Geri Dön

Brachypodium distachyon genotiplerinde retrotranspozon varyasyonunun saptanması

Identification of retrotransposon variation in Brachypodium distachyon genotypes

PDF İndir

  1. Tez No: 657538
  2. Yazar: PINAR GÜNER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 96

Özet

Brachypodium distachyon, Poaceae ailesinin sahip olduğu üç alt ailenin en büyüğü olan Pooideae'nin en küçük genoma (0.72 pg/2C) sahip üyesidir. Bu çalışmada, inter primer binding site (iPBS) markörü kullanılarak, genetik çeşitlilik ve popülasyon yapısını değerlendirmek üzere Türkiye'den toplanan toplam 235 B. distachyon genotipi incelenmiştir. 28 adet iPBS markörü kullanılarak 184 adet polimorfik bant üretilmiştir. Ortalama polimorfizm bilgisi içeriği (PIC = 0.66) ve ortalama Shannon'ın bilgi endeksini (I = 0.19), Nei'nin gen çeşitliliğini (He = 0.25), etkili allel sayısını (Ne = 0.69) ve çözme gücünü (Rp = 2.27) içeren çeşitlilik parametreleri, analiz edilen genotiplerde uygun miktarda genetik çeşitliliğin varlığını göstermiştir. Heat Map ve Principle Coordinate Analysis (PCoA) ile Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dendrogramı sonuçları, 235 B. distachyon genotipi arasındaki karşılaştırmalı genetik farklılıkların iki ayrı gruba ayrıldığını göstermiştir. Popülasyon yapısı, STRUCTURE yazılımı kullanılarak hesaplanmış ve çalışılan genotipler arasında iki ana alt grup (K = 2) olduğu görülmüştür. iPBS çiftlerinin % 7.11'inin istatiksel olarak anlamlı LD (p < 0.01) içinde olduğu görülmüştür ve ortalama r2 ve D' değerleri sırasıyla 0.03 ve 0.61 olarak bulunmuştur. Bu çalışmanın bulguları, iPBS markörlerinin polimorfik olduğu ve B. distachyon'un genetik çeşitliliğini değerlendirmede oldukça etkili olduğu sonucuna varmıştır.

Özet (Çeviri)

Brachypodium distachyon is a member of Pooideae with the smallest genom (0.72 pg/2C), the largest of three subfamilies in the Poaceae family. A total of 235 accessions of B. distachyon collected from Turkey were studied and targeted to evaluate the genetic diversity and population structure of these accessions using inter-primer binding site (iPBS) markers in the current study. Twenty-eight iPBS markers were used, and 184 clear and sharp polymorphic bands were produced. Average polymorphism information content (PIC=0.66) and diversity parameters comprising mean Shannon's information index (I=0.19), Nei's gene diversity (He=0.25), effective number of alleles (Ne=0.69), and resolving power (Rp=2.27) indicated the existence of appropriate amount of genetic diversity in the analysed genotypes. The results of the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean (UPGMA) dendrogram with heat map and Principal Coordinates Analysis (PCoA) analyses indicated that the comparative genetic differences between 235 B. distachyon accessions were grouped into two separate clusters. The population structure has been calculated using the STRUCTURE software, and two major subgroups (K = 2) were established between the genotypes studied. A total of 7.11% of the iPBS pairs revealed significant LD (at p < 0.01) and the mean r2 and D' values were 0.03 and 0.61, respectively. The findings of this study concluded that iPBS markers are highly polymorphic and have a great efficient to evaluate the genetic diversity of B. distachyon.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    421256

    Proteome analysis of Brachypodium distachyon leaves under drought stress

    Kuraklık stresi altında Brachypodium distachyon yapraklarının proteom analizi

    ÖZGE TATLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  2. Tez No

    355437

    Brachypodium distachyon (L.) P. Beauv.'da morfolojik ve moleküler karakterizasyon

    Morphologic and molecular characterization in Brachypodium distachyon (L.)P. Beauv.

    GÜLSEMİN SAVAŞ TUNA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatNamık Kemal Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMET BAŞER

  3. Tez No

    341565

    Türkiye'de yayılış gösteren Brachypodium distachyon (L.) P. Beauv.(Poaceae) populasyonlarının moleküler ve morfolojik karakterizasyonu

    Molecular and morphological characterization of Brachypodium distachyon (L.) P. Beauv. (Poaceae) populations distributed in Turkey

    SİĞNEM ÖNEY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SELMA TABUR

    PROF. DR. METİN TUNA

  4. Tez No

    309439

    Application of biotechnological tools to model plant, Brachypodium distachyon

    Model bitkide, Brachypodium distachyon biyoteknolojik yöntemlerin uygulanması

    BAHAR SOĞUTMAZ ÖZDEMİR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyoteknolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HİKMET BUDAK

  5. Tez No

    823481

    Metabolomic analysis of Brachypodium distachyon in response to abiotic stress and seed priming application

    Brachypodium distachyon'un abiyotik stres ve tohum ön uygulamasına yanıtlarının metabolomik analizi

    EBRU YILMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyoistatistikYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BAHAR SOĞUTMAZ ÖZDEMİR

Geri Dön