştirilmesine dayanan bu yaklaşımlardan biridir. WES çok miktarda genomik varyasyon verisi oluşturulmasını sağlar. Bu varyasyonların potansiyel etkilerini ve bunların 6.000'den fazla benzersiz fenotip ile ilişkisinin belirlenmesi, nadir hastalıkların ana zorluktur. Yüzlerce varyasyon arasındaki nedensel mutasyonları keşfetmek için çeşitli biyoinformatik araçlar geliştirilmiştir. Bununla birlikte, bu araçlar genellikle tüm keşfin belirli bir yönüne odaklanır ve altın standardı sunmaz. Bu tez projesi, nadir Mendel hastalıklarının altında yatan varyantların önceliklendirilmesi için bir veri analizi yöntemi ve varyant filtrasyon stratejisini içeren kapsamlı bir WES iş akışı oluşturulmasını amaçlamıştır. İş akışının klinik etkisi, önceden çözülmemiş üç WES vakası üzerinde test edilmiştir. İki proband tabanlı ve bir trio tabanlı vaka, iş akışının teşhis için her iki yaklaşıma da başarıyla uygulanabileceğini göstermiştir. İş akışı, sırasıyla GLUT1DS1 ve Acrodysostosis-1 teşhisi konulan proband bazlı vakalarda SLC2A1 ve PRKAR1A'daki yeni varyantları ortaya çıkardı. HADDS tanısı konulan trio vakada, EBF3'te hastalığa neden olan varyant tespit edildi. Sonuç olarak, iş akışı, nadir hastalıkları olan hastaların tanısal yolculuklarını hızlandırma ve literatüre katkıda bulunma potansiyeline sahiptir.
Özet (Çeviri)
Rare diseases are a group of diseases that affect approximately 400 million people globally, although they are individually rare in a population. The low prevalence, heterogeneity between phenotype and genotype relationship, and incomplete knowledge about them make the precise diagnosis difficult. In the post-genomic era, NGS-based approaches have become an accurate way for diagnosis. WES is one of these approaches based on the enrichment of protein-coding regions of human genes. WES enables the generation of a vast amount of genomic variation data. Identifying the potential effects of these variations and their association with over 6,000 unique phenotypes is the main challenge in RDs. Several bioinformatics tools are developed to discover the causative mutations among hundreds of variations. However, these tools generally center upon a particular aspect of the entire discovery and offer no gold standard. This thesis aimed to build a comprehensive WES workflow, including a data analysis pipeline and variant filtration strategy, for the prioritization of variants underlying RDs. The clinical impact of the workflow was tested on three previously unsolved WES cases. Two proband-based and one trio-based cases demonstrated that the workflow could be successfully applied to both approaches for diagnostics. The workflow revealed the novel variants in the SLC2A1 and PRKAR1A in proband-based cases diagnosed with GLUT1DS1 and Acrodysostosis-1, respectively. In the trio case diagnosed with HADDS, the disease-causing variant in the EBF3 was detected. In conclusion, the workflow has the potential to accelerate the diagnostic odyssey of patients with RDs and to contribute to the literature.
Benzer Tezler
- Disease gene identification using linkage and exome analysis
Bağlantı ve ekzom analizi kullanarak hastalık geni keşfi
DERYA YAVUZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Investigation of novel genes and functional roles in MEFV negative FMF patients through next-generation sequencing
MEFV negatif ailesel Akdeniz ateşi hastalarında yeni nesil dizileme yöntemiyle özgün genlerin ve işlevlerinin araştırılması
MERVE ÖZKILINÇ ÖNEN
Doktora
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Investigation of motor neuron diseases by wes: genetic dissection of a Turkish ALS cohort
Tüm ekzom dizileme ile motor nöron hastalıklarının analizi: Türk ALS kohortunun genetik incelenmesi
FULYA AKÇİMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU
PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Türkiye'de ailesel multipl miyelom hastalarının tespiti ve ailesel yatkınlığa sebep olan genetik varyantların araştırılması
Detection of familial multiple myeloma cases and investigation of predisposing genetic variants in turkey
ERMAN AKKUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
HematolojiAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL BEKSAÇ
- Diamond-blackfan anemisi bulunan ve etiyolojisi çözülemeyen hastalarda nadir genetik sebeplerin araştırılması
Investigation of rare genetic causes in diamond-blackfan anemia patients with unknown etiology
AYŞE GÜREL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
GenetikHacettepe ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ARDA ÇETİNKAYA