Pepper vein yellows virus ((PeVYV)'ün tüm genom dizilemesi ve moleküler karakterizasyonu
Full genome sequence and molecular characterization of Pepper vein yellows virus ((PeVYV)
- Tez No: 661906
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HAKAN FİDAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 60
Özet
Solanaceae familyasında yer alan biber (Capsicum annuum), dünyada ve ülkemizde üretim alanı ve miktarı bakımından ikinci sırada yer alan sebze türüdür. Örtü altı biber üretiminin en fazla olduğu Antalya ili ve çevresinde son zamanlarda Pepper vein yellows virus (PeVYV) enfeksiyonuna sıkça belirlenmiştir. Bu tez çalışmasında PeVYV'nin moleküler karakterizasyonu yapılarak nükleik asit dizilimleri ve protein düzeyi belirlenmiştir. 2019-2020 yılları arasında Antalya ilinde simptomatolojik olarak tespit edilmiş olan PeVYV cins ve tür bazındaki primerler ile RT-PCR çalışmaları yapılmıştır. PeVYV'nin genom primerleri kullanılarak tüm genom dizilemesi elde edilmiştir. Biber bitkilerinden alınan virionlar geçirimli elektron mikroskobu ile incelenmiştir ve 25 nm'lik küresel parçacıklar fotoğraflanmıştır. Biyoinformatik çalışmalar sonucunda PeVYVAnt01 izolatının, %95 oranında benzer bulunduğu Yunanistan'dan kaydedilen biber izolatı ve İtalya'dan kaydedilen biber izolatı ile aynı grupta yer aldığı tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Pepper (Capsicum annuum), which is in the Solanaceae family, is grown most produced vegetable plants in the world and in our country in terms of production area and amount. Pepper vein yellows virus (PeVYV) infection has been frequently encountered in Antalya and its surroundings, where greenhouse pepper production is highest. Nucleic acid sequences and protein levels were determined by molecular characterization of PeVYV in this thesis study. The verification was performed by RT-PCR with the PeVYV genus and species-based primers that were detected symptomatologically in Antalya between 2019-2020. Whole genome sequencing was achieved using the genome primers of PeVYV. Virions taken from pepper plants were examined with a transmission electron microscope and spherical particles of 25 nm were photographed. As a result of bioinformatics studies, it was determined that PeVYVAnt01 isolate is in the same group with pepper isolate recorded from Greece and pepper isolate recorded from Italy, which is 95% similar.
Benzer Tezler
- Bazı biber genotiplerinin PVYV (pepper vein yellows virus)'ye tepkilerinin belirlenmesi
Determination of some pepper genotypes response to PVYV (pepper vein yellows virus)
ALAİTTİN APALAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatKilis 7 Aralık ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BEKİR BÜLENT ARPACI
- Gaziantep ilinde yetiştirilen biberlere zarar veren virüslerin DAS-ELISA yöntemiyle saptanması
Identification of pepper viruses by DAS-ELISA assays in Gaziantep
ZEYNEP SIĞIRCI
- Kahramanmaraş'ta biberlerde kök ve kök boğazı yanıklığı etmeni (Phytophthora capsici leonian)'nin inokulum kaynaklarının belirlenmesi ve entegre mücadelesi
Determination of inoculum sources and integrated control of the causal agent of root and foot rot of pepper (Phytophthora capsici leonian) in Kahramanmaraş
FATMA KONUKOĞLU
- Bazı bitki aktivatörlerinin in vitro ve in vivo koşullarda yetiştirilen biber (Capsicum annuum L.) çeşitlerinde total protein ve peroksidaz aktivitesi üzerine etkileri
Effects of some plant activators on total protein and POX activity of pepper varieties (Capsicum annuum L.) which growth in itro and in vivo conditions
RABİA ÖZLEM KIPRAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CÜNEYT AKI
- Allıum tuncelıanum ekstraktının domates ve biberde önemli bazı patojenlere karşı kullanılma olanaklarının araştırılması
Investigation of allium tuncelianum extracts against some important pathogens in tomato and pepper
TUĞÇE ERGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜLYA ÖZGÖNEN ÖZKAYA