Multilocus sequence typing of carbapenem resistant Klebsiella pneumonia isolates collected from Turkey and Iraq
Türkiye ve Irak'tan elde edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae izolatlarının çok lokuslu dizi tiplendirmesş (MLST) ile tiplendirilmesi
- Tez No: 648092
- Danışmanlar: PROF. DR. MİKAİL AKBULUT, DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR SAĞIROĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, PFGE, MLST, wzi, Karbapenem direnci, Klebsiella pneumoniae, PFGE, MLST, wzi, Carbapenem Resistance
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Bu çalışmada Kayseri-Türkiye ve Bağdat-Irak'tan 72 adet Klebsiella pneumoniae (Kp) izolatı toplanmış ve meropenem direnci için MIC değerleri belirlenmiştir. Bu izolatlardan 50 tanesi PFGE, 7 housekeeping MLST ve wzi geni gibi ayırma gücü yüksek olan farklı tiplendirme yöntemleriyle tiplendirilmiştir. İzolatların büyük çoğunluğu (% 32) idrar örneklerinden, geri kalanı ise kan (% 18), balgam (% 12), yara (% 14), deri sürüntüsü (% 10), solunum sistemi (% 8) ve kulak sürüntüsü (% 6) gibi farklı kaynaklardan elde edilmiştir. Çalışılan izolatlar arasında %52 frekansla ST15 en fazla görülen dizi tipi olmuştur. İkinci en fazla bulunan dizi tipi % 6 frekansla ST 307 olmuştur. ST16, ST 101 ve ST 2943 dizi tiplerinin her biri % 4 oranında bulunurken ST 14, ST 2096, ST 4634, ST. 530, ST 469, ST 377, ST147 ve ST 37'nin her biri% 2 oranında tespit edilmiştir. Ayrıca, izolatların % 6 sı yeni tipe sahipken % 8'i tiplendirilememiştir. Tüm izolatlar Wzi geni için tiplendirilmiş olup, bazılarının K-tipinde çapraz reaksiyona sahip olduğu belirlenmiş ve bazılarında ise wzi geni için sadece allel numarası belirlenmiştir. İzolatların PFGE profilleri % 80 ve üzerinde benzerlik göstermiştir. Ayrıca izolatlar arasındaki filogenetik ilişkiyi belirlemek için rpoB ve wzi genleri, 7 housekeeping genleri ve PFGE kullanılmıştır. En yüksek frekansta bulunması ve karbapenem dahil çok sayıda antibiyotiğe dirençli olması nedeniyle ST 15 dizi tipine sahip suşların Ortadoğu ülkelerinde problem olacağı beklenilmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study 72 putative Klebsiella pneumoniae (Kp) isolates were collected from Kayseri-Turkey and Baghdad-Iraq and MIC values determined for meropenem resistance among them 50 meropenem resistant (25 from Turkey and 25 from Iraq) isolates were typed by using high discriminatory power methods such as PFGE, 7 housekeeping Multilocus Sequence Typing and wzi gene typing. Majority of the isolates (%32) were obtained from the urine samples and the rest of isolates from different sources such as blood culture (%18), sputum (%12), wound (%14), skin swab (%10), respiratory system (%8) and ear swab (%6). With 52% frequency, Sequence type (ST) 15 was the most frequent sequence type among the sequence type of studied isolates. ST 307 was the second most frequent Sequence type with %6 frequency. Among the isolates, the frequency of each of ST16, ST 101 and ST 2943 was %4. The frequency of each of ST 14, ST 2096, ST 4634, ST 530, ST 469, ST 377, ST147 and ST 37 was found to be %2. However, %6 of isolates were determined as novel STs, and %8 of isolates were un-typeable. Based on wzi gene all isolates were typed but some of them had cross reaction in K-type and for some isolates only allelic number was determined. In PFGE profiles, the level of similarity among isolates were 80% and above. The phylogenetic relationship of isolates were also determined based on rpoB, wzi gene, MLST and PFGE profiles. Being the most frequent ST, ST 15 was expected to be more problematic in Middle East countries considering their resistance against most antibiotics in general and specifically to carbapenems.
Benzer Tezler
- Molecular epidemiology of carbapenem resistant klebsiella pneumoniae in bloodstream infections
Kan dolaşımı enfeksiyonlarında karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae'nin moleküler epidemiyolojisi
BERNA ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
MikrobiyolojiKoç ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FÜSUN CAN
PROF. DR. MEHMET ÖNDER ERGÖNÜL
- Çocuk ve yenidoğan yoğun bakım ünitelerinden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella suşlarının moleküler epidemiyolojisi
Molecular epidemiology of carbapenem resistant klebsiella species isolated from pediatric and neonatal intensive care units
AYŞE HANDE TÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DEVRAN GERÇEKER
- Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında direnç genleerinin belirlenmesi ve direnç plazmitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu temelli replikon tiplendirmesi
Characterization of resistance genes and polymerase chain reaction based replicon typing in carbapenem resistant klebsiella pneumoniae, department of clinical microbiology
FATMA ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ
- Sığır mastitisi ve çevresel kaynaklı klebsiella pneumoniae suşlarının virulans faktörlerinin belirlenmesi
Determination of virulence factors of bovine mastitis and environmentally originated klebsiella pneumoniae strains
MEVLÜT ATALAY
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiSelçuk ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UÇKUN SAİT UÇAN
- Karbapenem dirençli acinetobacter baumannii klinik izolatlarının moleküler epidemiyolojisinin araştırılmasında farklı yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of different methods in the investigation of molecular epidemiology of clinical isolates of carbapenem resistant acinetobacter baumannii
GÜLŞEN ULUÇAM ATAY
Doktora
Türkçe
2019
MikrobiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLÇİN BAYRAMOĞLU