Functional identification of RasGEF1 family of exchange factors as activators of Rap2, and as interacting partners of Ccdc124
Ras guanin değişim faktörü-1 (RasGEF1) ailesi proteinlerin Rap2 aktivatörleri olarak tanımlanması ve Ccdc-124 ile etkileşiminlerinin belirlenmesi
- Tez No: 246699
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 121
Özet
Ccdc-124 geni bütün ökaryot canlılarda korunmuştur. Ccdc-124 proteininde bilinen protein motiflerine gözlemlenmemiştir. Bu tez kapsamında yapılan çalışmalarda, maya ikili hibrit analizleri sonucunda, guanin nükleotid değişim faktörü olduğu düşünülen RasGEF1B'nin Ccdc-124 ile etkileştiği bulunmuştur. Fonksiyonu ve özelliği bilinmeyen, ancak yüksek oranda korunmuş olan RasGEF1 ailesi proteinlerinin, C-ucunda CDC25-Homoloji Bölgesi, N-ucunda ise RasGEF-N, Ras Değişim Motifi, bölgesi bulunmaktadır. Ccdc-124 ve RasGEF1 ailesi proteinlerinin birbirlerine bağlanması immünopresipitasyon ve GST çöktürme yöntemleri ile de doğrulanmıştır. Saflaştırılmış RasGEF1A, RasGEF1B ve birçok Ras ailesi proteinleri kullanılarak yapılan deneylerde, RasGEF1A ve RasGEF1B proteinlerinin Ras benzeri G poteinlerinden sadece Rap2'ye özgün değiştirici faktör olarak ekileştiği bulunmuştur. Bu proteinler Rap1 ve diğer Ras ailesi proteinlerine etki etmemişlerdir. Diğer yandan, Ccdc-124 proteini, in vitro deneylerde, RasGEF1 ailesinin hiçbir G proteini stimülasyonunu da etkilememiştir. Karşılıklı bölge-yönelimli mutagenez ile RasGEF1 proteinlerinin Rap1 ve Rap2 proteinlerini ayırt edici bölgesi analiz edilmiş ve Rap2'nin switch I bölgesinde yeralan fenilalanin39'un özgüllüğü sağlayan amino asit olduğu bulunmuştur. Rap1 üzerinde bu bölgeye karşılık gelen serin39'un mutasyonu ise RasGEF1B ile stimülasyonunu sağlamaktadır. Bu çalışma sonucunda insan hücrelerinde sadece Rap2'ye özgün bir nükleotid değiştirici faktörün varlığı ilk defa belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Coiled coil domain-124 gene is highly conserved among eukaryotes and the human counterpart encodes a protein with no domain similarities with any previously characterized eukaryotic proteins. In this study, we aimed to identify biological functions and interaction partners of human Ccdc-124. A yeast-two-hybrid analysis carried in this study has revealed that Ccdc-124 interacts with RasGEF1B which was predicted to be a member of Ras guanine exchange factors. The highly conserved RasGEF1 family of proteins contain C-terminal CDC25-homology domain (CDC25-HD) and an N-terminal RasGEF-N domain (Ras Exchange Motif, REM), and is of unknown function and specificity. In this thesis, the interaction of Ccdc-124 and RasGEF1 family of proteins was also established with co-immunoprecipitation and GST pull down assays. On the other hand, by using purified RasGEF1A and RasGEF1B proteins, as well as a large number of Ras family of G-proteins, we established that RasGEF1A and RasGEF1B function as very specific exchange factors for Rap2, a member of the Rap subfamily of Ras-like G-proteins. They do not act on Rap1 or other members of the Ras subfamily. On the other hand, Ccdc-124 protein did not change the stimulatory effect of RasGEF1 family of proteins on any of the tested G proteins in vitro. Furthermore, using reciprocal site-directed mutagenesis, we analyzed residues that allow RasGEF1 proteins to discriminate between Rap1 and Rap2, and we were able to identify Phe39 in the switch I region of Rap2 as a specificity residue. Mutation of the corresponding Ser39 in Rap1 changed the specificity and allowed the nucleotide exchange of Rap1(S39F) to be stimulated by RasGEF1B. This study describes for the first time GEFs that are uniquely specific for Rap2 among Rap family of G-proteins.
Benzer Tezler
- Voleybol oyuncuları ve sedanter bireylerde ölçek ile ayak bileği instabilitesinin karşılaştırılması
Ankle instability comparison with survey of the volleyball players and sedentary individuals
ABDULHAMİT TAYFUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Fizyoterapi ve RehabilitasyonHacettepe ÜniversitesiSpor Fizyoterapistliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN ERGUN
- Identification and functional characterization of essential genes involved in the development of malignant pleural mesothelioma using CRISPR/Cas9-based negative selection screening
Malign plevral mezotelyoma gelişiminde rol oynayan esansiyel genlerin CRISPR/Cas9 bazlı negatif seçilim tarama yöntemiyle tanımlanması
ECE ÇAKIROĞLU
Doktora
İngilizce
2023
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞERİF ŞENTÜRK
- Automatic identification of evolutionary and sequence relationships in large scale protein data using computational and graph-theoretical analyses
Büyük çaplı protein verisinde evrimsel ve dizinsel ilişkilerin işlemsel ve çizge teorisi analizleri ile otomatik olarak belirlenmesi
TUNCA DOĞAN
Doktora
İngilizce
2012
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLGE KARAÇALI
PROF. DR. HÜSEYİN BASKIN
- Kronik ayak bileği instabilitesi olan sporcularda duyusal hedefli ayak bileği rehabilitasyon stratejilerini takiben verilen denge eğitiminin postural kontrol, eklem hareket açıklığı, fonksiyon ve kinezyofobi üzerine etkisinin incelenmesi
The investigation of the effect of balance training following sensory targeted ankle rehabilitation strategies on postural control, joint range of motion, function and kinesiophobia in athletes with chronic ankle instability
AYNUR MERVE ZÜMRE
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Fizyoterapi ve RehabilitasyonBahçeşehir ÜniversitesiFizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PELİN PİŞİRİCİ
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN UZLAŞIR