Identification of genes conferring resistance to chemotherapeutic drugs
Kemoterapötik ilaçlara karşı direnç kazandıran genlerin belirlenmesi
- Tez No: 647352
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE DENİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Moleküler Tıp, Biotechnology, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: İlaç direnci, Doksorubisin, CRISPR/Cas9, Genom Düzenleme, Direnç Modelleme
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 162
Özet
Kanser, dünya çapında en ölümcül hastalıklardan biridir. Kemoterapi, kanser tedavisi için yaygın olarak tercih edilir. Bununla birlikte, bazı durumlarda, kullanılan sitotoksik ilaca direnç gelişebilir. İlaç direncinin kanser tedavisinin başarısını önemli ölçüde azalttığı bilinmektedir. Her ne kadar spesifik hedefleri olan ilaçlar, ilaç direncini önlemek için tasarlanmış olsa da, ilaç direnci kanser tedavisinde hala önemli bir engeldir. Bu nedenle, doğru ilaç ve terapi kombinasyonları ile hastanın hayatta kalma oranını arttırmak için dirence bağlı genlerin ve proteinlerin belirlenmesi önemini korumaktadır. Genom çapında CRISPR / Cas9 genom düzenleme ile tarama sistemi, dirençle ilgili yeni genleri belirlemek için en yaygın ve güncel yöntemlerden biridir. Doksorubisine karşı gelişen dirençte rol oynayan genler, laboratuvarımızda yapılan önceki genom çağında tarama çalışmalarında listelenmiştir. Bu tezin amacı, genotoksik bir ilaç olan doksorubisine karşı dirençte, genlerin rolünü araştırmaktır. Bunun için, bazı kayda değer genler, üretilen gen listelerinden seçildi. Daha sonra, ilgili genlerin rehber RNA ve CRISPR / Cas9 bileşenlerini taşıyan plazmidler ve lentiviral parçacıklar üretildi ve doğrulandı. MDA-MB-231 hücreleri, üretilen lentiviral partiküller ile enfekte edildi. Genetik modifikasyon oranı T7E1 yöntemi ile belirlendi. Son olarak, silinen genlerin direnç üzerindeki etkisini anlamak için deneyler yapıldı. Hücreler doksorubisin ile muamele edildikten sonra IC50 değerleri MTT ile hesaplandı. Genlerin direnç mekanizmalarındaki biyolojik rollerini ortaya çıkarmak için uzun süreli koloni oluşumu, proliferasyon hızı, hücre döngüsü dağılımı, tutunmadan bağımsız büyüme, 3B sferoid özellikleri ve RNA-seq yöntemi ile transkriptom analizi yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
Cancer is one of the most fatal diseases worldwide. Chemotherapy is widely preferred for cancer treatment. However, in some cases, resistance to the selected cytotoxic drug may develop. Drug resistance is known to significantly reduce the success of cancer treatment. Although drugs with specific targets have been designed to prevent drug resistance, it is still a major obstacle in cancer treatment. So, it is still an important objective to determine resistance related genes and proteins to enable an increase in patient survival rates via choosing better and correct drug and therapy combinations. Genome wide CRISPR/Cas9 genome editing screening system is one of most common and current method for identifying novel resistance conferring genes. Genes that played roles in the resistance to doxorubicin were listed in previous genome wide screening studies that performed in our laboratory. The aim of this thesis is to investigate the role of genes in resistance against doxorubicin, a genotoxic drug. For this, some significant genes were selected from the produced gene lists. Then, plasmids and lentiviral particles which carry the single guide RNA and CRISPR / Cas9 components against interested genes were produced and confirmed. MDA-MB-231 cells were infected with the produced lentiviral particles. Genetic modification rate was determined by T7E1 method. Finally, experiments were conducted to understand the effects of deleted genes on drug resistance. After the cells were treated with doxorubicin, IC50 values were calculated by MTT. Long-term colony formation, proliferation rate, cell cycle distribution, anchorage independent growing, 3D spheroid characteristics and RNA-seq facilitated transcriptome analysis were performed to reveal the biological roles of selected genes in drug resistance mechanisms. KEYWORDS: Drug resistance, Doxorubicin, CRISPR/Cas9, Genome Editing, Resistance Modelling
Benzer Tezler
- Investigation of n-terminus mll complexes on the reversion of taxane resistance in castration-resistant prostate cancer
N-terminal mll komplekslerinin kastrasyona dirençli prostat kanserinde taksan direncini geri döndürmedeki rollerinin araştırılması
İPEK BULUT
Doktora
İngilizce
2024
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEYDA AÇILAN AYHAN
- Tavuklarda marek hastalığının snp genetik markerlerinden yararlanılarak araştırılması
Identification of genetic resistance to marek's disease in chicken using snp markers
HASAN MEYDAN
- Identification of efflux pump mutants and genetic variants conferring cross-resistance between bedaquiline and clofazimine in Mycobacterium tuberculosis clinical strains
Mycobacterium tuberculosis klinik suşlarında efluks pompa gen mutasyonlarının, bedaquiline ve clofazimin arasında çapraz direnç bulunan genetik varyantların tespit edilmesi
KHAOULA BALGOUTHI
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IŞIL VAR ÖNGEL
- Orta Karadeniz Bölgesi seralarındaki kök-ur nematodu (Meloidogyne spp.) populasyonları üzerinde araştırmalar
Researches on root-knot nematodes (Meloidogyne spp.) populations in greenhouses of the Middle Black Sea Region
GÖKHAN AYDINLI
Doktora
Türkçe
2014
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVİLHAN MENNAN
- The virulence genes algL and algD in Pseudomonas aeruginosa isolated form skin burn and wound specimens of Iraqi patients
Iraklı hastaların deri yanık ve yara örneklerinden izole edilen Pseudomonas aeruginosa'da algL ve algD virülans genleri
ABBAS HASAN GHLAIM AL-BAYATI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİN BOZKURT
DR. ÖĞR. ÜYESİ SHAİMAA YOUSİF ABDULFATTAH