Identification of protein partners of SETD3 in mouse embryonic stem cells
Fare embriyonik kök hücrelerde SETD3 proteiniyle etkileşen proteinlerin proteomik açıdan belirlenmesi
- Tez No: 659137
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ NİHAL TERZİ ÇİZMECİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Embriyonik gelişim hızlı hücre bölünmelerinin bulunduğu, son derece planlı ve düzenli bir süreçtir. Bu süreçte embriyo farklılaşmaya başlar ve gelişimin sonunda hücreler tamamen farklılaşmıştır. Farklılaşmaya karar aşaması çeşitli histon ve kromatin düzenleyici kompleksler gibi birçok epigenetik faktör tarafından düzenlenir. SETD3, bu pluripotent-farklılaşma dengesinin yönetilmesinde görevli histon metiltransferazlardan biridir. Daha önceki çalışmalarımızda, SETD3'ün fare EKH'lerinin mezendoderm tabakasına farklılaşmasında gerekli bir protein olduğunu belirledik. Buna rağmen, SETD3'ün hücre çekirdeğindeki diğer protein partnerleri tam olarak bilinmemektedir. IP-MS deneyimizle belirlediğimiz aday proteinler için derinlemesine bir analiz yaptık. Ardından, biyokimyasal deneyler ile BRD2 ve TFCP2L1 proteinlerinin SETD3 metil transferazının protein partnerleri olduğunu gösterdik.
Özet (Çeviri)
Embryonic development is a highly coordinated process that contains rapid cell divisions. During this time, the cells also start differentiation, and at the end of development, the cells become fully differentiated. This differentiation commitment is regulated by epigenetic factors like histone modifiers, chromatin regulators. SETD3 is one of the histone methyltransferases that govern this pluripotency-differentiation balance. We have previously found that SETD3 is crucial for mesendoderm differentiation of mESCs. However, the partners of Setd3 in the nucleus is not well known. We have performed IP-MS and analyzed the candidate proteins deeply. Then, we performed biochemical assays (co-IP and PLA) and showed BRD2 and TFCP2L1 proteins are the protein partners of SETD3 methyltransferase.
Benzer Tezler
- Identification of protein partners of acidic calponin
Asidik calponin etkileşim içerisinde bulunduğu proteinlerin tanimlanmasi
EMİNE DİNDAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Dynamic protein interaction network of YPEL2
YPEL2 proteinin dinamik protein etkileşim ağının tanımlanması ve öndoğrulanması
GİZEM TURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Protein characterization of human YPEL2 and YPEL homolog yeast MOH1
İnsan YPEL2 ve YPEL homoloğu maya MOH1 proteinlerinin karakterizasyonu
ÇAĞLA ECE OLGUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Structural and functional characterization of the CXXC-type zinc finger protein 5 (CXXC5)
CXXC-tipi çinko parmak 5 proteinin (CXXC5) yapısal ve fonksiyonel karakterizasyonu
GAMZE AYAZ ŞEN
Doktora
İngilizce
2018
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Initial characterization of CXXC5 as a putative DNA binding protein
Potensiyel olarak DNA'ya bağlanan CXXC5 proteininin ön karakterizasyonu
PELİN YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT MUYAN