Geri Dön

Detection of probiotic microorganisms using RT-PCR, and isolation, identification, probiotic properties of lactobacillus species from kefir

Kefirde probiotic mikroorganizmaların RT-PCR ile tespiti ve lactobacilus türlerinin izolasyonu tanısı, probiotic özellikleri

PDF İndir

  1. Tez No: 646683
  2. Yazar: MANAL SAMI EL SAYED HASSAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÜZİN CANDAN GÜLTEKİN, PROF. DR. AYŞE GÜL GÖZEN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Mikrobiyoloji, Biochemistry, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Kefir, Lactobacillus, real-time PCR, L.kefiri, L.kefiranofaciens, L.casei, L.paracasei, L.acidophilus, L.delbrueckii subsp.bulgaricus, L.fermentum, L.plantarum, L.amylovorus, Streptococcus thermophilus, L.gallinarum, L.zeae, L.helveticus, L. rhamnosus, L.intestinalis, Saccharomyces cerevisiae, biochemical tests, 16 S rRNA sequencing analysis
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 281

Özet

Kefir, probiyotik bakımından zengin bir süt ürünüdür. Bu çalışmada kefir probiyotiksuşlarının saptanması için SYBR green bazlı gerçek zamanlı PZR metodu kullanılmıştır. Bu analiz,L.acidophilus, L.delbrueckiisubsp. bulgaricus, L.kefiri, L.kefiranofaciens, L.fermentum, L.plantarum, L. amylovorus, L. casei, L.paracasei, Streptococcusthermophilus ve Saccharomycescerevisiaetürlerine özgütespite olanak sağlamıştır. Bu metot, Kırgızistan'daki bir süt ürününden ve Türkiye'deki beş farklı kefir kaynağından doğrudan izole edilen DNA'yı kullanarak gerçekleştirilmiştir. PZR testinden elde edilen amplifikasyon ve erime eğrisi sonuçları, tüm kefir örneklerindeL.kefiri, L.kefiranofaciens, L. casei ve L. paracasei'nindominant bakteri olurken; L. acidophilus, L. delbrueckiisubsp. bulgaricus, L.fermentum, L. plantarum, L. amylovorus, Streptococcusthermophilus ve Saccharomycescerevisiae'ın birkaç kefir örneğinde tespit edildiğini göstermektedir. Mikroskobik inceleme ve biyokimyasal testlere göre, 100 bakteriyel izolattan 30'unun Lactobacillus cinsine ait olduğu doğrulanmıştır. Kefir örneklerinden izole edilen Lactobacillus türlerinin potansiyel probiyotik özelliklere sahip olduğu da gösterilmiştir. Ayrıca, kefir örneklerinden elde edilen bu izolatların tanımlama çalışmaları yürütülmüştür. Bu izolatlar 16S rRNAsekanslama analizi ve hizalama ile tanımlanmıştır. BLAST sonuçları, 19 izolatınLactobacillusparacaseisubsp. toleranssuşu NBRC 15906 ile % 97'den fazla benzerlik gösterdiğini, 5 izolatınLactobacillusgallinarumsuşu ATCC 33199 ile%99'dan fazla benzerlik gösterdiğini, 2 izolatın (k5-14 ve k5-15)Lactobacilluszeaeile sırasıyla %99.21 ve %98.71 benzerlik gösterdiğini, ayrıca 2 izolatın (K4-6a ve K6-3a) Lactobacillushelveticussuşu NBRC 15019 ile% 99.22'den fazla benzerlik gösterdiğini ortaya koymuştur. Bununla birlikle,Lactobacillusrhamnosussuşu NBRC 3425 ile %99,45 benzerlik gösteren (K6-14) ve Lactobacillusintestinalis TH4 suşu ile %98,27 benzerlik gösteren K2-3 olmak üzere iki izolat daha tanımlanmıştır.Clustal omega programı ile karşılaştırmalı dizilim hizalama (sequence alignement), bazı izolatların tanısında yararlı olmuştur.

