Prevalence and diversity of influenza a viruses in sediment samples in Gediz Delta
Gediz Delta'sında bulunan tortu örneklerindeki influenza a virüslerinin yaygınlığı ve çeşitliliği
- Tez No: 658835
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP AHSEN KOÇER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: İnfluenza A virüsü, Influenza A virus
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnfluenza A virüsleri (İAV'leri) doğal olarak su kuşları tarafından taşınmakta ve çevreye dışkı yoluyla bırakılmaktadırlar. Bu durum, virüslerin diğer kuşlara bulaşmasını kolaylaştırabilmekte, daha da önemlisi zoonotik potansiyele sahip virüs suşlarının aynı bölgenin faunasında bulunan memelilere geçişkenliğini mümkün kılmaktadır. Gediz Deltası, faunasında bulundurduğu çok sayıda yerel kuş ve memelinin yanısıra binlerce göçmen kuşun üreme ve konaklama noktası olduğundan böylesine türler arası geçişkenlik olayları için mükemmel bir ekosistem sağlamaktadır. Gediz Deltası aynı zamanda doğasında bulundurduğu lagünler, deniz kenarı alanları ve tatlı su kaynakları sebebiyle eşsizdir. Dolayısıyla bu tez çalışması, İAV'lerinin tortu örneklerindeki yaygınlığını tespit etmeyi, moleküler ve kültür yöntemleri ile virüs saptama limitlerini belirlemeyi ve çevresel etmenlerin, IAV'lerinin tortulardan tespit ve izolasyon verimindeki rolünü araştırmayı amaçlamaktadır. Çalışmamızda, İAV'lerinin tatlı su (FS) ve tuzlu su (SS) tortularındaki genel yaygınlığı %22 olarak tespit edilmiştir. Daha sonra, tortu örneklerine kuş kaynaklı H6N2 virüsü eklenmiş ve moleküler yöntemlerle H6N2 virüsünün FS'de SS'den daha düşük konsantrasyonlarda tespit edildiği gösterilmiştir. Ayrıca, polietilen glikol virüs çöktürme yönteminin FS'teki virüs izolasyon verimini 10 kat artırdığı gözlemlenmiştir. Tortu özelliklerini incelemek üzere yapılan analizler, içeriğinde bulunan inorganik maddeler ve minerallerin yanı sıra, tortu partiküllerinin daha büyük bir yüzey alanına sahip olması sebebiyle, virüslerin tuzlu su tortusuna daha kolay adsorbe olabileceğini ortaya koymuştur. Sonuç olarak, çevresel kaynaklar virüs stabilitesi, seçilimi ve geçişkenliği üzerinde önemli bir rol oynamaktadır.
Özet (Çeviri)
Influenza A viruses (IAVs) are naturally carried by aquatic birds and shed into environmental sources through feces. This facilitates the virus transmission to other birds. More importantly, virus strains with zoonotic potential might transmit to mammals in the same fauna. Gediz Delta provides a perfect ecosystem for such virus transmission events between species, as the Delta is a stopover and/or breeding site for thousands of migratory birds along with many local birds and mammals in its fauna. Gediz Delta is also unique with its nature including lagoons, seashore, freshwater bodies etc. Thus, this thesis study aims to detect the prevalence of IAVs in sediment samples, to determine the molecular detection and isolation limits, and to investigate the role of environmental factors on the detection and isolation efficiency of IAVs from sediment samples. The overall prevalence of IAVs in freshwater (FS) and salty water sediments (SS) was detected as 22%. The sediment samples were then artificially seeded with an avian H6N2. The results showed that H6N2 virus was detected at lower concentrations in FS than SS via molecular methods. The efficiency of virus isolation was improved by 10-fold increase in FS upon polyethylene glycol (PEG) precipitation. The analyses of the sediment properties showed that inorganic and mineral composition of SS along with its larger surface area might facilitate the adsorption of viruses on sediment particles. In conclusion, environmental sources could play an important role on virus stability, fitness, and transmission.
Benzer Tezler
- Drenaj sistemlerinin projelenmesinde drenaj debisinin önemi ve bu değerin Gediz Havzası koşullarında bazı meteorolijik değerlere göre hesaplanması
In the planing drainage systems, the importance of draimoge coefficient an the determination of this coeffient according to the some meteorological volues in Gediz Vailey
CEVRİ OĞUZ ACAR
- İslam ve Türk kültürünün Uzak Doğu'ya yayılması -Kore'de İslamiyet'in yayılması ve kültürel tesirleri
The Spread and influence of İslamic and Turkic culture in the east Asia-with special reference to the Korean-İslamic cultural contacts
HEE-SOO CEMİL LEE
- Damlatmalı filtrelerde metal zehirliğinin etkisinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
SUZAN TEMİZEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1988
Çevre MühendisliğiKaradeniz Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BERKÜN