Geri Dön

Investigation of rare disease-causing variants using a prioritization strategy

Önceliklendirme stratejisi kullanarak nadir hastalığa neden olan varyantların araştırılması

  1. Tez No: 646541
  2. Yazar: TUĞÇE BOZKURT
  3. Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Genetik, Moleküler Tıp, Biostatistics, Genetics, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Sağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 105

Özet

Nadir hastalıklar, bir popülasyonda bireysel olarak nadir olmalarına rağmen, dünya genelinde yaklaşık 400 milyon insanı etkileyen bir hastalık grubudur. Düşük prevalans, fenotip ile genotip ilişkisi arasındaki heterojenite ve bunlar hakkındaki eksik bilgi, kesin tanıyı zorlaştırmaktadır. Post-genomik dönemde, NGS temelli yaklaşımlar teşhis için kesin bir yol haline gelmiştir. WES, insan genlerinin protein kodlayan bölgelerinin zenginleştirilmesine dayanan bu yaklaşımlardan biridir. WES çok miktarda genomik varyasyon verisi oluşturulmasını sağlar. Bu varyasyonların potansiyel etkilerini ve bunların 6.000'den fazla benzersiz fenotip ile ilişkisinin belirlenmesi, nadir hastalıkların ana zorluktur. Yüzlerce varyasyon arasındaki nedensel mutasyonları keşfetmek için çeşitli biyoinformatik araçlar geliştirilmiştir. Bununla birlikte, bu araçlar genellikle tüm keşfin belirli bir yönüne odaklanır ve altın standardı sunmaz. Bu tez projesi, nadir Mendel hastalıklarının altında yatan varyantların önceliklendirilmesi için bir veri analizi yöntemi ve varyant filtrasyon stratejisini içeren kapsamlı bir WES iş akışı oluşturulmasını amaçlamıştır. İş akışının klinik etkisi, önceden çözülmemiş üç WES vakası üzerinde test edilmiştir. İki proband tabanlı ve bir trio tabanlı vaka, iş akışının teşhis için her iki yaklaşıma da başarıyla uygulanabileceğini göstermiştir. İş akışı, sırasıyla GLUT1DS1 ve Acrodysostosis-1 teşhisi konulan proband bazlı vakalarda SLC2A1 ve PRKAR1A'daki yeni varyantları ortaya çıkardı. HADDS tanısı konulan trio vakada, EBF3'te hastalığa neden olan varyant tespit edildi. Sonuç olarak, iş akışı, nadir hastalıkları olan hastaların tanısal yolculuklarını hızlandırma ve literatüre katkıda bulunma potansiyeline sahiptir.

Özet (Çeviri)

Rare diseases are a group of diseases that affect approximately 400 million people globally, although they are individually rare in a population. The low prevalence, heterogeneity between phenotype and genotype relationship, and incomplete knowledge about them make the precise diagnosis difficult. In the post-genomic era, NGS-based approaches have become an accurate way for diagnosis. WES is one of these approaches based on the enrichment of protein-coding regions of human genes. WES enables the generation of a vast amount of genomic variation data. Identifying the potential effects of these variations and their association with over 6,000 unique phenotypes is the main challenge in RDs. Several bioinformatics tools are developed to discover the causative mutations among hundreds of variations. However, these tools generally center upon a particular aspect of the entire discovery and offer no gold standard. This thesis aimed to build a comprehensive WES workflow, including a data analysis pipeline and variant filtration strategy, for the prioritization of variants underlying RDs. The clinical impact of the workflow was tested on three previously unsolved WES cases. Two proband-based and one trio-based cases demonstrated that the workflow could be successfully applied to both approaches for diagnostics. The workflow revealed the novel variants in the SLC2A1 and PRKAR1A in proband-based cases diagnosed with GLUT1DS1 and Acrodysostosis-1, respectively. In the trio case diagnosed with HADDS, the disease-causing variant in the EBF3 was detected. In conclusion, the workflow has the potential to accelerate the diagnostic odyssey of patients with RDs and to contribute to the literature.

Benzer Tezler

  1. Disease gene identification using linkage and exome analysis

    Bağlantı ve ekzom analizi kullanarak hastalık geni keşfi

    DERYA YAVUZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  2. Investigation of novel genes and functional roles in MEFV negative FMF patients through next-generation sequencing

    MEFV negatif ailesel Akdeniz ateşi hastalarında yeni nesil dizileme yöntemiyle özgün genlerin ve işlevlerinin araştırılması

    MERVE ÖZKILINÇ ÖNEN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  3. Investigation of motor neuron diseases by wes: genetic dissection of a Turkish ALS cohort

    Tüm ekzom dizileme ile motor nöron hastalıklarının analizi: Türk ALS kohortunun genetik incelenmesi

    FULYA AKÇİMEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU

    PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK

  4. Türkiye'de ailesel multipl miyelom hastalarının tespiti ve ailesel yatkınlığa sebep olan genetik varyantların araştırılması

    Detection of familial multiple myeloma cases and investigation of predisposing genetic variants in turkey

    ERMAN AKKUŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    HematolojiAnkara Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL BEKSAÇ

  5. Diamond-blackfan anemisi bulunan ve etiyolojisi çözülemeyen hastalarda nadir genetik sebeplerin araştırılması

    Investigation of rare genetic causes in diamond-blackfan anemia patients with unknown etiology

    AYŞE GÜREL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ARDA ÇETİNKAYA