Geri Dön

Molecular epidemiology of carbapenem resistant klebsiella pneumoniae in bloodstream infections

Kan dolaşımı enfeksiyonlarında karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae'nin moleküler epidemiyolojisi

PDF İndir

  1. Tez No: 661798
  2. Yazar: BERNA ÖZER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FÜSUN CAN, PROF. DR. MEHMET ÖNDER ERGÖNÜL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 50

Özet

Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae (KDKP), yüksek mortalite oranları ile ilişkili dünya çapında nozokomiyal enfeksiyonlara neden olan klinik olarak önemli bir patojen haline gelmiştir. KPC, NDM ve OXA-48 benzeri karbapenmeazlar üreten KDKP'nın yüksek riskli klonları dünya çapında yayılmıştır. Karbapeneme direnç, etkili ve güvenli tedavi seçeneklerini sınırlandırarak, hasta ölümlerinin artmasına neden olmuştur. Bu çalışmada amacımız, Türkiye'deki KDKP bakteriyemisinin moleküler epidemiyolojisinin tanımlanması ve karbapenemaz üreten yüksek riskli klonların mortaliteye etkisinin değerlendirilmesidir. Bu amaç doğrultusunda, 2018 Haziran ve 2019 Haziran tarihleri arasında Türkiye'deki 13 üçüncü basamak sağlık merkezinden toplam 254 karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae bakteremi izolatı toplanmıştır. Hastaların 30 günlük mortalite bilgileri kayıt altına alınmıştır. Meropenem, kolistin ve seftazidim/avibaktam minimum inhibitör konsantrasyonları meropenem Etest ve sıvı mikrodilüsyon yötemleri ile belirlenmiştir. Karbapenemaz genleri (blaOXA-48-benzeri, blaKPC-2, blaNDM-1) multipleks PZR ile tespit edilmiştir. İzolatların genotiplendirilmesi için değişken alanlu jel elektroforezi ve multilokus sekans tiplemesi yapılmıştır.Tüm analizler STATA yazılım versiyonu 16.0 kullanılarak yapılmıştır. KDKP grubunda ST2096 62 izolatla (30%) en büyük klonal tipi oluştururken, onu 36 izolatla (%18) ST101 ve 27 izolatla (%13) ST14 izlemektedir. 254 izolattan 51'inin meropeneme duyarlı olduğu tespit edilmiş ve bu izolatlar karbapenem duyarlı Klebsiella pneumoniae olarak sınıflandırılmıştır. OXA-48 benzeri karbapenemazlar 171 izolatla (%91) en büyük karbapenemaz grubunu oluştururken, 40 izolatta NDM-1 (%21) tespit edilmiştir. OXA-48 benzeri karbapenemazlar 61 izolatta ST2096 üzerinde ve 35 izolatta ST101 üzerinde taşınmaktadır. OXA-48 benzeri ve NDM-1 ortak yapımcı sayısı 30'dur (16%) ve bunların 19'u ST14 klonuna aittir (%63). Genel kolistin duyarlılığı %38 olarak bulunmuştur. ST101 ve ST2096 klonal tipleri, sırasıyla %83 ve %81 ile yüksek kolistin direnç oranlarına sahiptir. Genel olarak seftazidim-avibaktam %84 duyarlılık oranı ile en aktif antibiyotik olmakla birlikte ST14 klonuna ait izolatlar en düşük duyarlılık oranına sahiptir (%22). Otuz günlük tüm nedenlere bağlı mortalite tüm hastalar için %40'tır. ST2096, ST14 ve ST101 klonal grupları ile enfeksiyonlarda ölüm oranları sırasıyla %50, %53 ve %41'dir. ST2096 (P = 0.02) ve ST14 (P = 0.002) klonal tipleri mortalite ile ilişkili bulunmuştur. Sonuç olarak, ST2096, Türkiye'deki hastanelerde OXA-48 benzeri karbapenemaz üreten ve yeni ortaya çıkan baskın klonal tip olarak karşımıza çıkmaktadır. Karbapenemazların epidemiyolojisi, MBL/MBL dışı ortak üreticilere doğru kaymaktadır. CDKP'nın ST14 ve ST2096 klonlarında yüksek kolistin direnci ve ölüm oranları, bu klonların başarılı adaptasyonunu ve ciddi hastalık üretim kapasitesini göstermektedir. MBL üreticisi ST14 klonundaki yüksek seftazidim/avibaktam direnci, sadece OXA-48-benzeri üreticilerine karşı değil aynı zamanda MBL üreticilerine karşı da aktif olan yeni antibiyotiklere acil olarak ihtiyaç duyulduğunu göstermektedir.

