Geri Dön

Çocuk ve yenidoğan yoğun bakım ünitelerinden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella suşlarının moleküler epidemiyolojisi

Molecular epidemiology of carbapenem resistant klebsiella species isolated from pediatric and neonatal intensive care units

PDF İndir

  1. Tez No: 785217
  2. Yazar: AYŞE HANDE TÜRK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. DEVRAN GERÇEKER
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 122

Özet

AMAÇ: Bu çalışmada; Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Yoğun Bakım ve Yenidoğan Yoğun Bakım Ünitelerinde yatmakta olan hastalardan Kasım 2020-2021 arasında çeşitli kültür örneklerinden üreyen ve karbapenem dirençli Klebsiella izolatlarının moleküler epidemiyolojik özellikleri incelenmiştir. İzolatların taşıdığı beta-laktam, aminoglikozit, kinolon grubu antimikrobiyallere ve kolistine direnç oluşumuna neden olan aktarılabilir antimikrobiyal direnç genlerinin ve kolistin direncine neden olan kromozomal mekanizmaların açığa çıkarılarak, bu izolatların epidemiyolojik ilişkilerinin ortaya konması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Tanımlaması MALDI-TOF MS ile yapılan izolatların antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesinde disk difüzyon yöntemi kullanılmıştır. Karbapenem, aminoglikozit ve kinolon minimum inhibitör konsantrasyonlarının (MİK) saptanmasında gradiyent şerit test ve kolistin duyarlılığının belirlenmesi için sıvı mikrodilüsyon yöntemi uygulanmıştır. Karbapenemaz üretiminin fenotipik olarak belirlenmesi için karbapenem inaktivasyon yöntemi (CIM) kullanılmıştır. Beta-laktamlara dirence neden olan genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL), AmpC beta-laktamaz ve karbapenemaz, aminoglikozit direncine neden olan 16S rRNA metiltransferazlar, kinolon direncine neden olan plazmit aracılı kinolon direnci (PAKD) genleri, ve kolistin direncine yol açan mobil kolistin direnci genleri polimeraz zincir reaksiyonları (PZR) ile araştırılmıştır. Kapsüler polisakkarit tiplerini belirlemek için wzi geni dizilemesi yapılmıştır. İzolatların arasındaki benzerlik ve farklılıkları ortaya koymak için pulsed field jel elektroforezi (PFGE) uygulanmıştır. İzolatların klonal yayılımını belirlemek amacıyla multilokus sekans tiplendirme (MLST) yapılmıştır. BULGULAR: K. pneumoniae olarak tanımlanan 36 örneğin tamamı amoksisilin klavulonat, piperasilin tazobaktam, sefotaksim, seftazidim ve sefepim dirençliyken, 24'ü (%66,66) sefoksitine, 31'i (%86,11) ertapeneme, 21'i (%58,33) imipeneme, 16'sı (%44,44) meropeneme, 10'u (%27,77) amikasine, 28'i (%77,77) gentamisine, 31'i (%86,11) tobramisine, 29'u (%80,55) siprofloksasine, 19'u (%52,77) levofloksasine, 11'i (%30,56) kolistine dirençli olduğu saptanmıştır. CIM testi OXA-48 benzeri karbapenemaz üreten izolatlarda pozitif tespit edilirken NDM tipi karbapenemaz üreten bir izolatın karbapenemaz üretimi negatif bulunmuştur. Tüm izolatlarda bla SHV geni bulunurken; buna ek olarak 12 (%33,33) izolatta bla CTX-M pozitif saptanmıştır. On dokuz (%52,7) izolatta bla SHV , bla CTX-M ve bla TEM birlikte pozitif saptanmıştır. CIT grubu AmpC beta-laktamaz iki (%5,56) örnekte bulunmuştur. Karbapenemaz genlerinden bla OXA-48 33 (%91,67), bla NDM 1 (%2,78) ve bla KPC 1 (%2,78) izolatta pozitif bulunurken, bir izolatta karbapenemaz geni bulunmamıştır. 16S rRNA metiltransferaz genleri armA ve rmtC sırasıyla, 3 (%8,33) ve 2 (%5,56) izolatta saptanmıştır. PAKD genlerinden qnrB 19 (%52,78), qnrS 6 (%16,67), qnrB ve qnrS iki (%5,56) izolatta pozitif bulunmuştur. Aktarılabilir kolistin direncine neden olan mcr genleri saptanmazken, kolistine dirençli tüm izolatlarda kromozomal mgrB geni mutasyonları bulunmuştur. İzolatlarda dokuz farklı kapsül tipi belirlenirken en sık K2 bulunmuştur. PFGE ile 15 farklı patern saptanmış, 17 izolatın (%47,22) tek bir paternde toplandığı görülmüştür. MLST ile 18 (%50,00) izolat ST 14 olarak belirlenmiştir. 3 izolat (%8,33) ST 2096, 3 (%8,33) izolat ST 661, ikişer izolat ST 147 ve ST 985, birer izolat ise; ST 37, ST 152, ST 101, ST 17, ST 307 ve ST 39 olarak bulunmuştur. SONUÇ: Karbapenem dirençli K. pneumoniae suşları, çok sayıda aktarılabilir antimikrobiyal direnç genini bir arada taşımakta ve yüksek riskli klonlarının yayılımı nedeniyle yenidoğan ve çocuk yoğun bakım hastalarında önemli bir sağlık sorunu oluşturmaktadır. K. pneumoniae izolatlarının antimikrobiyal direnç özelliklerinin ve klonlarının yayılımlarının belirlenmesi; tedavi seçimine yol gösterebilecek, enfeksiyon kontrol önlemlerinin etkin bir şekilde uygulanmasına ve yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesine ışık tutabilecektir.