Özet (Çeviri)

Kefir is a dairy product rich in probiotics. In this study, aSYBR green-based real-time PCR (RT PCR) method was used for the detection of kefir probiotic strains. This assay allowed species-specific detection ofL. acidophilus, L. delbrueckii subsp.bulgaricus, L. kefiri, L. kefiranofaciens, L. fermentum, L. plantarum, L. amylovorus, L. casei, L. paracasei, Streptococcus thermophilusand Saccharomyces cerevisiae. This method was performedusing DNA isolated directlyfrom five different sources of kefir from Turkey and one milk product from Kyrgyzstan.Results of amplification and melting curve from real time PCR assay showed that L. kefiri, L. kefiranofaciens, L. casei, andL. paracaseiwere the dominant bacteria in all kefir sampleswhile L. acidophilus, L. delbrueckii subsp.bulgaricus, L. fermentum,L. plantarum, L. amylovorus, Streptococcus thermophilus, andSaccharomyces cerevisiaewere detected in a few kefir samples. Based on microscopic examination and biochemical tests, 30 of 100 bacterial isolates were confirmed to belong to the genus Lactobacillus. It was also indicated that isolated Lactobacillus species from kefir samples have potential probiotic properties. In addition, identification studies for the isolates from the kefir samples were also carried out. These isolates were identified by 16S rRNA sequencing BLAST analysis and alignment. BLAST results showed that 19 isolates had more than 97% similarity with Lactobacillus paracasei subsp. toleransstrain NBRC 15906, 5 isolates had more than 99% similarity with Lactobacillus gallinarum strain ATCC 33199, 2 isolates (k5-14 and k5-15)showed 99.21 and 98.71 % similarity of Lactobacillus zeae respectively,and 2 isolates (K4-6a and K6-3a) displayed more than 99.22 % similarity withLactobacillus helveticus strain NBRC 15019.In addition, 2 more isolates were also identified, K6-14 which was identical toLactobacillus rhamnosus strain NBRC 3425with 99.45% similarityandK2-3whichshowed98.27 %similarity toLactobacillus intestinalis strain TH4.Sequence alignment using the Clustal omega program was useful for identifıcation of some isolates.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    829674

    Süte uygulanan ön işlemler ve peynir üretiminde probiyotik mikroorganizmalar ile Clostridium difficile'nin önlenmesi

    Clostridium difficile prevention by applying pretreatments to milk and using probiotics in cheese production

    GİZEM TAYLAN YALÇIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Gıda MühendisliğiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NÜKHET NİLÜFER ZORBA

  2. Tez No

    881398

    Farklı koşullarda olgunlaştırılmış mozzarella peynirlerinde, postbiyotik metabolitlerin oluşumu üzerine tiger nut (Cyperus esculentus L. var. sativus Boeck). ve probiyotik bakteri ilavesinin etkileri

    The effects of addition of tiger nut (Cyperus esculentus L. var. sativus Boeck) and probiotic bacteria on the formation of postbiotic metabolites in mozzarella cheeses maturedunder different conditions

    GAMZE YILDIRIM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Gıda MühendisliğiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖKHAN AKARCA

  3. Tez No

    765298

    Molecular cloning and characterization of bile salt hydrolase from Lactobacillus fermentum

    Lactobacıllus fermentum'dan safra tuzu hidrolazının moleküler klonlanması ve karakterizasyonu

    HALKAWT ALI OTHMAN OTHMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiBolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

  4. Tez No

    449136

    Real-time PCR as a molecular tool for the enumeration of probiotics in commercial products

    Ticari ürünlerdeki probiyotiklerin sayımı için moleküler bir araç olarak gerçek zamanlı PCR

    ÖDÜL ÖZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE HANDAN BAYSAL

    DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU

  5. Tez No

    848099

    Sirke üretiminde etkili olan mikroorganizmaların izolasyonu ve doğal probiyotik sirke üretiminde kullanılabilirliklerinin incelenmesi

    Isolation of microorganisms effective in vinegar production and investigation of the microorganisms' usability in natural probiotic vinegar production

    HAFSA KADİROĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Gıda MühendisliğiAtatürk Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BÜLENT ÇETİN

Geri Dön