Drug repurposing in colorectal cancer by using transcriptomic data
Transkriptomik veri kullanılarak kolorektal kanserde ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları
- Tez No: 686882
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ESRA GÖV
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: kolorektal kanser, ilaç yeniden kullanımı, transkriptomik veri, colorectal cancer, drug repurposing, transcriptomic data
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Adana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Kolorektal kanser (KRK), dünya çapında insanların maruz kaldığı en ölümcül kanser türlerinden biridir. Bu çalışmada, ilaç yeniden kullanımı (ilaç reposisyonu) olarak bilinen çok popüler bir yaklaşım ve hesaplamalı biyoloji yöntemleri ile KRK tedavisinde kullanılabilecek aday ilaçları ortaya çıkarmayı amaçladık. İlk olarak, transkriptomik verilerin analiziyle KRK'de ifadesi farklılaşan genler tanımlandı. Daha sonra, farklılaşarak birlikte ifade edilen gen modülleri tanımlandı ve bu modül genlerinin CRC'deki prognostik önemi gösterildi. Son olarak ortaya çıkardığımız gen modüllerine dayanarak, KRK'nin seyrini değiştirebilecek tedavi adayları belirlendi. Bu adaylar, tümör büyümesi üzerindeki etkilerini göstermek için deneysel/klinik çalışmalarda incelenen veya KRK tedavisinde orijinal olarak kullanılmayan/incelenmeyen ilaçları veya küçük molekülleri içerir. Çalışmamızda, yirmi iki genden oluşan KRK'de yeni, farklı şekilde birlikte ifade edilmiş, yüksek oranda birbirine bağlı ve birlikte düzenlenmiş prognostik bir gen modülü ortaya çıkardık. Gallik asit, valinomisin, sisteamin, AZD8055, BRD-K81473043, tirfostin AG1478, BRD-A17065207, dovitinib, trametinib, HDAC6 inhibitor ISOX, AS605240, 480743.cdx, BRD-K03829970, L-6307 ve NVP-TAE684'den oluşan on beş adet ilaç veya molekülü KRK için yeniden kullanım adayı olarak öneriyoruz. HDAC6 inhibitor ISOX, AS605240, 480743.cdx, BRD-K03829970, L6307 ve NVP-TAE684'ü CRC tümörijenezi üzerindeki anti-kanserojen etkileri araştırılmamış yeni yeniden kullanım adayları olarak sunuyoruz. Bulgularımızın klinik olarak araştırılması, KRK için yeni tedavi seçenekleri oluşturması açısından önemlidir.
Özet (Çeviri)
Colorectal cancer (CRC) is one of the most fatal cancer types that people suffer from worldwide. In this study, we aimed to reveal the candidate drugs that may be usable in the treatment of CRC via a very popular approach known as drug repurposing (drug repositioning) and computational biology methods. Firstly, differentially expressed genes (DEGs) were identified in CRC via analyzing transcriptomic data. Then, differentially coexpressed gene modules were identified and prognostic significance of these module genes in CRC was demonstrated. Finally, based on the gene modules we uncovered, various treatment candidates that may alter the course of CRC were identified. These candidates include drugs or small molecules which were studied in experimental/clinical studies to demonstrate the effects on tumor growth or not used/studied originally in the treatment of CRC. In our study, we revealed a novel, differentially co-expressed, highly interconnected, and co-regulated prognostic gene module in CRC consisting of twenty two genes. We suggest fifteen drugs or small molecules comprising gallic acid, valinomycin, cysteamine, AZD8055, BRDK81473043, tyrphostin AG1478, BRD-A17065207, dovitinib, trametinib, HDAC6 inhibitor ISOX, AS605240, 480743.cdx, BRD-K03829970, L-6307 and NVP-TAE684 as repurposing candidates for CRC. We present HDAC6 inhibitor ISOX, AS605240, 480743.cdx, BRDK03829970, L-6307, and NVP-TAE684 as novel repuposing candidates whose anticarcinogenic effects on CRC tumorigenesis have not been investigated before. Clinical investigation of our findings is important in terms of creating new treatment options for CRC.
Benzer Tezler
- Alzheimer hastalığı ve kanser patogenezinde rol oynayan ortak aday moleküler biyobelirteçlerin ve anahtar yolakları ın siliko araştırılması
Investigation of the common candidare molecular biomarkers and key pathways that play a role in the pathogenesis of alzheimer's disease and cancer
ECEM BUSE YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyolojiBursa Uludağ ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DİLEK PİRİM
- Drug repurposing in Ras/Raf/Mek/ERK signaling pathway
Ras/Raf/Mek/ERK sinyal yolağında ilaç yeniden konumlandırma
AHENK ZEYNEP SAYIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Microrna - based drug repurposing analysis in glioblastoma multiforme via machine learning approaches
Makine öğrenmesi yaklaşımlarıyla glioblastoma multiformede mikrorna bazlı ilaç repozisyon analizleri
ÖMER FARUK ERCEYLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÖV
- Hepatosellüler karsinomada alternatif 'drug repurposing' modellerinin sitotoksik/apoptotik etkilerinin araştırılması
Investigation of cytotoxic/apoptotic effects of alternative drug repurposing models in hepatocellular carcinoma
DERYA YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyolojiİstinye ÜniversitesiKanser Biyolojisi ve Farmakolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NAZLIHAN AZTOPAL
PROF. DR. ENGİN ULUKAYA
- Identifying potential therapeutic molecules for hepatocellular carcinoma through machine learning-based drug repurposing
Makine öğrenimi tabanlı ilaç yeniden kullanımı yoluyla hepatoselüler karsinom için potansiyel terapötik moleküllerin belirlenmesi
TUĞÇE BAŞER
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURÇAK OTLU SARITAŞ
PROF. DR. RENGÜL ATALAY