Özet (Çeviri)

Carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae (CRKP) has become a clinically important pathogen causing worldwide nosocomial infections that are associated with high rates of mortality. High risk clones of CRKP carrying KPC, NDM and OXA-48-like carbapenemases have spread worldwide. Resistance to carbapenem has limited the effective and safe treatment options, thus causing increased patient fatality. In this study, our aim was to describe molecular epidemiology of CRKP bacteremia in Turkey and to evaluate the effect of carbapenemase producing high risk clones on mortality. A total of 254 CRKP bacteremia isolates from 13 tertiary care centers in Turkey were collected between June 2018 and June 2019. The 30-day mortality of the patients was recorded. Meropenem, colistin, and ceftazidime/avibactam minimum inhibitory concentrations were determined by meropenem Etest and broth microdilution methods. Carbapenemase genes (blaOXA-48-like, blaKPC-2, blaNDM-1) were detected by multiplex PCR. For genotyping of the isolates pulsed field gel electrophoresis and multilocus sequence typing were performed. All analyses were performed using STATA software version 16.0. The ST2096 constituted the largest clonal type with 62 isolates (30%) followed by ST101 with 36 isolates (18%) and ST14 with 27 isolates (13%) in the CRKP group. Fifty-one of 254 isolates were detected as meropenem susceptible and classified as carbapenem susceptible Klebsiella pneumoniae. The OXA-48-like carbapenemases comprised the largest carbapenemase group with 171 isolates (91%), NDM-1 was detected in 40 isolates (21%). OXA-48-like carbapenemases were mainly carried on ST2096 in 61 isolates and on ST101 in 35 isolates. The number of OXA-48-like and NDM-1 co-producer was 30 (16%) and 19 of them (63%) belonged to the ST14 clone. Overall colistin susceptibility was found as 38%. The ST101 and ST2096 clonal types had high colistin resistance rates with 83% and 81%, respectively. Overall ceftazidime-avibactam was the most active antibiotic with 84% susceptibility rate but the isolates belonging to ST14 had the lowest susceptibility rate (22%). The 30-day all-cause mortality was 40% for all patients. Mortality rates in infections with the ST2096, ST14 and ST101 clonal groups were 50%, 53%, and 41%, respectively. ST2096 (P=0.02) and ST14 (P=0.002) clonal types were found to be associated with high mortality. In conclusion, the emerging CRKP ST2096 clone possessing OXA-48-like is now the predominating clonal type in Turkish hospitals. Epidemiology of carbapenemases is shifting towards MBL and non-MBL co-producers. High colistin resistance and mortality rates in clones of CRKP ST14 and ST2096 indicates successful adaptation and severe disease production capacity of these clones. High ceftazidime/avibactam resistance in MBL producer ST14 clone demonstrates an urgent need for new antibiotics that are active not only against OXA-48-like producers but also against MBL producers.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    435455

    Yoğun bakım hastalarında rektal sürüntü örneklerinden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae escherichia coli suşlarının araştırılması

    İnvestigation of carbapenem resistant klebsiella pneumoniae and esherichia coli strains i̇solated from rectal swap samples of i̇ntensive care unit patients

    ÖZGÜR EZİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiDicle Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEZAHAT AKPOLAT

  2. Tez No

    785217

    Çocuk ve yenidoğan yoğun bakım ünitelerinden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella suşlarının moleküler epidemiyolojisi

    Molecular epidemiology of carbapenem resistant klebsiella species isolated from pediatric and neonatal intensive care units

    AYŞE HANDE TÜRK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DEVRAN GERÇEKER

  3. Tez No

    709188

    Karbapenem duyarlı olmayan klebsiella pneumoniae izolatlarının MLSt, maldı-tof, PFGE ile moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi

    Evaluating molecular epidemiology of carbapenem nonsusceptible klebsiella pneumoniae isolates with MLST, malditof, PFGE

    YUNUS EMRE İBİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞEGÜL ÇOPUR ÇİÇEK

  4. Tez No

    491750

    Karbapenem dirençli klebsıella pneumonıae kökenlerinde yıllar içerisinde kolistin minimal inhibitör konsantrasyon (mik) değerindeki artışın in vitro değerlendirilmesi

    Invitro evaluation of colistin minimal inhibitor concentration (mic) value in years in carbapenemic resistant klebsiella pneumoniae origins

    İSMAİL SELÇUK AYGAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BEDİA DİNÇ

  5. Tez No

    447290

    Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında direnç genleerinin belirlenmesi ve direnç plazmitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu temelli replikon tiplendirmesi

    Characterization of resistance genes and polymerase chain reaction based replicon typing in carbapenem resistant klebsiella pneumoniae, department of clinical microbiology

    FATMA ERDEM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ

Geri Dön