Geri Dön

Investigating the interactions of azacyanines with triplex nucleic acids

Azasiyaninlerin üçlü sarmal yapıya sahip nükleik asitler ile etkileşimlerinin incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 647676
  2. Yazar: SERRA TÜTÜNCÜ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biochemistry, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 189

Özet

Üçlü DNA sarmal yapıları anti-gen ve anti-sense stratejilerinin ortaya çıkması ile önem kazanmıştır. Anti-gen stratejilerinde temel hedef örneğin transkript olacak genin büyük oluğuna (major groove) üçüncü bir dizinin bağlanması ile üçlü sarmal yapı oluşturularak, örneğin transkripsiyonda görev alan proteinlerin, polimerazların vb. gene bağlanmalarını ve görevlerini yerine getirmelerini engellemektir. Anti-gen stratejilerindeki en temel sorunlardan biri oluşturulan üçlü sarmal yapıların yeterince sağlam olmaması ve üçüncü dizinin kolaylıkla ikili sarmaldan ayrılmasıdır. Bu sorunun bir çözümü üçlü sarmal yapıların sağlamlığını bu yapılara bağlanan küçük molekülleri kullanarak arttırmaktır. Bu çalışma kapsamında UV-vis, CD ve Floresans spektroskopileri kullanılarak belirli üçlü sarmal yapılarına kuvvetli ve seçici bir şekilde bağlandığı tespit edilen benzimidazol türevi Azasiyanin moleküllerinin polyd(A)·polyd(T)·polyd(T) yapısının kararlılığının arttırılmasında benzimidazol halka yapısındaki alkil zincirin uzunluğunun ve yapısının önemli bir rol oynadığı termal denatürasyon ve titrasyon çalışmaları ile açığa çıkartılmıştır. Ayrıca, proje kapsamında pH ve tuz derişiminin polyd(A)·polyd(T)·polyd(T)-Azasiyanin etkileşimleri üzerindeki etkisi CD spektroskopisi ile belirlenmiştir. Viskozite ölçümleri ile de Azasiyaninlerin polyd(A)·polyd(T)·polyd(T)-sarmalina bağlanma modu belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Triple helical nucleic acid structures have gained substantial attention with the emergence of anti-sense and anti-gene strategies. In anti-gene strategies, the idea is to form a triple helical structure in the gene by binding a third nucleic acid sequence into the major groove of that gene. Therefore, the binding of transcription proteins, polymerases, etc. to that gene could be prevented to ultimately result in the inhibition of the transcription. One of the challenges in anti-gene strategies is the fact that the third strand's binding is weak for most triplex forming sequences and it dissociates from the stable duplex easily. One solution to get over this problem is to increase the stability of triplex structures by using small molecules. The design and synthesis of such triplex stabilizing small molecules have drawn considerable in the last decades due to the use of these molecules as therapeutic agents. Within this context, the importance of alkyl chain length and structure on the benzimidazole derivaties of Azacyanine molecules which tigtly and selectively bind to specific triple helix structures have been revealed by the UV-vis, CD and Fluorescence spectroscopies via the thermal denaturation and titration studies. Furthermore, the effect of pH and salt concentration on polyd(A)·polyd(T)·polyd(T)-Azacyanine interactions have also been studied by CD spectroscopy. With viscosity measurements, the binding mode of the Azacyanines to polyd(A)·polyd(T)·polyd(T)- triplex have been determined.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    636568

    VEGF G-quadruplex: its interactions with doxorubicin and detection with a gold nanoparticle-azacyanine fluorescence probe

    VEGF G-dörtlü yapisinin doksorobisin ile etkileşimi ve altın nanoparçacık-azasiyanin floresans probu ile tespiti

    ECENAZ BİLGEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    KimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL

  2. Tez No

    713187

    G-quadruplexes: Targeting with azacyanines and application to hydroxychloroquine detection

    G- dört yapıları: Azasiyaninler ile hedeflenmeleri ve hidroksiklorokin tespitinde kullanımları

    KÜBRA DOĞAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL

  3. Tez No

    498255

    Sinir doku mühendisliği için hücrelerinden arındırılmış sığır omuriliğinin insan adipoz mezenkimal kök hücrelerle etkileşimlerinin incelenmesi

    Investigating the interactions of human adipose mesenchymal stem cells with decellularized bovine spinal cord for neural tissue engineering

    BURCU EFE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyokimyaÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Biyomühendislik ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YAVUZ EMRE ARSLAN

  4. Tez No

    627148

    Organik gübrelerin tarımda etkileşimlerinin vermikompost ve mikrobiyal gübreler kullanılarak araştırılması

    Investigating the interactions of organic fertilizers in agriculture using vermicompost and microbial fertilizers

    SÜLEYMAN DOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiBolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NUSRET ZENCİRCİ

  5. Tez No

    713355

    Investigating the interactions of poly(A)-coralyne in crowded environments and the effect of DNA methylation on DDD-lysine and DDD-arginine interactions

    Kalabalık ortamda poly(A)-coralyne etkileşimlerinin ve DNA metilasyonunun DDD-lizin ve DDD-arginin etkileşimlerine etkisinin incelenmesi

    ZEYNEP SUVACI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL

Geri Dön