Development of high throughput methods for high capacity expression and purification of novel antimicrobial peptides to be used in medicine
İlaç olarak kullanılmak üzere tasarlanan antimikrobiyal peptitlerin yüksek kapasitede ekspresyonları ve saflaştırılmaları için yöntemlerin geliştirilmesi
- Tez No: 647346
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGE CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biochemistry, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıp Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 133
Özet
Antimikrobiyal peptitler (AMP'ler) biyoteknolojik ilaç endüstrisinde aday moleküller olarak güçlü bir ilgiye sahiptir. Büyük ölçekli üretimleri için sadece kimyasal sentez teknikleri dikkate alındığında önemli zorluklar ile karşılaşılabilir. AMP'lerin biyolojik olarak üretimlerinde, ekspresyonları ve saflaştırılmaları sırasındaki zorlukların üstesinden gelebilmek için füzyon partneri denilen proteinler ile beraber eksprese olacakları metotlar geliştirilmektedir. Bu çalışmada, TN1 ve TN3 AMP'lerinin üretimleri için farklı füzyon partnerleri kullanılarak gen yapıları tasarlanmış ve bu partnerlerin ekspresyon sonrası uzaklaştırılabilmesi için farklı kesim yöntemlerinin uygulanmasını sağlayacak olan özel bölgeler bu tasarımların içinde yer alarak ligasyondan bağımsız klonlama tekniği için seçilen vektörler içerisine yerleştirilmiştir. Bakteriyel sistemler kullanılarak proteinler eksprese edilmiş ve ekspresyon koşulları çözünebilir / çözünemeyen protein sistemlerinin eldesine göre incelenmiştir. İnklüzyon cisimcikleri içerisinden proteinlerin ekstraksiyonu ve saflaştırılması için farklı teknikler denenmiştir. Çözünebilir fraksiyondaki His-tag'li proteinler saflaştırılmış ve füzyon partnerlerinin uzaklaştırılması için formic asit ve TEV proteazı ile kesim için farklı koşullar denenmiştir. Kesilen protein parçaları, boyut ve aktivitelerine göre incelenmiştir. TN1 ve TN3 peptitlerini proteazlara karşı dirençli hale getirmek ve daha etkin olmalarını sağlayabilmek için biyouyumlu polimerler ile konjugatlarının eldesi için farklı stratejiler geliştrilmiştir. N ve C uçlarından sistein amino asiti ile modifiye edilmiş olan peptitler katı faz peptit sentezleyici ile sentezlenmiş ardından ters faz yüksek basınçlı sıvı kromatografi (RP-HPLC) sistemleri ile karakterize edilmiştir. Peptitler, PEG polimer zincirleri ve tek veya çift peptit bağlanmasına imkan tanıyan farklı ara bağlayıcılar ile konjuge edilmiştir. Elde edilen konujagatlar, RP-HPLC ile analiz edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Antimicrobial peptides (AMPs) have a powerful attention as candidate molecules for biotechnological drug industry. Large scale production of them can be a significant challenge if only the chemical synthesis techniques are considered. Bioproduction approaches can be developed by using different fusion partners, co-expressed with peptides, to overcome challenges during expression and purification of the AMPs. In this study, for the production of TN1 and TN3 AMPs, different gene constructs were designed by using different fusion partners and strategies for the removal of them and introduced to the selected vectors by using ligation independent cloning (LIC) approach. Bacterial systems were used to express proteins and protein expression conditions were investigated to obtain soluble / insoluble systems. Protein extraction and purification from inclusion bodies were investigated by using several approaches. Soluble His-tagged proteins were purified and removal of the fusion partners were studied in different conditions by using formic acid and TEV protease. Cleaved products were examined according to their size and their activities. Furthermore, strategies have been developed to improve TN1 and TN3 by conjugating with biocompatible polymer chains to make them more stable to proteases and effective. Cystine modified peptides from their both N and C terminus were synthesized by solid phase peptide synthesizer and characterized with reverse-phase (RP) HPLC. By using orthogonal functionalization, peptides were conjugated to PEG polymer chains and to different linker molecules to obtain single or multivalent peptide-PEG structures. Resulting conjugates were analyzed by RP-HPLC.
Benzer Tezler
- Çok katlı çelik yapılarında döşeme türü kararı etkenleri
Başlık çevirisi yok
ZİYA YAMAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLGE IŞIK
- Mesleki gelişim yöntemi olarak uygulanan mesleki öğrenme topluluklarının öğretmen görüşlerine göre değerlendirilmesi
Evaluating professional learning communities implemented as a method for professional development according to teachers' views
GAMZE ÖZER
Doktora
Türkçe
2024
Eğitim ve ÖğretimGazi ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SABRİ ÇELİK
- Research of phytochemical AMPK activators against obesity and development of dietary supplements
Obeziteye karşı fitokimyasal AMPK aktivatörlerinin araştırılması ve gıda takviyesi geliştirilmesi
YEŞİM KÜMBET
Doktora
İngilizce
2016
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURSEN ÇORUH
PROF. DR. ORHAN ADALI
- Emotion recognition in children: Single and multimodal approaches with facial and physiological data
Çocuklarda duygu tanima: Yüz ve fizyolojik verilerle tekli ve çoklu modalite yaklaşimlari
ŞEYMA TAKIR
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE KÖSE
- Binalarda enerji tüketiminin ısıl modellenmesi için meteorolojik verilerin çıkarılması
Calculation of meteorological data for thermal modeling of energy consumption on buildings
SELİN DURMUŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL CEM PARMAKSIZOĞLU