Geri Dön

Transcriptomics-based investigation of drug resistance mechanisms in triple-negative breast cancer cell lines

Üçlü-negatif meme kanseri hücre hatlarının ilaç direnç mekanizmalarının transkriptomiks-bazlı incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 647667
  2. Yazar: RÜÇHAN EKREN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ PERİNUR BOZAYKUT EKER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyoteknoloji, Moleküler Tıp, Biostatistics, Biotechnology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 118

Özet

Meme kanseri, kadınlarda en fazla ölüme sebebiyet veren ikinci nedendir ve üçlü-negatif meme kanseri, meme kanseri tipleri arasında en agresif ve de çoğu ilaca karşı oldukça dirençli olan bir alt tipdir. Meme kanseri hastalarının yaklaşık olarak yüzde 15-20'si üçlü-negatif meme kanseri grubuna ait hücreler taşıyor olsa da, bu hastaların sağ kalımı; diğer meme kanseri alt tiplerini taşıyan hastalara kıyasla en az 3 kat daha az olmaktadır. Üçlü-negatif meme kanseri hücrelerinin ilaç direnç mekanizmalarını daha iyi anlayabilmek amacıyla, 17 TNBC hücre hattının 52 ilaca karşı farmakodinamik verisi ile bu hücre hatlarının bazal gen ifadeleri bir arada her bir ilaç için ayrı ayrı değerlendirildi. Bu aşamada diferansiyel gen ifadeleri belirlenmiş olan 52 ilaç için ortak hedeflenmiş metabolik yolaklar üzerinden analize devam edildi. İncelenmiş olan 52 kemoterapötik ilaç arasında hedeflenmiş metabolik yolaklar nezdinde ortak bir yolağı hedefleyen 15 ayrı grup gözlemlendi. Bu 15 hedeflenmiş yolaklar üzerinden ortak diferansiyel genler ve bu genlerin zenginleştirdiği; ilgili ilaçlara direnç gösterilmesinde etkili olduğu düşünülen istatistiki anlamlılıktaki yolaklar tespit edildi. Farklı farklı ilaçların yanıt grupları arasında yapılan yolak analizlerinde en yaygın karşılaşılan yolaklar; MAPK sinyal yolağı, ErbB sinyal yolağı ve PI3K/mTOR yolağı oldu. Tespit edilen diferansiyel ifade edilmiş genler farklı ilaç-yanıt gruplarının analizlerinde değişkenlik gösterse de ortak yolakları hedefleyen ilaçların analizinde, birbiri ile oldukça örtüşen nispette yolaklar seti önemli bulundu.

Özet (Çeviri)

Breast cancer is the second leading cause of death in women and Triple-Negative breast cancer (TNBC) is one of the most aggressive cancer subtypes of breast cancer and highly resistant to most drugs. Even though the prevalence of TNBC cases among the patients is around 15-20 percent of the whole breast cancer cases; the survival lifespan of the patients is at least 3 times lesser than other sub-type having breast cancer patients. To better understand the overall resistance mechanisms to a large pool of chemotherapeutic compounds, 52 different drugs' pharmacodynamics measurements on 17 TNBC cell lines were used, and then baseline gene expression profiles of these 17 TNBC cell lines were combined with pharmacodynamics data then assessed independently for each drug. Next, those 52 drugs investigated by their common targeted pathways and assessed together to unravel the most commonly affected DEGs and most commonly enriched pathways that take a significant role in the respective drugs' resistance mechanisms. Among 52 different chemotherapeutic compounds, it is observed that there are 15 common pathway target groups and among those target groups, many overlapping DEG trends that might have important effects on the regulatory network of the genes. The most prevalently found enriched pathways are MAPK signaling, ErbB signaling, and PI3K/mTOR signaling which are all greatly involved in tumorigenesis. The determined DEGs are highly differing for each of the drug response comparisons but the enriched pathways are substantially consistent for especially the common pathway targeting drugs.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    531078

    Systems biomedicine and pharmacology approaches for drug repositioning to uncover candidate anti-cancer drugs

    Aday kanser karşıtı ilaçların bulunması için sistem biyotıp ve farmakolojisi yaklaşımı ile ilaç repozisyonu

    BESTE TURANLI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA

  2. Tez No

    686882

    Drug repurposing in colorectal cancer by using transcriptomic data

    Transkriptomik veri kullanılarak kolorektal kanserde ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları

    ÜLKÜ ÜNAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA GÖV

  3. Tez No

    709083

    Discovery of biological pathways that have a role in the etiopathogenesis of macular degeneration by genetic investigations

    Maküler dejenerasyon etyopatojenı̇zı̇nde rol alan bı̇yolojı̇k yolakların genetı̇k ı̇ncelemelerle ortaya çıkarılması

    GİZEM KARAYANIK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EFE SEZGİN

  4. Tez No

    543993

    Genom boyu taramaları ve moleküler genetik yaklaşımlarıyla Escherichia coli bakterisinde bor toleransı ile ilgili genlerin araştırılması

    Investigation of genes related to boron tolerance in Escherichia coli using genome-wide screening and molecular genetic approaches

    MERVE SEZER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL

  5. Tez No

    601927

    Genomic and transcriptomic investigation of endemic burkitt lymphoma and epstein barr virus

    Başlık çevirisi yok

    YASİN KAYMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyomühendislikUniversity of Massachusetts Medical School

    DR. JEFFREY A. BAILEY

    DR. ANN M. MOORMANN

Geri Dön