Experimental system design and modelling of EGFR extracellular domain and its mutant binding to antibody interacting partner
EGFR ve mutant EGFR'nin N-terminal membran dış bölgesinin antikor etkileşim ortağına bağlanmasının modellenmesi ve deneysel sistem tasarımı
- Tez No: 648099
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGE CAN, DR. B. KORAY BALCIOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Docking, Epidermal büyüme faktörü reseptörü, EGFR ilaç direnci, EGFR R497K mutasyonu, Moleküler dinamik simulasyonu, Docking, EGFR drug resistance, EGFR R497K mutation, Epidermal growth factor receptor, Molecular dynamics simulation
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıp Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR) hücre yüzeyinde aşırı eksprese edildiğinden kanser hücreleri hızla çoğalır. EGFR, her bir EGFR monomerine epidermal büyüme faktörünün (EGF) bağlanması ile dimerize olan bir zar proteinidir. Dimerizasyon, reseptörlerin hücre içi bölgesinin, hücre içi RAS gibi transdüserlerin aktivasyonuna izin vererek, oto-fosforillenmesini sağlar. Gen ekspresyonu, hücre proliferasyonunu başlatmak için serin / treonin kinaz yolu ile başlatılır. EGF veya EGFR'yi hedef alan kimyasal veya biyolojik moleküller proliferasyonun önlenmesi için geliştirilmiştir, bazıları FDA tarafından klinik kullanım için kabul edilmiştir. Bazı durumlarda etkisiz tedavi ile sonuçlanan mutasyona bağlı ilaç direnci geliştiği gözlemlenmektedir. Özellikle Cetuximab kullanan bazı hastalar ilaca direnç geliştirir. Bu nedenle, EGFR'nin hücre dışı bölgesinde mutasyona neden olan direnci tedavi planlamasına yardımcı olacak şekilde basit bir şekilde saptayabilmek büyük önem taşımaktadır. Bu projede EGFR ve R497K mutasyona uğramış EGFR N-terminal membrane dışı bölgesi, bir ekspresyon vektörüne klonlanarak, ekspresyon seviyeleri mRNA seviyesinde kontrol edilmiştir. Transfekte edilmiş CHO hücrelerinde, mutant ve vahşi tip EGFR'nin mRNA ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi amacıyla spesifik primer setleri tasarlanmıştır. Ayrıca, R497K mutasyonunun EGFR'nin Cetuximab'a bağlanması ile ilgili etkisi moleküler modelleme ile analiz edilmiştir.
Özet (Çeviri)
The cancer cells proliferate rapidly, as the epidermal growth factor receptor (EGFR) is overexpressed on the cell surface. EGFR is a membrane protein which dimerizes by the binding of epidermal growth factor (EGF) to each EGFR monomer. Dimerization allows the intracellular region of the receptors to be auto-phosphorylated, allowing the activation of transducers such as intracellular RAS. Gene expression is initiated via the serine/threonine kinase pathway to initiate cell proliferation. Chemical or biological molecules targeting EGF or EGFR have been developed to prevent proliferation, some of them have been accepted by the FDA for clinical use. In some cases, mutation derived drug resistance is developed resulting in ineffective treatment. Especially, some patients using Cetuximab develop resistance to the drug. Therefore, it is of great importance to be able to detect the resistance causing mutation in the extracellular region of EGFR in a simple way to aid in treatment planning. In this project, extracellular domains of EGFR and the R497K mutated EGFR are cloned into an expression vector and the expression level was controlled at RNA level. Specific primer sets were designed for monitoring separately EGFR and R497K EGFR mRNA expression level in transfected CHO cells. Also, the effect of the R497K mutation regarding the binding of Cetuximab Fab fragment to extracellular domain of EGFR was analyzed by molecular modelling.
Benzer Tezler
- Dynamic modeling of erk signaling pathway: Sensitivity, bistability and oscillations
Başlık çevirisi yok
MOHAMMADREZA YASEMI
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Kimya MühendisliğiKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİYA YAMAN ARKUN
- Otonom bisiklet modellenmesi ve tasarımı
Modelling and designing of an autonomous bicycle
ÖMER FARUK ARGIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Mekatronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEKİ YAĞIZ BAYRAKTAROĞLU
- Bir elektrikli ulaşım sisteminin modellenmesi ve simülasyonu
Modelling and simulation of an electrically driven transport system
SALMAN KURTULAN
Doktora
Türkçe
1992
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF. DR. ATİLLA BİR
- FEA design and implementation of double spring shape memory alloys actuator
Cift yaylı sekil hafızalı aktuatorun sonlu elemanlar analizi ve uygulanması
MAIDA ASCIC
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Mekatronik MühendisliğiMarmara ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN YÜCE
PROF. DR. NİHAT AKKUŞ
- İniş takımlarında kullanılan amortisörlerin matematiksel modellemesi ve analizi
Mathematical modeling and analysis of shock absorbers used in landing gear
SÜLEYMAN MURAT KÖROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM OZKOL