Özet (Çeviri)

AIM: In this study, molecular epidemiological characteristics of carbapenem resistant Klebsiella isolates grown in various cultures of patients hospitalized in Ankara University School of Medicine Neonatal and Pediatric Intensive Care Units were investigated. It is aimed to demonstrate the transferable antimicrobial resistance genes harbored by isolates which cause resistance to beta-lactam, aminoglycoside, quinolone group antimicrobials and colistin also to determine the chromosomal mechanisms that cause colistin resistance. In addition, it is aimed to search epidemiological relationships among the isolates. MATERIALS AND METHODS: Antimicrobial susceptibility tests of the K. pneumoniae isolates, identified by MALDI-TOF MS were performed using disk diffusion method. Minimum inhibitory concentrations (MIC) for carbapenems, aminoglycosides and quinolones were determined using gradient strip test and broth microdilution method was used for colistin susceptibility. Carbapenemase production was screened phenotypically by carbapenemase inactivation (CIM) method. Extended spectrum beta-lactamase (ESBL), AmpC beta-lactamase and carbapenemase enzymes causing resistance to beta-lactams, 16S rRNA methyltransferases causing resistance to aminoglycosides, plasmid mediated quinolone resistance (PMQR) genes causing quinolone resistance, and mobile colistin resistance genes causing colistin resistance were investigated by polimerase chain reactions (PCR). In order to determine the types of capsular polysaccharides, wzi gene sequencing was performed. Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was performed to find out similarities and differences among the isolates. Multilocus sequence typing (MLST) was used to determine the clonal spread of the isolates and their antimicrobial resistant genes. RESULTS: All 36 isolates identified as K. pneumoniae were resistant to amoxicillin clavulanate, piperacillin tazobactam, cefotaxime, ceftazidime and cefepime. Resistance rates to cefoxitine, ertapenem, imipenem, meropenem, amikacin, gentamicin, tobramycin, ciprofloxacin, levofloxacin and colistin were 66.67% (n=24), 86.11% (n=31), 58.33% (n=21), 44.44% (n=16), 27.78% (n=10), 77.78% (n=28), 86.11% (n=31), 80.56% (n=29), 52.78% (n=19) and 30.56% (n=11), respectively. OXA-48 like carbapenemase producing isolates were found to be positive with CIM test while single isolate producing NDM type carbapenemase was negative. bla SHV gene was detected in all isolates, in addition, 12 (33.33%) isolates were harboring bla CTX-M . Nineteen (52.7%) isolates were bla SHV , bla CTX-M and bla TEM positive. CIT group AmpC beta-lactamase was found in two (5.56%) isolates. The carbapenemase genes bla OXA-48 was found in 33 (91.67%) isolates, bla NDM in one (2.78%) and bla KPC in one (2.78%) isolate. No carbapenemase gene was detected in one of the isolates. The 16S rRNA methyltransferase genes armA was found in three (8.33%) and rmtC in two (5.56%) isolates. The PMQR genes qnrB was found in 19 (52.78%), qnrS in six (16.67%), and qnrB and qnrS in two (5.56%) isolates. No mcr genes causing transferable colistin resistance were detected in any of the isolates while chromosomal mgrB gene mutations were found in all colistin resistant isolates. Nine different capsule types with K2 being the most prevalent one were determined in the isolates. PFGE revealed 15 different pattern for the isolates. Seventeen (47.22%) isolates had one single pattern. MLST showed 18 (50.00%) isolates were ST14, three (8.33%) isolates were ST2096. Two isolates were observed as ST661, ST147 and ST985 and only one isolate was identified as ST37, ST152, ST101, ST17, ST307 and ST39. CONCLUSIONS: Carbapenem resistant K. pneumoniae strains cause important health problem in neonatal and pediatric intensive care units due to their ability to harbor multiple transferable resistance genes and spread of high risk clones. Determining the antimicrobial resistance properties and the clonal spread of the isolates will guide the treatment choice, effective implementation of infection control measures and the development of new antimicrobial strategies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    526418

    Yenidoğan yoğun bakım ünitesinde kandidemi risk faktörleri

    Risk factors of candidemia in neonatal intensive care unit

    RÜYA TORUN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞEBNEM ÇALKAVUR

  2. Tez No

    388717

    Yenidoğan ve çocuk yoğun bakım ünitelerinde kolistin (colistimethate) kullanımı

    In neonatal and pediatric intensive care units colistin (colistimethate)

    EMİNE PINAR ÖZER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE NESLİHAN TEKİN

  3. Tez No

    514094

    Ocak 2008 - Aralık 2017 arasında yenidoğan yoğun bakım ünitesinde tedavi gören hastaların kan ve bos kültürlerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of blood and csf cultures of patients treated at neonatalintensive care unit between january 2008 and december 2017

    BURCU HIDIMOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKocaeli Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ENGİN ARISOY

  4. Tez No

    347827

    Türkiye'deki yenidoğan yoğun bakım ünitelerinde sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonlar: Tek günlük nokta prevalans çalışması

    To determine the prevalance of healthcare-associated infections, a major cause of morbidity and mortality in newborn intensive care unit patients.

    EREN ÇAĞAN

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıMarmara Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET SOYSAL

  5. Tez No

    351228

    2002-2012 yılları arasında neonatoloji yoğun bakım ünitesinde saptanan fungal ajanlar ve klinik değerlendirilmesi

    Fungal agents detected in neonatology intensive care unit between 2002-2012 and their clinical assessment

    ŞİRİN SOYDEMİR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ARİF AKŞİT

Geri Dön