Benzer klinik bulgular gösteren birden fazla etkilenmiş olgu bulunan ailelerde genetik etiyolojinin tüm ekzom dizileme yöntemi ile araştırılması
Investigation of genetic etiology in families with multiple affected cases with similar clinical findings by the whole exome sequencing method
- Tez No: 661869
- Danışmanlar: PROF. DR. BİRSEN KARAMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 127
Özet
Genetik hastalıklar, Mendel ve non-Mendel hastalıklar olarak iki büyük grup altında incelenir. Nadir hastalıkların yaklaşık %80'inin genetik kökenli olduğu düşünülmekte olup birçoğunun monogenik Mendel kalıtım modeli ile uyumlu olduğu bildirilir. Klinik bulgular genetik etiyolojisi bilinen bir sendroma yönlendirirse, bu olgularda hedefe yönelik genetik testler uygulanarak tanıya katkı sağlanmaktadır. Klinik bulgularla tanısal bir yaklaşım kurulamayan olgularda ise klasik genetik testler uygulanmakta ancak tüm bu uygulamalara karşın olguların yaklaşık yarısı tanı alabilmektedir. Böyle durumlarda 'reverse tanı' olarak nitelendirilen testten tanıya ulaşım sağlayan yeni nesil dizi teknolojilerinden yararlanılmaktadır. Bu tip teknolojilerin pratikte en sık kullanılanı tüm ekzom dizileme (TED)dir. Tez kapsamında, aynı ailede benzer klinik bulgulara sahip en az iki etkilenmiş olgu bulunan, klinik bulguları bilinen bir sendromla uyumlu olmayan, mikroskobik ve submikroskobik herhangi bir kromozomal değişim saptanmayan üç aileden üç indeks olgu ile beş aile bireyine TED uygulanarak etiyolojide rol oynayan olası değişimler araştırıldı. Yapılan analizler sonucunda indeks olgularda klinik bulgularıyla olası ilişkili dört farklı gende (CCDC88C, FLNA, RP1L1, NUP188) varyantlar saptandı. Sanger dizileme yöntemiyle doğrulanan ve aile çalışmaları yapılan bu varyantlardan ikisi herhangi bir hastalık ilişkisi daha önce bildirilmeyen yeni değişimlerdi (FLNA'da c.1829-1G>T (p.(?)) ve NUP188'de c.124C>T (p.Arg42Ter), ikisi ise daha önce bildirilmiş olan (CCDC88C'de c.1915C>T (p.Arg639Ter) ve RP1L1'de c.455G>A (p.Arg152Gln) varyantlardı. Çalışmaya dahil edilen olguların tümünde bir değişim saptanmış olsa da, örnek sayısının azlığı ve seçim kriterleri nedeniyle TED tekniğinin her olguda benzer tanı katkısı sağlayacağını iddia etmek fazla iyimser olacaktır, ancak çalışmamız 'yöntemden tanıya' giden yolda yaklaşımsal aşamaları sunması bakımından, tanıları kesinleşen ailelere genetik danışma verilmesi ve hastalığı önleyici stratejiler konusunda bilgilendirilmeleri bakımından önemli olmuştur. Sonuç olarak çalışmamız TED'in hastalık ilişkili bilinen genlerde olduğu kadar, yeni varyasyonları tespit etmek ve hastalık ilişkili yeni genleri araştırmaya yönelik katkısını da göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Genetic diseases are examined under two large groups as Mendelian and non-Mendelian diseases. Approximately 80% of rare diseases are thought to be of genetic origin, and many of them are reported to be compatible with the monogenic Mendelian inheritance model. If clinical findings lead to a syndrome with known genetic etiology, targeted genetic tests can be applied in these cases to contribute to the diagnosis or confirm the diagnosis. In cases where a diagnostic approach cannot be established with clinical findings, classical genetic tests are applied, but despite all these applications, approximately half of the cases can be diagnosed. In such cases, new generation sequencing technologies are used that provide access to diagnosis from the test described as“reverse diagnosis”. The most commonly used type of these technologies is whole-exome sequencing (WES). In this thesis, 3 index cases and 5 individuals from three families with at least two affected cases with similar clinical findings, incompatible clinical findings with a known syndrome, and no microscopic and submicroscopic changes were investigated. Changes that may play a role in the etiology in these individuals were investigated using the WES method. As a result of the analyzes performed, variants in four different genes (CCDC88C, FLNA, RP1L1, NUP188) possibly related to clinical findings were detected in index cases. Two of these variants, which were confirmed by Sanger sequencing and family studies were conducted, were new changes whose association was not previously reported (FLNA c.1829-1G>T (p.(?)) and NUP188 c.124C>T (p.Arg42Ter), two of them were previously reported variants (CCDC88C c.1915C>T (p.Arg639Ter) and RP1L1 c.455G>A (p.Arg152Gln). Although a change was detected in all cases included in the study, it would be too optimistic to claim that the WES technique will provide a similar diagnostic contribution in each case due to the small number of patients and selection criteria. Our study shows the contribution of WES to identifying new variations and searching for new disease-related genes as well as in known disease-related genes.
Benzer Tezler
- Disease gene identification using linkage and exome analyses
Bağlantı ve ekzom analizleri kullanarak hastalık geni keşfi
İLKER KARACAN
Doktora
İngilizce
2019
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- The effects of gender, type of problem, previous referral experiences and gender role attitudes on the evaluations of teachers in relation to the students' psychological problems
Öğretmenlerin öğrencilerinde gördükleri psikolojik yakınmaları değerlendirmelerini etkileyen faktörler; cinsiyet, yakınmanın türü, önceki yönlendirme deneyimi ve toplumsal cinsiyet rolleri tutumunun etkileri
SEVİ GİZEM ZEYBEK
- A genetic analysis of autoinflammatory diseases
Otoenflamatuar hastalıklarda genetik analiz
AYŞE BALAMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- HIV pozitif bireylerde dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu yaygınlığı
Prevalance of attenti̇on defi̇ci̇t hyperacti̇vi̇ty di̇sorder i̇n pati̇ents i̇nfected wi̇th HIV
RABİA ERDOĞAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
PsikiyatriSakarya ÜniversitesiRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ SAVAŞ ÇİLLİ
- Histopatolojik olarak şiddetli atipi gösteren displastik nevüs, atipik spitzoid lezyon, önemi belirsiz yüzeyel atipik melanositik proliferasyon ve belirsiz malin potansiyele sahip melanositik tümör tanısı alan lezyonların dermatoskopik bulguları
Dermatoscopic findings of lesions histopathologically diagnosed with dysplastic nevus with severe atypia, atypical spitzoid lesion, superficial atypical melanocytic proliferations of uncertain significance and melanocytic tumors of uncertain malignant potential
CEREN UZUNDERE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
DermatolojiAnkara ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BENGÜ NİSA AKAY