Optimization of a translating ribosomal affinity purification method
Translasyonal rıbozomların afinite saflaştırılmasının optimizasyonu
- Tez No: 664507
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Yeni teknolojiler, normal ve kanser hücrelerinde çok geniş transkriptom değişiklikleri ortaya çıkardı. Biz de kanser hücrelerinde izoform çeşitliliğinin sonuçlarını anlamakla ilgileniyoruz. Transcript çeşitliliği, Tek iplikli olgunlaşmamış mRNAların alternatif transkripsiyon başlangıç konumu, alternatif uçbirleştirme ve alternatif poliadenilasyonu sonucuunda oluşabilir. Bu izoformların kanser fenotipine nasıl katkı sağlayabileceğini anlamak için, izoformların kodlama potansiyellerini belirlemek gerekmektedir. Bu sebeple, biz burada, kalıcı olarak GFP etiketli Ribozom Protein L10A'yi ifade eden aktif ribozom komplekslerini immunoçöktürerek translasyona uğrayan mesajcı RNA'ları yakalıyoruz. Spesifik olmayan etkileşimleri en aza indirmek için magnetik boncuk konjuge monoklonal anti-GFP VHH tek domainli lama antikoru kullanıyoruz. İmmunoçöktüme sonrası, RNA izole ettik, DNA kirliliğini temizledik, cDNA sentezledik ve RT-qPCR yaptık. Optimize ettiğimiz protokol protein kodlamayan ve protein kodlayan RNAlar ile test edildi. Sonuç olarak, bu protokolün optimizasyonu, ribozomla etkileşen mRNAların bireysel ve/veya yüksek verimli analizine izin vermektedir
Özet (Çeviri)
Novel technologies revealed an immense transcriptome complexity in normal and in cancer cells. One of the reasons for this complexity is isoform variability in cancer cells. Transcript isoforms can arise due to alternative processing of the pre-mRNAs through alternative transcription start sites, alternative splicing, and alternative polyadenylation. To begin understanding how these isoforms may functionally contribute to the cancer phenotype, translation efficiency and coding potential of isoforms need to be established. Therefore, here, we optimized an assay where we captured translated mRNAs by immunoprecipitating active ribosome complexes that stably express a GFP tagged Ribosomal Protein L10A (RPL10A). We used magnetic bead conjugated Llama Anti-GFP VHH Single Domain Monoclonal Antibody to minimize unspecific interactions. Following immunoprecipitation, we isolated RNAs, cleaned DNA contamination, synthesized cDNA, and performed RT-qPCR. The optimized protocol was tested with non-coding RNAs and coding mRNAs. Hence, the optimization of this protocol allows individual and/or high throughput analysis of ribosome-associated mRNAs.
Benzer Tezler
- Utrgan: Learning to generate 5' UTR sequences for optimized translation efficiency and gene expression
Utrgan: Optimizasyonlu çeviri verimliliği ve gen ekspresyonu için 5 UTR sekanslarini üretmeyi öğrenmek
SINA BARAZANDEH
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDULLAH ERCÜMENT ÇİÇEK
- The GTP hydrolysis mechanism in elongation factor-Tu (EF-Tu)
EF-Tu proteininde GTP hidroliz mekanizması
AYLA BAŞARAN KINALI
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BALTA
PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE
- Evaluation of the transcriptional level of bac operon in the bacilysin overproducer bacillus subtilis HWA strain and its physiological properties
Basilisini yüksek üreten bacillus subtilis HWA suşunda bac operon'un transkripsiyonel seviyesinin ve fizyolojik özelliklerinin değerlendirilmesi
HAYRUN NİSA ÖZEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Mikrobiyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Manuel şanzıman vites çatalının yapısal analizi ve biyomimetik yaklaşım ile topoloji optimizasyonu
Structural analysis and topology optimization of manual transmission shift fork using a biomimetic approach
BİLAL AKYÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Makine MühendisliğiSakarya ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESLİHAN ÖZSOY
- A tool oriented approach to digital making and control in design
Dijital yapma biçimleri ve tasarımda kontrole araç odaklı bir yaklaşım
GAMZE GÜNDÜZ
Doktora
İngilizce
2024
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE ÖZKAR KABAKÇIOĞLU