Geri Dön

BRCA1 ve BRCA2 mutasyonlarının tespitine yönelik yeni nesil dizileme temelli kit geliştirilmesi ve rutinde kullanılan yöntemler ile valide edilmesi

Development of next generation sequencing based kit for the detection of BRCA1 and BRCA2 mutations, and validation with routinely used methods

PDF İndir

  1. Tez No: 661865
  2. Yazar: GÖZDE GİRGİN ÖZGÜMÜŞ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET İLTER GÜNEY
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Biotechnology, Genetics, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Meme Kanseri, BRCA1, BRCA2, Yeni Nesil Dizileme, Yeni Nesil Dizileme Kütüphane Oluşturması, Breast Cancer, BRCA1, BRCA2, Next Generation Sequencing, NGS Library Preparation
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 190

Özet

Amaç: Meme kanseri, kadınlarda en yaygın görülen kanser türü olup BRCA1 ve BRCA2 gen mutasyonlarının meme ve yumurtalık kanserlerinin önemli bir kısmından sorumlu olduğu bilinmektedir. Bu genlerden birinde mutasyon taşıyan bireylerde yaşam boyu meme, yumurtalık, pankreas ve diğer kanserlere yakalanma riski oldukça yükselmektedir. BRCA1/2 gen mutasyonlarına sahip olan kişilerin belirlenmesi, genetik danışma ile tarama sıklığının artırılması ve potansiyel olarak hayat kurtaran önleyici tedavi stratejilerinin uygulanabilmesi için büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (GZ-PZR) yöntemi kullanılarak BRCA1/2 genlerinin yeni nesil dizi (NGS) analizi kütüphanelerinin hazırlanması ve yeni nesil dizileme analizlerine uygun biyoinformatik iş akışının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Rutin analizlerde yaygın olarak kullanılan Multiplicom BRCA MASTR™ Dx Kiti ile çalışılmış hastalardan alınan kan örneklerinden, DNA izolasyonu sonrası GZ-PZR ile yeni nesil dizileme kütüphanelerinin hazırlanması ve her bir örneğin 2 farklı etiket dizi ile işaretlenmesinin ardından yeni nesil dizi analizlerinin biyoinformatik iş akışlarının belirlenmesi gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Referans yönteme göre test limitleri; %100 duyarlılık, %100 özgüllük ve %100 doğruluk olarak belirlendi. Wilson yöntemi kullanılarak testin güven aralığı CI: %86-%100 olarak hesaplandı. Sonuçlar: BRCA1 ve BRCA 2 genlerinin klinik laboratuvarlar sonuçlarına uygun verilerin elde edildiği, patojenik mutasyon tespitini yüksek verimlilik ve doğrulukla yapabilen, uygun maliyetli bir yeni nesil dizileme testinin geliştirilmesi ve analitik doğrulaması bu çalışma ile tamamlandı.

Özet (Çeviri)

Objective: Breast cancer is the most common type of cancer in women, and it is well known that BRCA1 and BRCA2 gene mutations are responsible for a substantial portion of breast and ovarian cancers. Individuals carrying a mutation in one of these genes have a substantially increased lifelong risk of breast, ovarian, pancreatic, and other types of cancers. Identifying individuals with BRCA1/2 gene mutations is vital for increasing screening of family members via genetic counselling, and using potentially life-saving preventive measures. The aim of this study is preparation of next generation sequencing (NGS) libraries of BRCA1/2 genes using real time polimerase chain reaction (RT-PCR), and determination of bioinfomatic workflow suitable for NGS analysis. Material and Methods: Using blood samples previously analyzed with Multiplicom BRCA MASTR™ Dx kit that is widely utilized in routine practice; DNA isolation was consequently followed by preparation of NGS libraries with RT-PCR, marking each sample with 2 different tag sequences, and determination of bioinformatic workflow for NGS analysis. Results: Test limits were determined as; 100% sensitivity, 100% specificity and 100% accuracy according to the reference method. The confidence interval of the test was calculated as CI: 86% -100% using the Wilson method. Conclusion: This study resulted in the successful development and analytic validation of a low-cost NGS test kit capable of accurately determining pathogenic mutations of BRCA1 and BRCA2 genes.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    713314

    Akut myeloid lösemi tanılı olgularda yeni nesil dizileme'de myeloid panel analizi ile saptanan mutasyon profili, immunhistokimyasal belirteçler ve klinikopatolojik korelasyon değerlendirmeleri

    Comparison of molecular analysis findings determined by new generation sequencing with immunhistochemical markers and clinicopathological parameters in acute myeloid leukemia

    GÖKÇE SU CEYLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    PatolojiAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FÜRUZAN DÖGER

  2. Tez No

    750364

    Kolorektal adenokarsinom tanılı olgularda yeni nesil dizileme ile saptanan mutasyon profili ve klinikopatolojik korelasyonu

    Mutation profile determined by NGS and clinicopathological correlation in colorectal adenocarcinoma cases

    SİBEL OSMAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    PatolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM METEOĞLU

  3. Tez No

    699574

    Kalıtsal meme kanseri tanısı almış olgularda DNA hasar onarımından sorumlu olan genlerdeki mutasyon sıklıklarının belirlenmesi ve hastalığın kötü prognozu ile ilişkisinin araştırılması

    Determination of mutation frequencies in genes responsible for dna damage repair in cases diagnosed with hereditary breast cancer and investigation of its relationship with poor prognosis of the disease

    SEDA KURU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    GenetikKocaeli Üniversitesi

    Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NACİ ÇİNE

  4. Tez No

    342772

    Development of an electrochemical DNA biosensor for detection of genetic mutations

    Genetik mutasyonların tesbiti için elektrokimyasal DNA biyosensörü geliştirilmesi

    FİRDEVS KOKKOKOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    GenetikFatih Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MEHMET ŞENEL

    DOÇ. DR. M. FATİH ABASIYANIK

  5. Tez No

    229862

    Mlpa tekniği ile meme kanserli hastalarda, BRCA1 ve BRCA2 genlerinde delesyon ve duplikasyonların belirlenmesi

    Determination of BRCA1 and BRCA2 mutations for patients with breast cancer by MLPA (Multiplex ligation depent probe amplification) technique

    İBRAHİM TURAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    BiyokimyaKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN DEĞER

Geri Dön